LXL04_025491 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025491

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 112496853-112503533 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3840 bp · LXL04_025491|LXL04_025491|OH1004|cDNA

ATGGGCGGCCGTAACGATCCTAACGAGAATCCTACTGCAAACTCAAAATCATCGACGCTTCCCCCAAATCGTGATATTGAATCTGATACGACCGTTGATATCCCTTCTCATAACACCAAGGATATGAAAGCCAAGGAAAAAGAACTCCAGGATAAAGAAGCCGAATtaaaaaagaaggaagagGATCTACGGAAGAGAGAAGCGGCAATTGCACGATCTGGAGTTGTTATTGATGATAACAATTGGCCACCCTTTTACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

3840 bp · LXL04_025491|LXL04_025491|OH1004|CDS

ATGGGCGGCCGTAACGATCCTAACGAGAATCCTACTGCAAACTCAAAATCATCGACGCTTCCCCCAAATCGTGATATTGAATCTGATACGACCGTTGATATCCCTTCTCATAACACCAAGGATATGAAAGCCAAGGAAAAAGAACTCCAGGATAAAGAAGCCGAATTAAAAAAGAAGGAAGAGGATCTACGGAAGAGAGAAGCGGCAATTGCACGATCTGGAGTTGTTATTGATGATAACAATTGGCCACCCTTTTACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1279 aa · LXL04_025491|LXL04_025491|OH1004|PROTEIN

MGGRNDPNENPTANSKSSTLPPNRDIESDTTVDIPSHNTKDMKAKEKELQDKEAELKKKEEDLRKREAAIARSGVVIDDNNWPPFYPIIHHDIKSEIPIHLQKVQYVAFGSWLGIMLCLVWNLVAVSVAWYEGEGVTIWLCAVIYVILGIPMSYYLWYRPLYRAMRADSAVKFTFFLITYSFHISFCAFASLAPPIFIEGKSIAGILPAFDLLVGNAALGGLYLVGFGLFFIETAISIWVIQQVYSYFRGSGKAAEMKRE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025491`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025491

位置 Chr05:112496853-112503533 (+)

描述 Similar to At1g73710: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g73710

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73710`	含有五肽重复序列的蛋白 At1g73710。	暂无已核实直接文献
`At3g23020`	含五聚肽重复的蛋白 At3g23020。	暂无已核实直接文献
`At1g61250`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2YMP7`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献
`Os07g0564600`	可能参与膜运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025491 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010343 singlet oxygen-mediated programmed cell death 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0030658 transport vesicle membrane 细胞组分

GO:0032588 trans-Golgi network membrane 细胞组分

GO:0055038 recycling endosome membrane 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G73710

ath:AT3G23020

dosa:Os07g0564600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.784

排名 1 · LXL04_025491 · OH-1004

线粒体0.123

排名 2 · LXL04_025491 · OH-1004

细胞核0.056

排名 3 · LXL04_025491 · OH-1004

细胞质0.035

排名 4 · LXL04_025491 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 5 · LXL04_025491 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04144.19SCAMP80-250 aa

PF17177.11PPR_long424-540 aa

PF13812.13PPR_3444-494 aa

PF13041.13PPR_2445-492 aa

PF13041.13PPR_2484-527 aa

PF01535.27PPR484-513 aa

PF13041.13PPR_2605-648 aa

PF29070.1MSC6_N605-698 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025491	`PF04144.19`	SCAMP	80	250	1.5e-50	172.5
LXL04_025491	`PF17177.11`	PPR_long	424	540	1.2e-37	130.1
LXL04_025491	`PF13812.13`	PPR_3	444	494	4.6e-54	181.1
LXL04_025491	`PF13041.13`	PPR_2	445	492	9.9e-108	352.9
LXL04_025491	`PF13041.13`	PPR_2	484	527	9.9e-108	352.9
LXL04_025491	`PF01535.27`	PPR	484	513	3.1e-87	281.6
LXL04_025491	`PF13041.13`	PPR_2	605	648	9.9e-108	352.9
LXL04_025491	`PF29070.1`	MSC6_N	605	698	9.3e-38	131.0
LXL04_025491	`PF17177.11`	PPR_long	605	787	1.2e-37	130.1
LXL04_025491	`PF01535.27`	PPR	607	636	3.1e-87	281.6
LXL04_025491	`PF12854.14`	PPR_1	607	631	3.4e-67	222.6
LXL04_025491	`PF13812.13`	PPR_3	607	651	4.6e-54	181.1
LXL04_025491	`PF23276.3`	TPR_24	607	699	6.6e-40	136.8
LXL04_025491	`PF12854.14`	PPR_1	635	667	3.4e-67	222.6
LXL04_025491	`PF13041.13`	PPR_2	639	683	9.9e-108	352.9
LXL04_025491	`PF01535.27`	PPR	641	671	3.1e-87	281.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9U0`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g73710	56.811%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LS88`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23020	37.143%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M5P2`	拟南芥	Secretory carrier-associated membrane protein 3	54.965%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2YMP7`	水稻	Putative secretory carrier-associated membrane protein 1	60.385%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H5X5`	水稻	Secretory carrier-associated membrane protein 1	60.385%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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