LXL04_025229 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025229

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 108222880-108224486 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

849 bp · LXL04_025229|LXL04_025229|OH1004|cDNA

ATGGATCCGCCAATGATGATGAATGGAGGTGGTTTTCGGTCAAGTAATACGGGGTCGTCGTTGTGTAATTTGCCTGAGATCTGGCCCTTTCAGATAAATCTAGGCGGTGGCAGCGGCAATGCGGCGTCGTTTGGTATGGGGCAATTGGGGGATAATACCAGTGGAAGTGGTGTGTTTTTGGATAATCGAGATCATGTGGCGGTGGATGATCCGATGGTTGTGGACCAGAGAGGGAATAGTAATCAGAGTAAGAAACGACG...

CDS

下载 CDS FASTA

849 bp · LXL04_025229|LXL04_025229|OH1004|CDS

ATGGATCCGCCAATGATGATGAATGGAGGTGGTTTTCGGTCAAGTAATACGGGGTCGTCGTTGTGTAATTTGCCTGAGATCTGGCCCTTTCAGATAAATCTAGGCGGTGGCAGCGGCAATGCGGCGTCGTTTGGTATGGGGCAATTGGGGGATAATACCAGTGGAAGTGGTGTGTTTTTGGATAATCGAGATCATGTGGCGGTGGATGATCCGATGGTTGTGGACCAGAGAGGGAATAGTAATCAGAGTAAGAAACGACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

282 aa · LXL04_025229|LXL04_025229|OH1004|PROTEIN

MDPPMMMNGGGFRSSNTGSSLCNLPEIWPFQINLGGGSGNAASFGMGQLGDNTSGSGVFLDNRDHVAVDDPMVVDQRGNSNQSKKRREDDDSSKGVSTSSRSNGNSMLDSDGKRLKSLALETESESKPEPERSSGKKAENNAKPSDPPKQDYIHVRARRGQATDSHSLAERARREKISERMKILQDLVPGCNKVIGKALVLDEIINYIQSLQQQVEFLSMKLEAVTSRSHPSPQGFTSKDYGQQTFEMTGVPFGSQPTRE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025229`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025229

位置 Chr05:108222880-108224486 (+)

描述 Similar to BHLH094: Transcription factor BHLH094

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62610`	转录因子 bHLH79。	暂无已核实直接文献
`At1g59640`	参与花瓣大小的调控，通过干扰有丝分裂后细胞扩展来限制最终的花瓣细胞大小。	暂无已核实直接文献
`At5g48560`	结合 DNA 的转录因子，结合 G box 5'-CACGTG-3' 和 E-box 5'-CANNTG-3'（通过相似性）。	Multiple bHLH proteins form heterodimers to mediate CRY2-dependent regulation of flowering-time in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003861

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0193800`	形成与RSS3和TIFY11A/JAZ9的三元复合物的转录因子，用于负向调控茉莉酸响应基因。	暂无已核实直接文献
`Os03g0802900`	可能调控茉莉酸调节基因的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025229 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0048446 petal morphogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0046983 protein dimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59640

ath:AT5G48560

ath:AT5G62610

dosa:Os03g0802900

dosa:Os07g0193800

osa:4334471

osa:4342637

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.981

排名 1 · LXL04_025229 · OH-1004

细胞质0.081

排名 2 · LXL04_025229 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 3 · LXL04_025229 · OH-1004

内质网0.013

排名 4 · LXL04_025229 · OH-1004

质体0.010

排名 5 · LXL04_025229 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00010.32HLH165-212 aa

PF23173.3bHLH_SAC51170-214 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025229	`PF00010.32`	HLH	165	212	2.6e-09	37.4
LXL04_025229	`PF23173.3`	bHLH_SAC51	170	214	8.3e-09	36.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LV17`	拟南芥	Transcription factor bHLH79	46.048%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JXE7`	拟南芥	Transcription factor BPE	51.429%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FJL4`	拟南芥	Transcription factor bHLH78	84.884%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q69WS3`	水稻	Transcription factor BHLH094	63.902%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84T08`	水稻	Transcription factor BHLH089	59.804%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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