基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_026545
当前版本: OH-1004
染色体: Chr05
坐标: 128011120-128022733
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA6657 bp · LXL04_026545|LXL04_026545|OH1004|cDNA
ATGGGCGCCTCCGGTCTTCTGCAAAGGTCGTCGGTGAGTTCTCGAGGTGGAGGTGAAGAATCGGGGAAGGAGATGGGAAACAAGTGGGGTGAGGGAGGTCAAAGGTTGTCGCTTGGGGGGAGGGGGGGGAGGGGCTTTCCCGATTTTGAGGAGTTGTCTCCAAGAAGGAGACAAAATTGGCAGCTGCATGAGCAAGGTTCACCCCAAATTACGCCTTCATCCTCACCTCCTCCCTCTCCCAAAACGAGCACGATGTCAGG...
CDS
下载 CDS FASTA6657 bp · LXL04_026545|LXL04_026545|OH1004|CDS
ATGGGCGCCTCCGGTCTTCTGCAAAGGTCGTCGGTGAGTTCTCGAGGTGGAGGTGAAGAATCGGGGAAGGAGATGGGAAACAAGTGGGGTGAGGGAGGTCAAAGGTTGTCGCTTGGGGGGAGGGGGGGGAGGGGCTTTCCCGATTTTGAGGAGTTGTCTCCAAGAAGGAGACAAAATTGGCAGCTGCATGAGCAAGGTTCACCCCAAATTACGCCTTCATCCTCACCTCCTCCCTCTCCCAAAACGAGCACGATGTCAGG...
2218 aa · LXL04_026545|LXL04_026545|OH1004|PROTEIN
MGASGLLQRSSVSSRGGGEESGKEMGNKWGEGGQRLSLGGRGGRGFPDFEELSPRRRQNWQLHEQGSPQITPSSSPPPSPKTSTMSGESSNLATNLKDNLTIVTFPSALKLTSTNYLGWKTQVEALLQGLDLYRFIDGTHLALEPTTAPDGSKVPHTDCNNWFRHDRLLFGALVGSLSPPIIPLITNAASSLDAWKTLASTYASPSRGHIKQLQYRLKQLTKTSDQTITDYMQNVKTIVDELAILGKKMDAEDITDAVLH...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_026545 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_026545 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr05:128011120-128022733 (-) | ||||||||||||
| 描述 | Similar to RE1: Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1 | ||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 | ||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | 暂无功能描述 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.637
细胞质0.449
线粒体0.049
内质网0.029
细胞膜0.027
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF14223.15Retrotran_gag_2123-297 aaPF13976.12gag_pre-integrs439-482 aaPF00665.33rve495-593 aaPF25597.2SH3_retrovirus646-707 aaPF07727.20RVT_2857-958 aaPF07727.20RVT_2960-1075 aaPF13966.12zf-RVT1347-1411 aaPF03108.21DBD_Tnp_Mut1628-1693 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_026545 | PF14223.15 | Retrotran_gag_2 | 123 | 297 | 8.8e-25 | 88.1 |
| LXL04_026545 | PF13976.12 | gag_pre-integrs | 439 | 482 | 1.1e-08 | 35.5 |
| LXL04_026545 | PF00665.33 | rve | 495 | 593 | 1.2e-08 | 35.9 |
| LXL04_026545 | PF25597.2 | SH3_retrovirus | 646 | 707 | 1.2e-22 | 80.1 |
| LXL04_026545 | PF07727.20 | RVT_2 | 857 | 958 | 2.4e-52 | 178.7 |
| LXL04_026545 | PF07727.20 | RVT_2 | 960 | 1075 | 2.4e-52 | 178.7 |
| LXL04_026545 | PF13966.12 | zf-RVT | 1347 | 1411 | 2.8e-12 | 47.8 |
| LXL04_026545 | PF03108.21 | DBD_Tnp_Mut | 1628 | 1693 | 3.4e-07 | 30.5 |
| LXL04_026545 | PF10551.16 | MULE | 1827 | 1923 | 8.8e-16 | 58.8 |
| LXL04_026545 | PF00872.25 | Transposase_mut | 1846 | 1927 | 4.6e-06 | 26.5 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。