LXL04_025927 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025927

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 118642716-118645363 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1896 bp · LXL04_025927|LXL04_025927|OH1004|cDNA

atgTATGCAGCAAATCACTGGGGAGGATCACTGGAAATAGCAAATGAAAATGAACATGATCAAGATCGAAACGGAAGAAACAAGAACATGGAGGACTTGGACAAATCATCGTTATATAACATGCAAAGTCAATATAGCGGAACCCTAGACCAGACTCAACAGAGTTGGCTTCTGGATCCAAATGAAGCTTCCAGGAAGAAGAACAAGACCAGGTATGTGGATCTCGGGTGCATCGTCGTGAAGCGGAAAGTGTTGAAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1896 bp · LXL04_025927|LXL04_025927|OH1004|CDS

ATGTATGCAGCAAATCACTGGGGAGGATCACTGGAAATAGCAAATGAAAATGAACATGATCAAGATCGAAACGGAAGAAACAAGAACATGGAGGACTTGGACAAATCATCGTTATATAACATGCAAAGTCAATATAGCGGAACCCTAGACCAGACTCAACAGAGTTGGCTTCTGGATCCAAATGAAGCTTCCAGGAAGAAGAACAAGACCAGGTATGTGGATCTCGGGTGCATCGTCGTGAAGCGGAAAGTGTTGAAATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

631 aa · LXL04_025927|LXL04_025927|OH1004|PROTEIN

MYAANHWGGSLEIANENEHDQDRNGRNKNMEDLDKSSLYNMQSQYSGTLDQTQQSWLLDPNEASRKKNKTRYVDLGCIVVKRKVLKWSVIAVLVAFLVIGLPVIIAKSIPKHKSRPPPPDQYTEALHKALLFFNAQKSGRLPKNNGIKWRGNSGLQDGSDITDVKGGLVGGYYDAGDNTKFNFPMSFAMTMLSWSVIEYEHKYKYVKEYDHARELIKWGTDYLLRTFNSSASKIDHIYGQVGGSQNGSSTPDDHTCWERP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025927`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025927

位置 Chr05:118642716-118645363 (+)

描述 Similar to GLU3: Endoglucanase 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65610`	内切葡聚糖酶7。	暂无已核实直接文献
`At5g49720`	纤维素微纤丝形成所需。	KORRIGAN, an Arabidopsis endo-1,4-beta-glucanase, localizes to the cell plate by polarized targeting and is essential for cytokinesis.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.7.1137 Temperature-sensitive alleles of RSW2 link the KORRIGAN endo-1,4-beta-glucanase to cellulose synthesis and cytokinesis in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1104/pp.126.1.278 An Arabidopsis endo-1,4-beta-D-glucanase involved in cellulose synthesis undergoes regulated intracellular cycling.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.036228

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0497200`	内切葡聚糖酶12。	暂无已核实直接文献
`Os03g0736300`	内切葡聚糖酶10。	暂无已核实直接文献
`Os03g0329500`	参与细胞伸长过程中的细胞壁组装。	OsGLU1, a putative membrane-bound endo-1,4-beta-D-glucanase from rice, affects plant internode elongation.2006 · DOI: 10.1007/s11103-005-2972-x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025927 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0030245 cellulose catabolic process 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65610

ath:AT5G49720

dosa:Os03g0329500

dosa:Os03g0736300

dosa:Os04g0497200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.797

排名 1 · LXL04_025927 · OH-1004

细胞质0.148

排名 2 · LXL04_025927 · OH-1004

细胞外0.072

排名 3 · LXL04_025927 · OH-1004

高尔基体0.058

排名 4 · LXL04_025927 · OH-1004

内质网0.058

排名 5 · LXL04_025927 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00759.26Glyco_hydro_9122-594 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025927	`PF00759.26`	Glyco_hydro_9	122	594	1.1e-137	460.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04478`	拟南芥	Endoglucanase 7	56.418%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38890`	拟南芥	Endoglucanase 25	58.871%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XUK4`	水稻	Endoglucanase 12	63.407%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84R49`	水稻	Endoglucanase 10	56.625%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P0C1U4`	水稻	Endoglucanase 9	57.443%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情