LXL04_026563 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026563

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 128336505-128340210 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

882 bp · LXL04_026563|LXL04_026563|OH1004|cDNA

CACCCCCACCCGACCCGTCTTTACCCCTTATCTGCTCCCCTTTTGTTGCTCATCTCATCTCATAAGTCCCTAAAAAGCAGATCCAAGGTGGTTGTTAATCTGTCAATTCACTACAATCAATCAACTCAAATCAATCAATCAATCATATCCCAACCCCCACATAAATCTCCGAACAAactaacaaaaaaaaacatgtcAATCTCGTCCTCCTCCACGACCTCCCCCACCGTGCCACAGTTCCTCCACCACCTCGCTCCTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

840 bp · LXL04_026563|LXL04_026563|OH1004|CDS

TTGTTGCTCATCTCATCTCATAAGTCCCTAAAAAGCAGATCCAAGGTGGTTGTTAATCTGTCAATTCACTACAATCAATCAACTCAAATCAATCAATCAATCATATCCCAACCCCCACATAAATCTCCGAACAAACTAACAAAAAAAAACATGTCAATCTCGTCCTCCTCCACGACCTCCCCCACCGTGCCACAGTTCCTCCACCACCTCGCTCCTCCTTCATGCTCCGATCAGCTCTGCTATGTCCAGTGCACTCACTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

279 aa · LXL04_026563|LXL04_026563|OH1004|PROTEIN

MLLISSHKSLKSRSKVVVNLSIHYNQSTQINQSIISQPPHKSPNKLTKKNMSISSSSTTSPTVPQFLHHLAPPSCSDQLCYVQCTHCDTVLAVSVPCTSLFKTVTVRCGHCTNLLPLSMPGLLLPPSVNQYHITHTNFFSPSNHTLLDDQIPNGASNFLINPNYANEFSLTARGGFRELPKPPVTNRPPEKRQRVPSAYNRFIKEEIQRIKAGNPDISHREAFSAAAKNWAHFPHIHFGLMPDQTTAVNKSSMRQQDHTD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026563`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026563

位置 Chr05:128336505-128340210 (+)

描述 Similar to YAB1: Axial regulator YABBY 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45190`	参与胚胎发生和器官发生过程中下侧细胞命运的决定。	暂无已核实直接文献
`At4g00180`	参与胚胎发生和器官发生过程中下侧细胞命运的决定。	YABBY polarity genes mediate the repression of KNOX homeobox genes in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.004911 YABBYs and the transcriptional corepressors LEUNIG and LEUNIG_HOMOLOG maintain leaf polarity and meristem activity in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.070458

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0643200`	似乎与韧皮部细胞分化相关。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2X7Q3`	蛋白质 YABBY 4。	暂无已核实直接文献
`Os04g0536300`	可能参与叶片细胞的生长和分化，而不是参与背向细胞命运的决定。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026563 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009933 meristem structural organization 生物过程

GO:0009944 polarity specification of adaxial/abaxial axis 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0010158 abaxial cell fate specification 生物过程

GO:0010450 inflorescence meristem growth 生物过程

GO:0045165 cell fate commitment 生物过程

GO:0090706 specification of plant organ position 生物过程

GO:1902183 regulation of shoot apical meristem development 生物过程

GO:2000024 regulation of leaf development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45190

ath:AT4G00180

dosa:Os02g0643200

dosa:Os04g0536300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.845

排名 1 · LXL04_026563 · OH-1004

细胞质0.226

排名 2 · LXL04_026563 · OH-1004

细胞膜0.050

排名 3 · LXL04_026563 · OH-1004

内质网0.047

排名 4 · LXL04_026563 · OH-1004

质体0.019

排名 5 · LXL04_026563 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24868.1YABBY_N75-124 aa

PF04690.20YABBY180-239 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026563	`PF24868.1`	YABBY_N	75	124	1.5e-23	82.8
LXL04_026563	`PF04690.20`	YABBY	180	239	5.8e-37	126.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22152`	拟南芥	Axial regulator YABBY 1	57.870%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9XFB1`	拟南芥	Axial regulator YABBY 3	57.919%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6H668`	水稻	Protein YABBY 4	52.227%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2X7Q3`	水稻	Protein YABBY 4	52.227%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JBF0`	水稻	Protein YABBY 5	48.750%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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