LXL04_025509 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025509

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 112695870-112699120 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1711 bp · LXL04_025509|LXL04_025509|OH1004|cDNA

ATGGAAATCTCGGAAACTTCTCGGAAACGTAAAGCTAGTGATCTTGATGAGAAGTCTCCTGTGGTTCTTTCAGAGTCTCCTTTGGTTTTTTCAGAGTCTCTTGCTGAGTTCTTTGCGGGGAATAAGAACAATGCTGGATTTGAAAACCCTAGGAAAGCGCTTTACACTACGGTGAGAGAACTTGTTGAAAATGGACTTGATTCTGCTGAGTCAATTGGGGAGTTTCCAGTGATTGAAGTAACAATTGAGGAGATTTCTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1668 bp · LXL04_025509|LXL04_025509|OH1004|CDS

ATGGAAATCTCGGAAACTTCTCGGAAACGTAAAGCTAGTGATCTTGATGAGAAGTCTCCTGTGGTTCTTTCAGAGTCTCCTTTGGTTTTTTCAGAGTCTCTTGCTGAGTTCTTTGCGGGGAATAAGAACAATGCTGGATTTGAAAACCCTAGGAAAGCGCTTTACACTACGGTGAGAGAACTTGTTGAAAATGGACTTGATTCTGCTGAGTCAATTGGGGAGTTTCCAGTGATTGAAGTAACAATTGAGGAGATTTCTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

555 aa · LXL04_025509|LXL04_025509|OH1004|PROTEIN

MEISETSRKRKASDLDEKSPVVLSESPLVFSESLAEFFAGNKNNAGFENPRKALYTTVRELVENGLDSAESIGEFPVIEVTIEEISRSCYNSTIDDDSEKLLDKNSALGIKVEERTAAKPMKGGSFYRVTCTDNGRGIPHDAIPDIFGRVSIRKKYGMKQTRGKSGLGGVKMVSVWSNMSTGVPVEIYTGMKDQKYRTSCSLDIDIHRNMPIVHSLNLTKSEDGDDWHGAKITVVIKGNYGSGILEYMRLMAVITPYAEF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025509`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025509

位置 Chr05:112695870-112699120 (-)

描述 Similar to TOP6B: DNA topoisomerase 6 subunit B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20780`	DNA 拓扑异构酶 VI 的组成部分，参与染色质组织和内复制循环的推进。	A crucial role for the putative Arabidopsis topoisomerase VI in plant growth and development.2002 · DOI: 10.1073/pnas.152337599 DNA topoisomerase VI is essential for endoreduplication in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1016/s0960-9822(02)01198-3

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8BDQ4`	DNA 拓扑异构酶 VI 的组成部分，参与染色质组织和内复制循环的推进。	暂无已核实直接文献
`Os09g0279600`	DNA 拓扑异构酶 VI 的组成部分，参与染色质组织和内复制循环的推进。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025509 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006265 DNA topological change 生物过程

GO:0007389 pattern specification process 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0010026 trichome differentiation 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009330 DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex 细胞组分

GO:0015935 small ribosomal subunit 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20780

dosa:Os09g0279600

osa:4346606

sin:YN1551_1608

sshi:J5U23_02508

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.500

排名 1 · LXL04_025509 · OH-1004

细胞质0.466

排名 2 · LXL04_025509 · OH-1004

线粒体0.073

排名 3 · LXL04_025509 · OH-1004

细胞膜0.040

排名 4 · LXL04_025509 · OH-1004

内质网0.039

排名 5 · LXL04_025509 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02518.32HATPase_c53-173 aa

PF09239.18Topo-VIb_trans372-522 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025509	`PF02518.32`	HATPase_c	53	173	4.1e-06	27.9
LXL04_025509	`PF09239.18`	Topo-VIb_trans	372	522	7.3e-43	146.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5V6`	拟南芥	DNA topoisomerase 6 subunit B	53.610%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B8BDQ4`	水稻	DNA topoisomerase 6 subunit B	53.947%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6H442`	水稻	DNA topoisomerase 6 subunit B	53.947%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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