LXL04_025314 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025314

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 109707700-109710335 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1197 bp · LXL04_025314|LXL04_025314|OH1004|cDNA

ATGGCGACCGAGGACAACGGCGGCGAAGACTACCAAGTGGAGGAGGAATTCCGTGTCTGGAAGAAGAACACACCTATCTTGTACGACCTCGTTGTCTCTCACGCTCTTGAATGGCCGTCTCTCACTGTCCAGTGGCTTCCGTCAGAGCCGTCACTGGACTCCGACGGTTCATTCGCCGTTCACAAGCTGATCCTCGGGACACACACCTCCGACGACTATCCTAATTTTTTACTCGTTGCAGAAGTCCTCTTGCCGGTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1197 bp · LXL04_025314|LXL04_025314|OH1004|CDS

ATGGCGACCGAGGACAACGGCGGCGAAGACTACCAAGTGGAGGAGGAATTCCGTGTCTGGAAGAAGAACACACCTATCTTGTACGACCTCGTTGTCTCTCACGCTCTTGAATGGCCGTCTCTCACTGTCCAGTGGCTTCCGTCAGAGCCGTCACTGGACTCCGACGGTTCATTCGCCGTTCACAAGCTGATCCTCGGGACACACACCTCCGACGACTATCCTAATTTTTTACTCGTTGCAGAAGTCCTCTTGCCGGTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

398 aa · LXL04_025314|LXL04_025314|OH1004|PROTEIN

MATEDNGGEDYQVEEEFRVWKKNTPILYDLVVSHALEWPSLTVQWLPSEPSLDSDGSFAVHKLILGTHTSDDYPNFLLVAEVLLPVDNSTSIESNLENHKIPKVEVIQKIHVDGEVNRARCMPQIPSIMAAKTSSSEIYVFNSTKQPLDHEGASCEPDVRLRGHDKEGFGLSWNPFKTGYLLSGSNDCKICLWDLSTMPDNKVLDAKHIYEGHGSVVGDVSWHLKNENLFGSVGDDCKLMIWDLRTNTHQQSVVVHEKEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025314`
TK1151 ID	TkA06G067750
OH-1004 ID	LXL04_025314
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025314

位置 Chr05:109707700-109710335 (+)

描述 Similar to MSI2: WD-40 repeat-containing protein MSI2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g16780`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	暂无已核实直接文献
`At4g35050`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	暂无已核实直接文献
`At5g58230`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	Arabidopsis MSI1 is required for epigenetic maintenance of reproductive development.2003 · DOI: 10.1242/dev.00470 Arabidopsis MSI1 is a component of the MEA/FIE Polycomb group complex and required for seed development.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg444 Identification of new members of Fertilisation Independent Seed Polycomb Group pathway involved in the control of seed development in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1242/dev.01168 Loss of function of MULTICOPY SUPPRESSOR OF IRA 1 produces nonviable parthenogenetic embryos in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.02.066 Chromatin assembly factor CAF-1 is required for cellular differentiation during plant development.2006 · DOI: 10.1242/dev.02599 Retinoblastoma and its binding partner MSI1 control imprinting in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1371/journal.pbio.0060194

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0640100`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025314 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010026 trichome differentiation 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16780

ath:AT4G35050

ath:AT5G58230

dosa:Os03g0640100

sly:543534

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.750

排名 1 · LXL04_025314 · OH-1004

细胞质0.406

排名 2 · LXL04_025314 · OH-1004

细胞膜0.028

排名 3 · LXL04_025314 · OH-1004

线粒体0.026

排名 4 · LXL04_025314 · OH-1004

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · LXL04_025314 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12265.15CAF1C_H4-bd15-85 aa

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd108-203 aa

PF24796.2WDR55109-334 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz113-252 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st114-286 aa

PF24814.2WD40_Prp19129-325 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3164-267 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd164-328 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025314	`PF12265.15`	CAF1C_H4-bd	15	85	1.8e-26	92.9
LXL04_025314	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	108	203	9.9e-15	55.4
LXL04_025314	`PF24796.2`	WDR55	109	334	4.3e-10	39.8
LXL04_025314	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	113	252	3.6e-24	86.3
LXL04_025314	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	114	286	1.4e-28	100.6
LXL04_025314	`PF24814.2`	WD40_Prp19	129	325	1.8e-18	67.3
LXL04_025314	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	164	267	2.7e-31	109.3
LXL04_025314	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	164	328	3.9e-13	50.1
LXL04_025314	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	170	334	1.2e-13	51.8
LXL04_025314	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	170	278	2.7e-11	43.9
LXL04_025314	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	177	257	1.1e-09	38.6
LXL04_025314	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	181	290	6e-10	39.4
LXL04_025314	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	181	331	8.8e-10	39.0
LXL04_025314	`PF24805.2`	EIF3I	186	291	1.4e-07	31.7
LXL04_025314	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	189	285	3.8e-16	60.1
LXL04_025314	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	206	331	4.5e-24	85.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22468`	拟南芥	WD-40 repeat-containing protein MSI2	67.775%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22469`	拟南芥	WD-40 repeat-containing protein MSI3	65.835%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22467`	拟南芥	Histone-binding protein MSI1	56.931%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10G81`	水稻	Histone-binding protein MSI1	55.062%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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