LXL04_025644 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025644

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 114661468-114671566 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4600 bp · LXL04_025644|LXL04_025644|OH1004|cDNA

ACACTCCAACGCTTCCAACTTCGACTATATCGCCATCGTCGGAGCTTCCAAGACAAAAAAAACCTTCCATCACCAATATCTATAAACCGAGGCCTTATTTCTTCCTTCAAATTCATTTGTGGCGACCCCTACAATAGCTTCGCTTCGCTTCTCTTTCTCTTCACTTACTGTATTCCCATCACTCATGGCTGCGTCTGCTTCTTTCGCCGGATCGGCTGTCGCCGCTTTCAAATCCACTGGAATCTCAGAGAAGTCTGCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

4416 bp · LXL04_025644|LXL04_025644|OH1004|CDS

ATGGCTGCGTCTGCTTCTTTCGCCGGATCGGCTGTCGCCGCTTTCAAATCCACTGGAATCTCAGAGAAGTCTGCCCTCGGGAGAGTCTCCTTTTTCCGCAACAATGCTTCGTCACTTCAGCTCCAGCGGAGCTTCAATTATTCGCAATGCCGATCTAAGATGTCATTCGCTTCATCAGGTGTAAAAGCTCAGGTTGCTACCATTGAACAAGCAAGTGTTGAAGAAACAGCTCCTGTTGTCATTGTGACTGGAGCCTCTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1471 aa · LXL04_025644|LXL04_025644|OH1004|PROTEIN

MAASASFAGSAVAAFKSTGISEKSALGRVSFFRNNASSLQLQRSFNYSQCRSKMSFASSGVKAQVATIEQASVEETAPVVIVTGASRGIGKAVALALGKAGCKVLVNYARSSKEAEEVCKEIESVGGQALTFGGDVSKEEDVASMIKTAVDAWGTVDVLVNNAGITRDGLLMRMKTSQWQEVIDLNLTGVFLCTQAAAKVMMKKKKGRIINMASVVGLVGNVGQANYSAAKAGVIGFTKTVAKEYSSRNINVNAIAPGFI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025644`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025644

位置 Chr05:114661468-114671566 (+)

描述 Similar to CLKR27: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g24360`	3-氧酰基-[辅酶A载体蛋白]还原酶，叶绿体型。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025644 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004316 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity 分子功能

GO:0051287 NAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

bna:106367337

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.309

排名 1 · LXL04_025644 · OH-1004

细胞质0.282

排名 2 · LXL04_025644 · OH-1004

过氧化物酶体0.182

排名 3 · LXL04_025644 · OH-1004

线粒体0.156

排名 4 · LXL04_025644 · OH-1004

细胞核0.111

排名 5 · LXL04_025644 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106.32adh_short79-271 aa

PF08659.17KR80-255 aa

PF13561.13adh_short_C284-318 aa

PF00106.32adh_short701-893 aa

PF08659.17KR703-872 aa

PF13561.13adh_short_C2706-906 aa

PF14291.12DUF43711048-1242 aa

PF27073.1FAM200-ZBED5_RNase-like1160-1249 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025644	`PF00106.32`	adh_short	79	271	7.6e-129	427.6
LXL04_025644	`PF08659.17`	KR	80	255	3.6e-41	141.8
LXL04_025644	`PF13561.13`	adh_short_C2	84	318	9.9e-121	402.4
LXL04_025644	`PF00106.32`	adh_short	701	893	7.6e-129	427.6
LXL04_025644	`PF08659.17`	KR	703	872	3.6e-41	141.8
LXL04_025644	`PF13561.13`	adh_short_C2	706	906	9.9e-121	402.4
LXL04_025644	`PF14291.12`	DUF4371	1048	1242	3.2e-66	224.0
LXL04_025644	`PF27073.1`	FAM200-ZBED5_RNase-like	1160	1249	4.9e-08	33.5
LXL04_025644	`PF13561.13`	adh_short_C2	1422	1469	9.9e-121	402.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P33207`	拟南芥	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, chloroplastic	72.662%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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