LXL04_025587 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025587

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 113861806-113871490 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5547 bp · LXL04_025587|LXL04_025587|OH1004|cDNA

ATGCCCACTATGGCTACTGAAAAATCAGACGTTTCATTGGCTGAAGAAATCAAACTCCAAGCTAATGAAGCTTTCAAAGCCAATAAGTTTTCTCAAGCAATTGATTTGTATACAAAAGCAATCGAATTAAACGGCGAGAATGCTGTATATTGGGCAAATCGAGCTTTCTCGCACACCAAGCTGGAGGAGTATGGTAGCGCTATCCAGGATGCATCCAAGGCCGTTGAAATTGATCCCAAGTATTCCAAGGGTTATTACCG...

CDS

下载 CDS FASTA

5547 bp · LXL04_025587|LXL04_025587|OH1004|CDS

ATGCCCACTATGGCTACTGAAAAATCAGACGTTTCATTGGCTGAAGAAATCAAACTCCAAGCTAATGAAGCTTTCAAAGCCAATAAGTTTTCTCAAGCAATTGATTTGTATACAAAAGCAATCGAATTAAACGGCGAGAATGCTGTATATTGGGCAAATCGAGCTTTCTCGCACACCAAGCTGGAGGAGTATGGTAGCGCTATCCAGGATGCATCCAAGGCCGTTGAAATTGATCCCAAGTATTCCAAGGGTTATTACCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1848 aa · LXL04_025587|LXL04_025587|OH1004|PROTEIN

MPTMATEKSDVSLAEEIKLQANEAFKANKFSQAIDLYTKAIELNGENAVYWANRAFSHTKLEEYGSAIQDASKAVEIDPKYSKGYYRRGAAYLAMGKFKDALKDFQQVKRISPNDPDASKKLKECEKAVMKLKFEEAISVPTSEQRSVAESIDYRTIDVESQYTGAKIDGDVITLDFVKNMMDDFKSQKCLHKRYAFQIVLQTREILMALPSLVNVNVPNEKHFTVCGDVHGQFFDLMNIFELNGLPSDENPYLFNGDFV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025587`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025587

位置 Chr05:113861806-113871490 (-)

描述 Similar to PAPP5: Serine/threonine-protein phosphatase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g42810`	异构体2去磷酸化磷酸化光敏色素，偏向Pfr形式，并增强光敏色素介导的光响应，可能通过增强其稳定性及与光信号转导蛋白如NDPK2的结合亲和力实现。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025587 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001933 negative regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010019 chloroplast-nucleus signaling pathway 生物过程

GO:0010288 response to lead ion 生物过程

GO:0043278 response to morphine 生物过程

GO:0043409 negative regulation of MAPK cascade 生物过程

GO:0070262 peptidyl-serine dephosphorylation 生物过程

GO:0070301 cellular response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0071276 cellular response to cadmium ion 生物过程

GO:1902325 negative regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G42810

mmu:19060

rno:65179

sly:543849

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.599

排名 1 · LXL04_025587 · OH-1004

细胞核0.496

排名 2 · LXL04_025587 · OH-1004

线粒体0.078

排名 3 · LXL04_025587 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 4 · LXL04_025587 · OH-1004

过氧化物酶体0.030

排名 5 · LXL04_025587 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25575.1TPR_BSK1_C15-86 aa

PF13432.13TPR_1620-81 aa

PF00515.35TPR_148-81 aa

PF13414.13TPR_1160-96 aa

PF13431.13TPR_1773-102 aa

PF00515.35TPR_183-115 aa

PF07719.24TPR_283-115 aa

PF08321.19PPP5122-215 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025587	`PF25575.1`	TPR_BSK1_C	15	86	5.7e-10	39.8
LXL04_025587	`PF13432.13`	TPR_16	20	81	1.3e-06	29.4
LXL04_025587	`PF00515.35`	TPR_1	48	81	1.8e-20	72.5
LXL04_025587	`PF13414.13`	TPR_11	60	96	5.9e-11	42.6
LXL04_025587	`PF13431.13`	TPR_17	73	102	1.7e-09	37.9
LXL04_025587	`PF00515.35`	TPR_1	83	115	1.8e-20	72.5
LXL04_025587	`PF07719.24`	TPR_2	83	115	9.4e-16	57.3
LXL04_025587	`PF08321.19`	PPP5	122	215	3e-29	101.8
LXL04_025587	`PF00149.34`	Metallophos	223	417	5e-36	125.7
LXL04_025587	`PF14244.13`	Retrotran_gag_3	500	544	1.2e-09	38.6
LXL04_025587	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	525	635	1.6e-07	32.0
LXL04_025587	`PF22936.2`	Pol_BBD	865	938	1.3e-15	58.2
LXL04_025587	`PF13976.12`	gag_pre-integrs	992	1052	1.5e-08	35.0
LXL04_025587	`PF00665.33`	rve	1069	1166	3e-13	50.6
LXL04_025587	`PF29688.1`	TnsB_C	1130	1181	3.2e-06	27.7
LXL04_025587	`PF07727.20`	RVT_2	1363	1606	2.5e-73	247.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84XU2`	拟南芥	Serine/threonine-protein phosphatase 5	74.715%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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