LXL04_026347 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026347

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 125000876-125003074 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1423 bp · LXL04_026347|LXL04_026347|OH1004|cDNA

ATGGCATACAGGCGTAGTCTCACTATACGGGCGAGACTTTTCGCTCAACAACGATTTGCCCCTTCATTCTATTATCTCCATCATGAAGACGATCGTAAGAATTCGCATTCAGATCAAAAAGCAAACACCTTTCTCCAAAGTCGATCATATGGTTGCTACGGTAACAACACCAGCCATTCCTTAGGGTTTGGGGGAGGCGGTGGTGGCGTAAGTTTCCGAGATCCAAGATGGTCGATGGCAACTAGTGGCTTATTGTTAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1377 bp · LXL04_026347|LXL04_026347|OH1004|CDS

ATGGCATACAGGCGTAGTCTCACTATACGGGCGAGACTTTTCGCTCAACAACGATTTGCCCCTTCATTCTATTATCTCCATCATGAAGACGATCGTAAGAATTCGCATTCAGATCAAAAAGCAAACACCTTTCTCCAAAGTCGATCATATGGTTGCTACGGTAACAACACCAGCCATTCCTTAGGGTTTGGGGGAGGCGGTGGTGGCGTAAGTTTCCGAGATCCAAGATGGTCGATGGCAACTAGTGGCTTATTGTTAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

458 aa · LXL04_026347|LXL04_026347|OH1004|PROTEIN

MAYRRSLTIRARLFAQQRFAPSFYYLHHEDDRKNSHSDQKANTFLQSRSYGCYGNNTSHSLGFGGGGGGVSFRDPRWSMATSGLLLARNMSTSIGDGVNPDKIEYLTDMADVLADKTMEVVSTQAPVLSEVAVAAADSWPPVAALQYAIDGIHSFTGLNWWASIVITTLVIRTLSVPIMINQLKATTKLTILRPELEQIKQEMQDRGMSPSAVAEGQDKMKKVFKEHGVSTFTPLKGLFIQGPVFVSFFLAIQNMVEKVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026347`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026347

位置 Chr05:125000876-125003074 (+)

描述 Similar to OXA1: Mitochondrial inner membrane protein OXA1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62050`	将整合膜蛋白插入线粒体内膜所需的。	Functional complementation of an oxa1- yeast mutation identifies an Arabidopsis thaliana cDNA involved in the assembly of respiratory complexes.1997 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1997.12061319.x
`At2g46470`	可能在整合膜蛋白插入线粒体内膜中必需。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026347 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009060 aerobic respiration 生物过程

GO:0032543 mitochondrial translation 生物过程

GO:0032780 negative regulation of ATP-dependent activity 生物过程

GO:0032979 protein insertion into mitochondrial inner membrane from matrix 生物过程

GO:0032981 mitochondrial respiratory chain complex I assembly 生物过程

GO:0033615 mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly 生物过程

GO:0045039 protein insertion into mitochondrial inner membrane 生物过程

GO:0051262 protein tetramerization 生物过程

GO:0051354 negative regulation of oxidoreductase activity 生物过程

GO:0065003 protein-containing complex assembly 生物过程

GO:0141164 mitochondrial protein quality control 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G46470

ath:AT5G62050

bta:520335

hsa:5018

mmu:69089

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.927

排名 1 · LXL04_026347 · OH-1004

细胞核0.038

排名 2 · LXL04_026347 · OH-1004

细胞质0.030

排名 3 · LXL04_026347 · OH-1004

细胞膜0.014

排名 4 · LXL04_026347 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_026347 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02096.2760KD_IMP152-353 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026347	`PF02096.27`	60KD_IMP	152	353	4.8e-34	118.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42191`	拟南芥	Mitochondrial inner membrane protein OXA1	47.957%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SKD3`	拟南芥	Mitochondrial inner membrane protein OXA1-like	44.348%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情