LXL04_025115 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025115

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 106292553-106299895 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3669 bp · LXL04_025115|LXL04_025115|OH1004|cDNA

ATGTGTCAAGTTTACCTCTATAAATTTTTACCTACCAATCCTTCCGGTCGAGTCTACGTTGACTTGCTGAAATGGACAAATCCGATTCGAGTGAAGATTGACGCAAATCTATATTTCCACTTGACTTTCTCTTGTGTTCTCATTTGTACTCAACAGGTAAATGTAGGCGGATTCACTTTGATTGTAACCTTATGGGGTTTATCAAGTCTCGAAGGCGTTTGTTCACATGGAGTTCACCCTCTCGCGAGAATTGCCATAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3669 bp · LXL04_025115|LXL04_025115|OH1004|CDS

ATGTGTCAAGTTTACCTCTATAAATTTTTACCTACCAATCCTTCCGGTCGAGTCTACGTTGACTTGCTGAAATGGACAAATCCGATTCGAGTGAAGATTGACGCAAATCTATATTTCCACTTGACTTTCTCTTGTGTTCTCATTTGTACTCAACAGGTAAATGTAGGCGGATTCACTTTGATTGTAACCTTATGGGGTTTATCAAGTCTCGAAGGCGTTTGTTCACATGGAGTTCACCCTCTCGCGAGAATTGCCATAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1222 aa · LXL04_025115|LXL04_025115|OH1004|PROTEIN

MCQVYLYKFLPTNPSGRVYVDLLKWTNPIRVKIDANLYFHLTFSCVLICTQQVNVGGFTLIVTLWGLSSLEGVCSHGVHPLARIAIENTVLDLNNSASSVKVSPSVLGTGGQSFDWVNVNISNPNPSDNDWIGVFSPSNVSTSTCAPENSEVLAPLLCTAPIKYKYVKDGNPNYKNTGKALLKFRLINQRSDFSLALFTGGLSKPKLVTVSNTIAFSNPNVPNYPRLTQGKLWNQMSVTWTSGYGTREARPFVEWGKKGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025115`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025115

位置 Chr05:106292553-106299895 (-)

描述 Similar to PAP1: Probable inactive purple acid phosphatase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13750`	可能失活的紫酸性磷酸酶1。	暂无已核实直接文献
`At5g50400`	可能失活的紫色酸性磷酸酶27。	暂无已核实直接文献
`At4g24890`	可能失活的紫色酸性磷酸酶24。	暂无已核实直接文献
`At2g03450`	可能失活的紫色酸性磷酸酶9。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025115 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003993 acid phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13750

ath:AT4G24890

ath:AT5G50400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.425

排名 1 · LXL04_025115 · OH-1004

溶酶体／液泡0.204

排名 2 · LXL04_025115 · OH-1004

细胞膜0.155

排名 3 · LXL04_025115 · OH-1004

细胞质0.127

排名 4 · LXL04_025115 · OH-1004

内质网0.086

排名 5 · LXL04_025115 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17808.8fn3_PAP100-218 aa

PF16656.12Pur_ac_phosph_N224-329 aa

PF00149.34Metallophos341-556 aa

PF14008.12Metallophos_C571-628 aa

PF17808.8fn3_PAP657-774 aa

PF16656.12Pur_ac_phosph_N780-886 aa

PF00149.34Metallophos898-1113 aa

PF14008.12Metallophos_C1138-1197 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025115	`PF17808.8`	fn3_PAP	100	218	5e-82	272.4
LXL04_025115	`PF16656.12`	Pur_ac_phosph_N	224	329	1.6e-24	87.1
LXL04_025115	`PF00149.34`	Metallophos	341	556	1e-34	121.4
LXL04_025115	`PF14008.12`	Metallophos_C	571	628	2.5e-31	108.8
LXL04_025115	`PF17808.8`	fn3_PAP	657	774	5e-82	272.4
LXL04_025115	`PF16656.12`	Pur_ac_phosph_N	780	886	1.6e-24	87.1
LXL04_025115	`PF00149.34`	Metallophos	898	1113	1e-34	121.4
LXL04_025115	`PF14008.12`	Metallophos_C	1138	1197	2.5e-31	108.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LMX4`	拟南芥	Probable inactive purple acid phosphatase 1	73.826%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5MAU8`	拟南芥	Probable inactive purple acid phosphatase 27	69.728%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H1R2`	拟南芥	Probable inactive purple acid phosphatase 24	66.837%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZQ81`	拟南芥	Probable inactive purple acid phosphatase 9	30.808%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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