LXL04_026656 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026656

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 967086-971136 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3381 bp · LXL04_026656|LXL04_026656|OH1004|cDNA

ATGAACCCGGTTGGATCAGGGCCAATTGTTGATACCGTAGAGTCGGTGCCACGGTTAAAGAAGAGAAAAGGGAGGAGAAGGAGAACTAGGTCATCTTCTTCGCCATTAGCATTCGATAACCACACCAGAGCACCTTTATATCCAAATCCTAATTTTGCTTTCCTCATTACGTCACTGTTCGCACGGTTGATTGACTCTCAAGTTCTGATCTTGAGAAGCTCGTTTATTAGAGTAAAAACTACGATATGGAAGAGTCGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3381 bp · LXL04_026656|LXL04_026656|OH1004|CDS

ATGAACCCGGTTGGATCAGGGCCAATTGTTGATACCGTAGAGTCGGTGCCACGGTTAAAGAAGAGAAAAGGGAGGAGAAGGAGAACTAGGTCATCTTCTTCGCCATTAGCATTCGATAACCACACCAGAGCACCTTTATATCCAAATCCTAATTTTGCTTTCCTCATTACGTCACTGTTCGCACGGTTGATTGACTCTCAAGTTCTGATCTTGAGAAGCTCGTTTATTAGAGTAAAAACTACGATATGGAAGAGTCGAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1126 aa · LXL04_026656|LXL04_026656|OH1004|PROTEIN

MNPVGSGPIVDTVESVPRLKKRKGRRRRTRSSSSPLAFDNHTRAPLYPNPNFAFLITSLFARLIDSQVLILRSSFIRVKTTIWKSRSINLARRKIMRREKERDRDKERERSVDDKYKEKEKHKERHRDKEKEKEKKEREREKERERERERAKEKENREKERERERVKEREREKEREREKEKERERRERREREERDREKMREKRREAERDHNSGGNDDVRDRDRKRRRRDDDHKEERERKVSSRRREDSVDNSVVSKKVDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026656`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026656

位置 Chr06:967086-971136 (-)

描述 Similar to RH42: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 42

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g20920`	参与前mRNA剪接、低温响应基因调控及耐寒性的解旋酶。	A DEAD box RNA helicase is critical for pre-mRNA splicing, cold-responsive gene regulation, and cold tolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.108340
`At3g09620`	DEAD-box ATP 依赖性 RNA 解旋酶 45。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0154200`	DEAD-box ATP 依赖性 RNA 解旋酶 45。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026656 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0035196 miRNA processing 生物过程

GO:1903241 U2-type prespliceosome assembly 生物过程

GO:0001650 fibrillar center 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005684 U2-type spliceosomal complex 细胞组分

GO:0015030 Cajal body 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20920

ath:AT3G09620

dosa:Os08g0154200

mmu:212880

rno:245957

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.957

排名 1 · LXL04_026656 · OH-1004

细胞质0.099

排名 2 · LXL04_026656 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 3 · LXL04_026656 · OH-1004

内质网0.012

排名 4 · LXL04_026656 · OH-1004

线粒体0.010

排名 5 · LXL04_026656 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD574-697 aa

PF00271.38Helicase_C737-843 aa

PF23469.2KH_121013-1082 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026656	`PF00270.36`	DEAD	574	697	9.8e-38	130.2
LXL04_026656	`PF00271.38`	Helicase_C	737	843	5.7e-30	104.5
LXL04_026656	`PF23469.2`	KH_12	1013	1082	3.7e-14	53.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H0U8`	拟南芥	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 42	69.597%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SF41`	拟南芥	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 45	68.092%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0J7Y8`	水稻	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 45	63.205%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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