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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_025453
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 112034604-112036115 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

691 bp · LXL04_025453|LXL04_025453|OH1004|cDNA

CTACAGAAAAACCAGACACAAGAAGATGGTGAGGGCACCTTGTTTTGACAACCATGGAATTAAGAGAGGTGCATGGAGTGAAGAGGAAGACAATACGTTAAGATTGTACATTCAGAAATACGGTCATCCTAACTGGCGTGAACTTCCCAAGTTGGCTGGTTTATCTAGATGCGGGAAAAGTTGTAGGTTAAGGTGGATCAATTATTTGCGCCCAAACTTAAGGCGTGGGAACTTtacaaaagaagaagaagatgtcATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

666 bp · LXL04_025453|LXL04_025453|OH1004|CDS

ATGGTGAGGGCACCTTGTTTTGACAACCATGGAATTAAGAGAGGTGCATGGAGTGAAGAGGAAGACAATACGTTAAGATTGTACATTCAGAAATACGGTCATCCTAACTGGCGTGAACTTCCCAAGTTGGCTGGTTTATCTAGATGCGGGAAAAGTTGTAGGTTAAGGTGGATCAATTATTTGCGCCCAAACTTAAGGCGTGGGAACTTTACAAAAGAAGAAGAAGATGTCATTTTAAACTTACATAAAAAGCTTGGGAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

221 aa · LXL04_025453|LXL04_025453|OH1004|PROTEIN

MVRAPCFDNHGIKRGAWSEEEDNTLRLYIQKYGHPNWRELPKLAGLSRCGKSCRLRWINYLRPNLRRGNFTKEEEDVILNLHKKLGSKWSVMAAQLPGRSDNEIKNHWHTHLKNRIRKDKIEQVGSHESTSKGYNPKGCPTERTDLESQEEVGVLIKVLSTGMSSSTTSEQSPNWLSDSGTDARTATAPDVSHRMNIGNDLGTILSVYRNGNKIGIDLVHP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_025453
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_025453
位置Chr05:112034604-112036115 (+)
描述Similar to MYB4: Transcription factor MYB4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g31180 转录激活剂，通过影响 CBF 基因的表达来调节耐冻性。
AtMYB14 Regulates Cold Tolerance in Arabidopsis. 2013 · DOI: 10.1007/s11105-012-0481-z
At1g79180 转录激活因子，结合 DNA 上的 AC 顺式元件 5'-ACCTACC-3'、5'-ACCAACC-3' 和 5'-ACCTAAC-3' 的启动子，并在 SND1 介导的次级细胞壁形成过程中特异性激活木质素生物合成基因。
MYB58 and MYB63 are transcriptional activators of the lignin biosynthetic pathway during secondary cell wall formation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063321
At3g23250 转录因子，参与CBF基因的低温调控以及抗冻能力的发育。
A R2R3 type MYB transcription factor is involved in the cold regulation of CBF genes and in acquired freezing tolerance.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m605895200
Transgenic expression of MYB15 confers enhanced sensitivity to abscisic acid and improved drought tolerance in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1016/s1673-8527(09)60003-5

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0517100 参与低温胁迫反应的转录激活因子。
Overexpression of the rice Osmyb4 gene increases chilling and freezing tolerance of Arabidopsis thaliana plants.2004 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01938.x
Supra-optimal expression of the cold-regulated OsMyb4 transcription factor in transgenic rice changes the complexity of transcriptional network with major effects on stress tolerance and panicle development.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2010.02221.x
The rice Osmyb4 gene enhances tolerance to frost and improves germination under unfavourable conditions in transgenic barley plants.2012 · DOI: 10.1007/s13353-011-0081-x
Os02g0624300 作为耐冷性的负调控因子。
The OsMYB30 Transcription Factor Suppresses Cold Tolerance by Interacting with a JAZ Protein and Suppressing β-Amylase Expression.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01725
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025453 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009411 response to UV 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0050826 response to freezing 生物过程
GO:2000652 regulation of secondary cell wall biogenesis 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G79180
ath:AT2G31180
ath:AT3G23250
dosa:Os02g0624300
dosa:Os04g0517100
osa:4330027
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.919
排名 1 · LXL04_025453 · OH-1004
细胞质0.146
排名 2 · LXL04_025453 · OH-1004
细胞膜0.025
排名 3 · LXL04_025453 · OH-1004
线粒体0.018
排名 4 · LXL04_025453 · OH-1004
内质网0.011
排名 5 · LXL04_025453 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding14-61 aa
PF13921.13Myb_DNA-bind_617-75 aa
PF00249.38Myb_DNA-binding67-112 aa
PF13921.13Myb_DNA-bind_670-122 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_025453PF00249.38Myb_DNA-binding14614.3e-34117.1
LXL04_025453PF13921.13Myb_DNA-bind_617757.6e-2381.2
LXL04_025453PF00249.38Myb_DNA-binding671124.3e-34117.1
LXL04_025453PF13921.13Myb_DNA-bind_6701227.6e-2381.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SJX8拟南芥Transcription factor MYB1466.387%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q6R0A6拟南芥Transcription factor MYB6353.448%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LTC4拟南芥Transcription factor MYB1565.517%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q7XBH4水稻Transcription factor MYB462.406%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q6K1S6水稻Transcription factor MYB3065.517%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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