LXL04_025654 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025654

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 114801614-114803798 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1227 bp · LXL04_025654|LXL04_025654|OH1004|cDNA

ATGGCGGGAACGTCAGTGGTGCCGGCGAACAGAGGTCGGCGGAACACGATGGTGGACGACGAGAAGCTGGTCTTTGAGACCTCGCGTGGAGTGGAGCCCATCATGAGCTTTGACCAGATGGGTATCAAAGACGATCTACTCCGTGGGATTTACCAACACGGGTTCGAGAAACCCTCGGCAATTCAACAGAGAGCTGTTAGGCCTATCATTGAAGGTCGTGATGTCATTGCTCAGGCTCAATCTGGTACCGGAAAAACCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1227 bp · LXL04_025654|LXL04_025654|OH1004|CDS

ATGGCGGGAACGTCAGTGGTGCCGGCGAACAGAGGTCGGCGGAACACGATGGTGGACGACGAGAAGCTGGTCTTTGAGACCTCGCGTGGAGTGGAGCCCATCATGAGCTTTGACCAGATGGGTATCAAAGACGATCTACTCCGTGGGATTTACCAACACGGGTTCGAGAAACCCTCGGCAATTCAACAGAGAGCTGTTAGGCCTATCATTGAAGGTCGTGATGTCATTGCTCAGGCTCAATCTGGTACCGGAAAAACCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

408 aa · LXL04_025654|LXL04_025654|OH1004|PROTEIN

MAGTSVVPANRGRRNTMVDDEKLVFETSRGVEPIMSFDQMGIKDDLLRGIYQHGFEKPSAIQQRAVRPIIEGRDVIAQAQSGTGKTSMIALTVCQIVDTASREVQALILSPTRELAAQTEKQILAIGDFISIQAHACIGGKSVGEDIRKLENGVHVVSGTPGRVCDMIKRRTLRTRAIKLLILDESDEMLSRGFKDQIYDVYRYLPPELQVCLVSATLPNEILEMTSKFMTDPVRILVKRDELTLEGIKQFFVAVERENW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025654`
TK1151 ID	TkA06G047300
OH-1004 ID	LXL04_025654
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025654

位置 Chr05:114801614-114803798 (+)

描述 Similar to Eukaryotic initiation factor 4A-3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19760`	ATP依赖的RNA解旋酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0639100`	ATP依赖的RNA解旋酶。	暂无已核实直接文献
`Os03g0566800`	ATP依赖的RNA解旋酶。	Two highly similar DEAD box proteins, OsRH2 and OsRH34, homologous to eukaryotic initiation factor 4AIII, play roles of the exon junction complex in regulating growth and development in rice.2016 · DOI: 10.1186/s12870-016-0769-5

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025654 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0009950 dorsal/ventral axis specification 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19760

dosa:Os01g0639100

dosa:Os03g0566800

dre:394053

osa:4326580

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.533

排名 1 · LXL04_025654 · OH-1004

细胞核0.506

排名 2 · LXL04_025654 · OH-1004

线粒体0.052

排名 3 · LXL04_025654 · OH-1004

细胞膜0.051

排名 4 · LXL04_025654 · OH-1004

内质网0.043

排名 5 · LXL04_025654 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851.22ResIII59-191 aa

PF00270.36DEAD60-222 aa

PF00271.38Helicase_C261-369 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025654	`PF04851.22`	ResIII	59	191	9.1e-06	26.4
LXL04_025654	`PF00270.36`	DEAD	60	222	1.2e-43	149.5
LXL04_025654	`PF00271.38`	Helicase_C	261	369	1.5e-36	125.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94A52`	拟南芥	Eukaryotic initiation factor 4A-III homolog	88.491%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5VNM3`	水稻	Eukaryotic initiation factor 4A-III homolog A	91.304%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10I26`	水稻	Eukaryotic initiation factor 4A-III homolog B	90.793%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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