LXL04_025355 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025355

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 110261228-110263790 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1881 bp · LXL04_025355|LXL04_025355|OH1004|cDNA

ATGATGTTCAGATCCAAAATCAAATGGGTGGCACTTGGGGGCCTGGTTTTGTCATTTTTGTCTTTGCTGGTGCACATGTTTCTTGCAAATACAAGTGTGGAGCTAGTACAATACAGTGTCATGACACAATTTATTGAGGATCTGAATATAGATGTCGTGGGGAAACAGAGTGTCAGATCTAAAAAGTTGTGGAAAAAGGTCAAGTCTTTAGAGGTTTTGCAGCCATATGCAAACCCTAGAAGTATATATCCTGTTCCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1881 bp · LXL04_025355|LXL04_025355|OH1004|CDS

ATGATGTTCAGATCCAAAATCAAATGGGTGGCACTTGGGGGCCTGGTTTTGTCATTTTTGTCTTTGCTGGTGCACATGTTTCTTGCAAATACAAGTGTGGAGCTAGTACAATACAGTGTCATGACACAATTTATTGAGGATCTGAATATAGATGTCGTGGGGAAACAGAGTGTCAGATCTAAAAAGTTGTGGAAAAAGGTCAAGTCTTTAGAGGTTTTGCAGCCATATGCAAACCCTAGAAGTATATATCCTGTTCCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

626 aa · LXL04_025355|LXL04_025355|OH1004|PROTEIN

MMFRSKIKWVALGGLVLSFLSLLVHMFLANTSVELVQYSVMTQFIEDLNIDVVGKQSVRSKKLWKKVKSLEVLQPYANPRSIYPVPVEQNNGFIYAKVFGEFEKIRSSICDLVAISRLLNATLVIPEIQESTSSKGISSEFKSFSYLYNEEQFITSLKNDVIIVKSLPTKLKDARKRKEFPTFKPKKTASPDYYIKQLLPELKKSKVIGLVVMDGGCLQPILSSKFVEYQRLRCRVAFHALHFRPEILSLANLIVQRLRA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025355`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025355

位置 Chr05:110261228-110263790 (+)

描述 Similar to EDA30: Protein EMBRYO SAC DEVELOPMENT ARREST 30

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g03810`	蛋白质胚囊发育停滞 30。	暂无已核实直接文献
`At3g30300`	O-岩藻糖基转移酶 27。	暂无已核实直接文献
`At1g04910`	O-岩藻糖基转移酶 1。	暂无已核实直接文献
`At5g64600`	O-果糖基转移酶 38。	暂无已核实直接文献
`At1g11990`	O-果糖基转移酶 2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025355 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006004 fucose metabolic process 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04910

ath:AT3G03810

ath:AT3G30300

ath:AT5G64600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.743

排名 1 · LXL04_025355 · OH-1004

细胞膜0.093

排名 2 · LXL04_025355 · OH-1004

内质网0.086

排名 3 · LXL04_025355 · OH-1004

细胞质0.062

排名 4 · LXL04_025355 · OH-1004

细胞外0.059

排名 5 · LXL04_025355 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10250.16O-FucT94-388 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025355	`PF10250.16`	O-FucT	94	388	4.2e-71	241.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J2C8`	拟南芥	Protein EMBRYO SAC DEVELOPMENT ARREST 30	58.485%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GZ81`	拟南芥	O-fucosyltransferase 27	47.549%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8W486`	拟南芥	O-fucosyltransferase 1	32.927%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4KF16`	拟南芥	O-fucosyltransferase 38	33.228%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4IAL1`	拟南芥	O-fucosyltransferase 2	34.024%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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