LXL04_026588 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026588

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 128949026-128949400 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

375 bp · LXL04_026588|LXL04_026588|OH1004|cDNA

ATGGCATCAAAGACCAATACTCTTCTAGCTTTCTTTCTGGCACTCAACCTTGTTTTCTTTGCAGTAGCAAGTGGTTGCAGCACCTGCCCTGGCCCTACCCCAAAACGAAAGCCATCAACCTGTCCCAAAGACACCCTCAAACTTGGTGTGTGCGCTAATGTTCTTGGCAGTTTACTTGGTCTTGTCGTTGGGAACCCACCAGTAAAGCCTTGTTGTAGCCTCATCCAAGGCCTTGTTGATCTTGAGGCGGCTGTTTGCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

375 bp · LXL04_026588|LXL04_026588|OH1004|CDS

ATGGCATCAAAGACCAATACTCTTCTAGCTTTCTTTCTGGCACTCAACCTTGTTTTCTTTGCAGTAGCAAGTGGTTGCAGCACCTGCCCTGGCCCTACCCCAAAACGAAAGCCATCAACCTGTCCCAAAGACACCCTCAAACTTGGTGTGTGCGCTAATGTTCTTGGCAGTTTACTTGGTCTTGTCGTTGGGAACCCACCAGTAAAGCCTTGTTGTAGCCTCATCCAAGGCCTTGTTGATCTTGAGGCGGCTGTTTGCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

124 aa · LXL04_026588|LXL04_026588|OH1004|PROTEIN

MASKTNTLLAFFLALNLVFFAVASGCSTCPGPTPKRKPSTCPKDTLKLGVCANVLGSLLGLVVGNPPVKPCCSLIQGLVDLEAAVCLCTAIKANVLGINLNVPLSLSLLLNVCGKKVPKNFKCA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026588`
TK1151 ID	TkA06G003160
OH-1004 ID	LXL04_026588
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	74.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.444 / OH-1004 81.452 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026588

位置 Chr05:128949026-128949400 (+)

描述 Similar to EARLI1: Lipid transfer protein EARLI 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12480`	可能的脂质转运蛋白（LTP）。	Cold responsive EARLI1 type HyPRPs improve freezing survival of yeast cells and form higher order complexes in plants.2007 · DOI: 10.1007/s00425-007-0611-2 The HyPRP gene EARLI1 has an auxiliary role for germinability and early seedling development under low temperature and salt stress conditions in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1007/s00425-011-1425-9 Influence of EARLI1-like genes on flowering time and lignin synthesis of Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1438-8677.2010.00428.x Expression of recombinant EARLI1, a hybrid proline-rich protein of Arabidopsis, in Escherichia coli and its inhibition effect to the growth of fungal pathogens and Saccharomyces cerevisiae.2012 · DOI: 10.1016/j.gene.2012.06.070
`At4g12500`	可能的脂质转运蛋白（LTP）。	暂无已核实直接文献
`At4g12490`	可能的脂质转运蛋白（LTP）。	Influence of EARLI1-like genes on flowering time and lignin synthesis of Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1438-8677.2010.00428.x
`At4g12470`	可能的脂质转运蛋白（LTP）。	Priming in systemic plant immunity.2009 · DOI: 10.1126/science.1170025 Cold-inducible expression of AZI1 and its function in improvement of freezing tolerance of Arabidopsis thaliana and Saccharomyces cerevisiae.2011 · DOI: 10.1016/j.jplph.2011.01.023 Influence of EARLI1-like genes on flowering time and lignin synthesis of Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1438-8677.2010.00428.x Metabolomic analysis reveals the relationship between AZI1 and sugar signaling in systemic acquired resistance of Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2016.06.016

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026588 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009682 induced systemic resistance 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0070417 cellular response to cold 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G12470

ath:AT4G12480

ath:AT4G12490

ath:AT4G12500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.538

排名 1 · LXL04_026588 · OH-1004

溶酶体／液泡0.177

排名 2 · LXL04_026588 · OH-1004

细胞质0.146

排名 3 · LXL04_026588 · OH-1004

内质网0.145

排名 4 · LXL04_026588 · OH-1004

细胞膜0.080

排名 5 · LXL04_026588 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14368.12LTP_228-123 aa

PF14547.12Hydrophob_seed40-124 aa

PF00234.28Tryp_alpha_amyl41-123 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026588	`PF14368.12`	LTP_2	28	123	1.2e-06	29.2
LXL04_026588	`PF14547.12`	Hydrophob_seed	40	124	7.2e-26	91.1
LXL04_026588	`PF00234.28`	Tryp_alpha_amyl	41	123	3.6e-17	63.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39176`	拟南芥	Lipid transfer protein EARLI 1	44.643%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SU33`	拟南芥	pEARLI1-like lipid transfer protein 3	43.503%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SU34`	拟南芥	pEARLI1-like lipid transfer protein 2	43.407%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SU35`	拟南芥	pEARLI1-like lipid transfer protein 1	47.826%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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