LXL04_025439 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025439

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 111730136-111734430 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3066 bp · LXL04_025439|LXL04_025439|OH1004|cDNA

ATGGAGAGAGGAATGATATCAGTGGATCGGTGGGCTGAAGGCAGTCAGCTGTATTTCTTAACTCATCTTCACGCCGATCATACAGCAGGCTTGTCGACTCGTTGGAAGAGAGGTCCACTATTTTGCTCTCGCATCACTGCTAAGCTTTTCTCTCCTAAATTCCCTGGTTTCGACCTCACATTGCTTCGAGTTCTCGAAATTGGACAATGGTGCTCGTTATCTTTGGTTTCCCCGTCGTCTGGCTTGGAAACTAAGGTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3066 bp · LXL04_025439|LXL04_025439|OH1004|CDS

ATGGAGAGAGGAATGATATCAGTGGATCGGTGGGCTGAAGGCAGTCAGCTGTATTTCTTAACTCATCTTCACGCCGATCATACAGCAGGCTTGTCGACTCGTTGGAAGAGAGGTCCACTATTTTGCTCTCGCATCACTGCTAAGCTTTTCTCTCCTAAATTCCCTGGTTTCGACCTCACATTGCTTCGAGTTCTCGAAATTGGACAATGGTGCTCGTTATCTTTGGTTTCCCCGTCGTCTGGCTTGGAAACTAAGGTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1021 aa · LXL04_025439|LXL04_025439|OH1004|PROTEIN

MERGMISVDRWAEGSQLYFLTHLHADHTAGLSTRWKRGPLFCSRITAKLFSPKFPGFDLTLLRVLEIGQWCSLSLVSPSSGLETKVEVIAIDANHCPGAVMYLFRGDFGSMLYTGDFRWEVGTEISEMGKNMLLTALNNHKVDTLYIDNTYCDPSYSFPSRAVAAQQILNIINSYPDHDIIIGIDSLGKEDLLLYISKTLKVKIWVWPERLQTMHLLGLHDNFTTKTTLTRIRAVPRYSFSVETLEGLNTMRPTIGIMPS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025439`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025439

位置 Chr05:111730136-111734430 (+)

描述 Similar to At2g19130: G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g19130

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19130`	G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At2g19130。	暂无已核实直接文献
`At4g00340`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献
`At4g21380`	参与细胞扩张和分化的调节。	暂无已核实直接文献
`At5g24080`	G型凝集素S-受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At5g24080。	暂无已核实直接文献
`At1g65800`	参与细胞扩张和分化的调节。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025439 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0048544 recognition of pollen 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65800

ath:AT2G19130

ath:AT4G00340

ath:AT4G21380

ath:AT5G24080

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.673

排名 1 · LXL04_025439 · OH-1004

内质网0.117

排名 2 · LXL04_025439 · OH-1004

细胞质0.106

排名 3 · LXL04_025439 · OH-1004

细胞核0.087

排名 4 · LXL04_025439 · OH-1004

溶酶体／液泡0.060

排名 5 · LXL04_025439 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07522.20DRMBL220-331 aa

PF01453.31B_lectin408-510 aa

PF00954.26S_locus_glycop530-617 aa

PF08276.18PAN_2625-666 aa

PF00069.32Pkinase747-808 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr747-808 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr810-986 aa

PF00069.32Pkinase816-983 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025439	`PF07522.20`	DRMBL	220	331	1.3e-09	38.9
LXL04_025439	`PF01453.31`	B_lectin	408	510	3.4e-30	105.3
LXL04_025439	`PF00954.26`	S_locus_glycop	530	617	9.7e-23	81.5
LXL04_025439	`PF08276.18`	PAN_2	625	666	6.6e-08	33.3
LXL04_025439	`PF00069.32`	Pkinase	747	808	1.5e-35	123.6
LXL04_025439	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	747	808	5.5e-31	108.5
LXL04_025439	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	810	986	5.5e-31	108.5
LXL04_025439	`PF00069.32`	Pkinase	816	983	1.5e-35	123.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64477`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g19130	47.507%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q39203`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD2-2	36.130%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81905`	拟南芥	Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-8	30.214%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLV4`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g24080	30.388%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S972`	拟南芥	Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-6	30.395%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情