LXL04_025435 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025435

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 111648797-111658512 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4662 bp · LXL04_025435|LXL04_025435|OH1004|cDNA

ATGATGCTAATAGCTTCTcatctctttttctttttctttttctttttctcttccATTCCTTCTCTCTCATCAGTAGCTGATACTTTAGCTGTGAATCAATCTCTCTCTGGAAACCAGACACTTGTCTCTCTTACCGAAACCTTCGAACTGGGTTTCTTTAAACCAGGTCAATCTCCCAACTATTACATTGCAATTTGGTACAAGAAAGTCAAAACAGTTCCTCAAACCGCAGTCTGGGTAGCAAACAGAGAGACACCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

4662 bp · LXL04_025435|LXL04_025435|OH1004|CDS

ATGATGCTAATAGCTTCTCATCTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTCTTCCATTCCTTCTCTCTCATCAGTAGCTGATACTTTAGCTGTGAATCAATCTCTCTCTGGAAACCAGACACTTGTCTCTCTTACCGAAACCTTCGAACTGGGTTTCTTTAAACCAGGTCAATCTCCCAACTATTACATTGCAATTTGGTACAAGAAAGTCAAAACAGTTCCTCAAACCGCAGTCTGGGTAGCAAACAGAGAGACACCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1553 aa · LXL04_025435|LXL04_025435|OH1004|PROTEIN

MMLIASHLFFFFFFFFSSIPSLSSVADTLAVNQSLSGNQTLVSLTETFELGFFKPGQSPNYYIAIWYKKVKTVPQTAVWVANRETPIYDTFSSKLQIVNGNLVLLDESNTQIWSTNVPPTPATSASVVLLDNGNLVLRHDPNSTTPIWQSFDYPTHTFLPGGKVGYNKKTNRTQIITSWKSSEDPASGLFSLEIDQNVNQYLLLWNRSQVYRASGPWDGKTFSSMPEMRYNDVNNFSYIDNENESYFTYSLYNPSLTTRF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025435`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025435

位置 Chr05:111648797-111658512 (+)

描述 Similar to At4g03230: G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g03230

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g03230`	G 型凝集素 S-受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At4g03230。	暂无已核实直接文献
`At4g21380`	参与细胞扩张和分化的调节。	暂无已核实直接文献
`At4g27290`	G型凝集素 S-受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At4g27290。	暂无已核实直接文献
`At1g65790`	参与细胞扩张和分化的调节。	暂无已核实直接文献
`At4g21390`	G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B120。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025435 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0048544 recognition of pollen 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004675 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G03230

ath:AT4G21380

ath:AT4G27290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.695

排名 1 · LXL04_025435 · OH-1004

细胞质0.100

排名 2 · LXL04_025435 · OH-1004

内质网0.087

排名 3 · LXL04_025435 · OH-1004

细胞外0.073

排名 4 · LXL04_025435 · OH-1004

溶酶体／液泡0.062

排名 5 · LXL04_025435 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01453.31B_lectin76-180 aa

PF00954.26S_locus_glycop214-320 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr512-725 aa

PF00069.32Pkinase512-719 aa

PF01453.31B_lectin828-932 aa

PF00954.26S_locus_glycop975-1030 aa

PF08276.18PAN_21076-1116 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr1240-1453 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025435	`PF01453.31`	B_lectin	76	180	1.6e-69	231.7
LXL04_025435	`PF00954.26`	S_locus_glycop	214	320	1.5e-40	138.9
LXL04_025435	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	512	725	7.3e-93	311.3
LXL04_025435	`PF00069.32`	Pkinase	512	719	1.5e-86	290.8
LXL04_025435	`PF01453.31`	B_lectin	828	932	1.6e-69	231.7
LXL04_025435	`PF00954.26`	S_locus_glycop	975	1030	1.5e-40	138.9
LXL04_025435	`PF08276.18`	PAN_2	1076	1116	9.3e-08	32.8
LXL04_025435	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	1240	1453	7.3e-93	311.3
LXL04_025435	`PF00069.32`	Pkinase	1240	1451	1.5e-86	290.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZR08`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g03230	44.759%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81905`	拟南芥	Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-8	42.002%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81832`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290	41.718%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q39086`	拟南芥	Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-7	40.196%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81906`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase B120	40.521%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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