LXL04_025669 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025669

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 115007977-115019271 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5349 bp · LXL04_025669|LXL04_025669|OH1004|cDNA

ATGGGCTCATATGATAATTCGTCTTCGCCTTGTTATGAGATTGTATTACCAATTTATAAAGGAAATCGATCCTCTTGGGGACAACTTGTAAACCTCACCAATGAAAAGATCGACTCTTTGATGTATTTCTGTGATGAGATATATGTTTCAGAAGTTGAAGACAAGTACAGCGAGCCTCTGCCATGGATTGGGATCTACATCTCAATGGCATCATTATTTTGCATTCTCGCTATGGTAGCTGATCTGGTCAATGGAATTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

5349 bp · LXL04_025669|LXL04_025669|OH1004|CDS

ATGGGCTCATATGATAATTCGTCTTCGCCTTGTTATGAGATTGTATTACCAATTTATAAAGGAAATCGATCCTCTTGGGGACAACTTGTAAACCTCACCAATGAAAAGATCGACTCTTTGATGTATTTCTGTGATGAGATATATGTTTCAGAAGTTGAAGACAAGTACAGCGAGCCTCTGCCATGGATTGGGATCTACATCTCAATGGCATCATTATTTTGCATTCTCGCTATGGTAGCTGATCTGGTCAATGGAATTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1782 aa · LXL04_025669|LXL04_025669|OH1004|PROTEIN

MGSYDNSSSPCYEIVLPIYKGNRSSWGQLVNLTNEKIDSLMYFCDEIYVSEVEDKYSEPLPWIGIYISMASLFCILAMVADLVNGIHKRKFWFPCKVFSLNAVSITMMAVAMKLPVDLNSPMPGWVDQAAKRVSLVFMCMMMANVMPSLASMDNKSLCANVIGLAILIITIIVNIFFEINTGVMGREGSIPAINEHTFMDDGYMYVALLLFILILLISSAITVPISKQILELKYQSISKKTLYYHCPHDTFAIEKLRQHV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025669`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025669

位置 Chr05:115007977-115019271 (-)

描述 Similar to RPS3A: 40S ribosomal protein S3-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g31610`	小核糖体亚基蛋白 uS3z。	暂无已核实直接文献
`At5g35530`	小核糖体亚基蛋白 uS3x。	暂无已核实直接文献
`At3g53870`	小核糖体亚基蛋白 uS3y。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025669 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:0022627 cytosolic small ribosomal subunit 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G31610

ath:AT3G53870

ath:AT5G35530

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.313

排名 1 · LXL04_025669 · OH-1004

线粒体0.282

排名 2 · LXL04_025669 · OH-1004

内质网0.117

排名 3 · LXL04_025669 · OH-1004

细胞核0.094

排名 4 · LXL04_025669 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 5 · LXL04_025669 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07650.24KH_2849-923 aa

PF00189.26Ribosomal_S3_C935-1017 aa

PF13041.13PPR_21122-1151 aa

PF23276.3TPR_241122-1231 aa

PF13812.13PPR_31126-1181 aa

PF12854.14PPR_11133-1166 aa

PF01535.27PPR1140-1170 aa

PF13041.13PPR_21146-1185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025669	`PF07650.24`	KH_2	849	923	2.2e-17	63.4
LXL04_025669	`PF00189.26`	Ribosomal_S3_C	935	1017	9e-32	110.2
LXL04_025669	`PF13041.13`	PPR_2	1122	1151	1.2e-112	368.6
LXL04_025669	`PF23276.3`	TPR_24	1122	1231	4.9e-33	114.6
LXL04_025669	`PF13812.13`	PPR_3	1126	1181	6.5e-50	167.8
LXL04_025669	`PF12854.14`	PPR_1	1133	1166	1.9e-84	277.7
LXL04_025669	`PF01535.27`	PPR	1140	1170	3.4e-78	253.3
LXL04_025669	`PF13041.13`	PPR_2	1146	1185	1.2e-112	368.6
LXL04_025669	`PF17177.11`	PPR_long	1158	1305	3e-32	112.5
LXL04_025669	`PF12854.14`	PPR_1	1169	1198	1.9e-84	277.7
LXL04_025669	`PF12854.14`	PPR_1	1202	1233	1.9e-84	277.7
LXL04_025669	`PF13812.13`	PPR_3	1204	1250	6.5e-50	167.8
LXL04_025669	`PF13041.13`	PPR_2	1205	1252	1.2e-112	368.6
LXL04_025669	`PF01535.27`	PPR	1207	1237	3.4e-78	253.3
LXL04_025669	`PF23276.3`	TPR_24	1226	1337	4.9e-33	114.6
LXL04_025669	`PF13041.13`	PPR_2	1239	1288	1.2e-112	368.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SIP7`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS3z	88.703%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJA6`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS3x	85.020%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M339`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS3y	92.593%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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