LXL04_026094 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026094

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 120774845-120776275 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

945 bp · LXL04_026094|LXL04_026094|OH1004|cDNA

ATAAAAATGTCGAAGAATAGAATTCTAGTTGTGGGTGGCACAGGGTACATTGGCAAGAGGATTGTAAAGGCTAGTTTGGCTCAAGGCCACCCTACTTTTGTCCTTAAGCGTCCAGAAATCGGTTACGATGTTGAAAAGCTTCAGAAATTGTTATCATTTAAGGAAAAAGGAGCTCGATTGATCGATGGTTCGTTTTCCGATCATCAGTCTCTTGTGGATGCAGTCAAACAAGTTGATGTCGTGATATGCACTATGTCGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · LXL04_026094|LXL04_026094|OH1004|CDS

ATGTCGAAGAATAGAATTCTAGTTGTGGGTGGCACAGGGTACATTGGCAAGAGGATTGTAAAGGCTAGTTTGGCTCAAGGCCACCCTACTTTTGTCCTTAAGCGTCCAGAAATCGGTTACGATGTTGAAAAGCTTCAGAAATTGTTATCATTTAAGGAAAAAGGAGCTCGATTGATCGATGGTTCGTTTTCCGATCATCAGTCTCTTGTGGATGCAGTCAAACAAGTTGATGTCGTGATATGCACTATGTCGGGGGTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

312 aa · LXL04_026094|LXL04_026094|OH1004|PROTEIN

MSKNRILVVGGTGYIGKRIVKASLAQGHPTFVLKRPEIGYDVEKLQKLLSFKEKGARLIDGSFSDHQSLVDAVKQVDVVICTMSGVQLRSHNILLQLKLVDAIKEAGNIKRFLPSEFGIDPAQMENGLEYGRETFDDKMVVRKAIEEAKIPYTYVSANCFGGYFVGNLSQTYTLVPPKDQVFIYGDGNHKAVFMDEDDVATYTVKTVDDPRTFNKTLYLRPYENILTHIQLVEKWEKLSGKLLQKVHISAQDFFDSMEDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026094`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026094

位置 Chr05:120774845-120776275 (-)

描述 Similar to Isoflavone reductase homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32100`	还原酶参与木脂素生物合成。	Characterization of Arabidopsis thaliana pinoresinol reductase, a new type of enzyme involved in lignan biosynthesis.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m801131200 Pinoresinol reductase 1 impacts lignin distribution during secondary cell wall biosynthesis in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2014.07.008

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026094 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009807 lignan biosynthetic process 生物过程

GO:0019336 phenol-containing compound catabolic process 生物过程

GO:0034312 diol biosynthetic process 生物过程

GO:0042537 benzene-containing compound metabolic process 生物过程

GO:0046189 phenol-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0046273 lignan catabolic process 生物过程

GO:1901502 ether catabolic process 生物过程

GO:1902123 (-)-pinoresinol catabolic process 生物过程

GO:1902125 (+)-pinoresinol catabolic process 生物过程

GO:1902128 (-)-lariciresinol catabolic process 生物过程

GO:1902129 (-)-lariciresinol biosynthetic process 生物过程

GO:1902132 (+)-lariciresinol biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ag:ABM68630

ath:AT1G32100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.581

排名 1 · LXL04_026094 · OH-1004

内质网0.177

排名 2 · LXL04_026094 · OH-1004

细胞核0.147

排名 3 · LXL04_026094 · OH-1004

溶酶体／液泡0.081

排名 4 · LXL04_026094 · OH-1004

细胞膜0.076

排名 5 · LXL04_026094 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368.20NmrA3-308 aa

PF01370.28Epimerase6-113 aa

PF13460.13NAD_binding_1010-160 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026094	`PF05368.20`	NmrA	3	308	5.4e-66	223.9
LXL04_026094	`PF01370.28`	Epimerase	6	113	4.1e-11	43.5
LXL04_026094	`PF13460.13`	NAD_binding_10	10	160	1.5e-14	55.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FVQ6`	拟南芥	Pinoresinol reductase 1	64.516%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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