LXL04_025308 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025308

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 109511562-109513777 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1452 bp · LXL04_025308|LXL04_025308|OH1004|cDNA

ATGTATTTCAGACGTCCTTCTACTTCTAGGGATATGAAGAAAAGTAACAGAGCGAGCGTCGACACGGCGGTGGTTGATATCTGCCGCCGTGAAGTCGGACATCTTTCCACCAGGAAATTCGCCCACCGTCGCGCTGCTTCCGAGGACCTAGTCCTGCGACTCGATCTCGTAAGAAAGCTGGAAAAACACAGAGGATGCGTGAACACCGTGAGCTTCAATGCAGATGGCGACATTCTCGTCTCTGGTTCAGATGACAAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1452 bp · LXL04_025308|LXL04_025308|OH1004|CDS

ATGTATTTCAGACGTCCTTCTACTTCTAGGGATATGAAGAAAAGTAACAGAGCGAGCGTCGACACGGCGGTGGTTGATATCTGCCGCCGTGAAGTCGGACATCTTTCCACCAGGAAATTCGCCCACCGTCGCGCTGCTTCCGAGGACCTAGTCCTGCGACTCGATCTCGTAAGAAAGCTGGAAAAACACAGAGGATGCGTGAACACCGTGAGCTTCAATGCAGATGGCGACATTCTCGTCTCTGGTTCAGATGACAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

483 aa · LXL04_025308|LXL04_025308|OH1004|PROTEIN

MYFRRPSTSRDMKKSNRASVDTAVVDICRREVGHLSTRKFAHRRAASEDLVLRLDLVRKLEKHRGCVNTVSFNADGDILVSGSDDKIVILWDWETGSVKLSFNSGHNHNIFQAKIMPGTDDRTIVTCAADGQVRHATILECGKVETKLLARHQGRAHKLATEPGSPHIFYTCGEDGLVQHFDLRTGKATELFICEPVRGRSFMQVVNLNAIAIDPQNPNLFVTAGSDEFTRLYDIRSHKSNPSSPFGQPVDHFCPKHLLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025308`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_025308`
位置	Chr05:109511562-109513777 (+)
描述	Similar to DCAF8: DDB1- and CUL4-associated factor 8
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025308` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007283 spermatogenesis 生物过程 GO:0007338 single fertilization 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:50717 mmu:98193 pon:100174058 rno:364050 xla:431952 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.623

排名 1 · LXL04_025308 · OH-1004

细胞质0.382

排名 2 · LXL04_025308 · OH-1004

线粒体0.053

排名 3 · LXL04_025308 · OH-1004

细胞膜0.045

排名 4 · LXL04_025308 · OH-1004

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · LXL04_025308 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR148-103 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd54-191 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR555-193 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st55-145 aa

PF00400.39WD4056-92 aa

PF25391.2WD40_Gbeta56-187 aa

PF24796.2WDR5557-134 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st57-134 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025308	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	48	103	2.4e-14	53.8
LXL04_025308	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	54	191	5.8e-11	42.7
LXL04_025308	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	55	193	1.9e-31	110.2
LXL04_025308	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	55	145	3e-24	86.5
LXL04_025308	`PF00400.39`	WD40	56	92	5.1e-27	93.9
LXL04_025308	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	56	187	2.5e-09	37.3
LXL04_025308	`PF24796.2`	WDR55	57	134	1.3e-13	51.4
LXL04_025308	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	57	134	3.3e-10	40.5
LXL04_025308	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	58	164	1.2e-22	81.2
LXL04_025308	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	59	239	8.8e-15	55.5
LXL04_025308	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	59	134	5.2e-13	49.6
LXL04_025308	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	59	127	8.7e-12	45.8
LXL04_025308	`PF24805.2`	EIF3I	60	135	2.5e-10	40.7
LXL04_025308	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	63	134	2.5e-28	99.6
LXL04_025308	`PF24814.2`	WD40_Prp19	67	290	5.3e-20	72.4
LXL04_025308	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	120	190	2.5e-28	99.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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