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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_026419
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 126071269-126071763 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

495 bp · LXL04_026419|LXL04_026419|OH1004|cDNA

ATGGGGTTCCCAGTAGGCTACACAGAGCTCTTCCTCCCCAAAATCCTCATCCATGTTCTAACATTTATGGGTCTAATTCGTAAGCTCATTTCCGCCGTTTTTCGATTTGTGGGTCTCGGGGATTTCTTAGAACCCGAATTTTCCACTGACCCGACCCGAATGGAGTCTTTTAGTCAGTTCCGGTCGGTGTCCGTTTTGCTCATCCGCGAGCTTCTTCCGGTTGTGAAATTCTCAGAGCTTGTGGATCCGCCGGAGAGCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

495 bp · LXL04_026419|LXL04_026419|OH1004|CDS

ATGGGGTTCCCAGTAGGCTACACAGAGCTCTTCCTCCCCAAAATCCTCATCCATGTTCTAACATTTATGGGTCTAATTCGTAAGCTCATTTCCGCCGTTTTTCGATTTGTGGGTCTCGGGGATTTCTTAGAACCCGAATTTTCCACTGACCCGACCCGAATGGAGTCTTTTAGTCAGTTCCGGTCGGTGTCCGTTTTGCTCATCCGCGAGCTTCTTCCGGTTGTGAAATTCTCAGAGCTTGTGGATCCGCCGGAGAGCTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

164 aa · LXL04_026419|LXL04_026419|OH1004|PROTEIN

MGFPVGYTELFLPKILIHVLTFMGLIRKLISAVFRFVGLGDFLEPEFSTDPTRMESFSQFRSVSVLLIRELLPVVKFSELVDPPESCAVCLYEFDGGDEIRQLSNCRHVFHRCCLDRWMDHDQKTCPLCRTPLIPDDLQDSFNERLWAASGIAEYYGEPPVVSD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_026419
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_026419
位置Chr05:126071269-126071763 (+)
描述Similar to BRH1: Brassinosteroid-responsive RING protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g61460 可能参与油菜素甾醇信号通路并调节莲座叶的生长发育。
Characterisation of BRH1, a brassinosteroid-responsive RING-H2 gene from Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1007/s00425-001-0723-z
Overexpressed BRH1, a RING finger gene, alters rosette leaf shape in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1007/s11427-017-9133-8
At4g11360 当与E2酶UBC8在体外结合时，具有E3泛素-蛋白连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At4g11370 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At2g04240 在翻译后水平上对脱落酸稳态的作用，可能是通过泛素/蛋白酶体依赖性底物特异性降解。
Upregulation of an Arabidopsis RING-H2 gene, XERICO, confers drought tolerance through increased abscisic acid biosynthesis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02782.x
Global analysis of della direct targets in early gibberellin signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054999
At2g01150 E3 泛素蛋白连接酶参与种子萌发和幼苗早期发育过程中脱落酸 信号传导的正向调节以及对盐和渗透胁迫的反应。
The Arabidopsis RING finger E3 ligase RHA2b acts additively with RHA2a in regulating abscisic acid signaling and drought response.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.176214

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026419 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009687 abscisic acid metabolic process 生物过程
GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009739 response to gibberellin 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010200 response to chitin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G01150
ath:AT2G04240
ath:AT3G61460
ath:AT4G11360
ath:AT4G11370
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.298
排名 1 · LXL04_026419 · OH-1004
细胞质0.264
排名 2 · LXL04_026419 · OH-1004
高尔基体0.219
排名 3 · LXL04_026419 · OH-1004
细胞核0.196
排名 4 · LXL04_026419 · OH-1004
溶酶体／液泡0.185
排名 5 · LXL04_026419 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_286-130 aa
PF17123.12zf-RING_1187-115 aa
PF13923.13zf-C3HC4_287-129 aa
PF00097.32zf-C3HC487-129 aa
PF12678.14zf-rbx1100-130 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_026419PF13639.13zf-RING_2861305.8e-1349.6
LXL04_026419PF17123.12zf-RING_11871153.5e-0730.5
LXL04_026419PF13923.13zf-C3HC4_2871291.7e-0628.4
LXL04_026419PF00097.32zf-C3HC4871293.5e-0627.5
LXL04_026419PF12678.14zf-rbx11001302.2e-0731.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XF92拟南芥Brassinosteroid-responsive RING protein 160.241%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SUS5拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase RHA1B39.610%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SUS4拟南芥Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHA1A35.714%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SI09拟南芥Probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO43.210%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9ZU51拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase RHA2B46.552%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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