LXL04_025941 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025941

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 118821583-118822795 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

675 bp · LXL04_025941|LXL04_025941|OH1004|cDNA

ATGGATATCGATGAAAATGTTGAAGATGGTTCAAGAAGAGTACAAGTGCGGTTCATTACGAAGCTTAAACTGCCGTTCAAAGCTCCGACAACCTCCATTGCTCTCCCTTCTAATCTTACAAGGATGGGTCTTTCAGCCGTCGTTAATAACATGCTTCAATCAGTCTCCGTATCATGTAACCTTCATTTTTGTTTACGTAATGATGATTGGAAACCTGAACCATTCGATTTCCTTATCGATGACTTTCTTCTTGCAAGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

675 bp · LXL04_025941|LXL04_025941|OH1004|CDS

ATGGATATCGATGAAAATGTTGAAGATGGTTCAAGAAGAGTACAAGTGCGGTTCATTACGAAGCTTAAACTGCCGTTCAAAGCTCCGACAACCTCCATTGCTCTCCCTTCTAATCTTACAAGGATGGGTCTTTCAGCCGTCGTTAATAACATGCTTCAATCAGTCTCCGTATCATGTAACCTTCATTTTTGTTTACGTAATGATGATTGGAAACCTGAACCATTCGATTTCCTTATCGATGACTTTCTTCTTGCAAGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

224 aa · LXL04_025941|LXL04_025941|OH1004|PROTEIN

MDIDENVEDGSRRVQVRFITKLKLPFKAPTTSIALPSNLTRMGLSAVVNNMLQSVSVSCNLHFCLRNDDWKPEPFDFLIDDFLLARGISAETTIEIEYIKAVAPRKEEDPSLHDDWVNADMERRKSLYTCFRGSQWCNYIGSCCKTKRYDIFLPNSSVQSLASQPNGNMICSGSWDRRINLWETECNKGDFVSIKKRKKGSKEEESQSDYFRLFQVFCTIFYVG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025941`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025941

位置 Chr05:118821583-118822795 (-)

描述 Similar to WDR12: Ribosome biogenesis protein WDR12 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15550`	参与核糖体RNA成熟及大核糖体亚基的形成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0600400`	参与核糖体RNA成熟及大核糖体亚基的形成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025941 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000466 maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0051276 chromosome organization 生物过程

GO:0110136 protein-RNA complex remodeling 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0030687 preribosome, large subunit precursor 细胞组分

GO:0070545 PeBoW complex 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0043021 ribonucleoprotein complex binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ang:An04g02000

ath:AT5G15550

dosa:Os07g0600400

nfi:NFIA_108560

osa:4343819

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.672

排名 1 · LXL04_025941 · OH-1004

细胞质0.322

排名 2 · LXL04_025941 · OH-1004

细胞膜0.056

排名 3 · LXL04_025941 · OH-1004

内质网0.051

排名 4 · LXL04_025941 · OH-1004

线粒体0.037

排名 5 · LXL04_025941 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08154.19NLE14-83 aa

PF00400.39WD40156-182 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025941	`PF08154.19`	NLE	14	83	3.2e-14	53.8
LXL04_025941	`PF00400.39`	WD40	156	182	4.2e-06	27.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LF27`	拟南芥	Ribosome biogenesis protein WDR12 homolog	41.241%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8H594`	水稻	Ribosome biogenesis protein WDR12 homolog	36.396%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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