LXL04_025098 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025098

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 105937550-105943178 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2154 bp · LXL04_025098|LXL04_025098|OH1004|cDNA

ATGGCGGATGCTCTATCTGCCATTCCGGCCGCCGTGCTTCGAAACCTCTCTGATAAGCTATATGAGAAGCGGAAAAATGCGGCGCTTGAGGTTGAAGGAATTGTAAAGCAATTGACAGCTGCTGGAGATCATGATAAGATTACTGCTGTGATTAATCTGTTGACTCATGAGTATACTTACTCACCTCAAGCAAATCACCGCAAGGGAGGTTTGATAGGCTTGGCTGCAGCAACTGTTGGTTTGAGTGCTGAAGCTGCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2154 bp · LXL04_025098|LXL04_025098|OH1004|CDS

ATGGCGGATGCTCTATCTGCCATTCCGGCCGCCGTGCTTCGAAACCTCTCTGATAAGCTATATGAGAAGCGGAAAAATGCGGCGCTTGAGGTTGAAGGAATTGTAAAGCAATTGACAGCTGCTGGAGATCATGATAAGATTACTGCTGTGATTAATCTGTTGACTCATGAGTATACTTACTCACCTCAAGCAAATCACCGCAAGGGAGGTTTGATAGGCTTGGCTGCAGCAACTGTTGGTTTGAGTGCTGAAGCTGCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

717 aa · LXL04_025098|LXL04_025098|OH1004|PROTEIN

MADALSAIPAAVLRNLSDKLYEKRKNAALEVEGIVKQLTAAGDHDKITAVINLLTHEYTYSPQANHRKGGLIGLAAATVGLSAEAAQHLEQILPPVINSFSDQDSRVRYYACEALYNIAKVVRGEFIFHFNKIFDALCKLSADSDPNVQSAAHLLDRLVKDIVTESDQFSIEEFIPLLRERMNVLNPYVRQFLVGWITVLDSVPDIDMLGFLPDFLDGLFNMLSDSSHEIRQQADSALSEFLQEIKNSPSVDYGRMAEIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025098`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025098

位置 Chr05:105937550-105943178 (-)

描述 Similar to VAC14: Protein VAC14 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01690`	PI(3,5)P2 调节复合物调节磷脂酰肌醇 3,5-二磷酸 (PtdIns(3,5)P2) 的合成和周转。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025098 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006661 phosphatidylinositol biosynthetic process 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:1903100 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 3,5-bisphosphate metabolic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0031901 early endosome membrane 细胞组分

GO:0031902 late endosome membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01690

dre:447912

gga:415678

hsa:55697

xla:447315

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.584

排名 1 · LXL04_025098 · OH-1004

高尔基体0.252

排名 2 · LXL04_025098 · OH-1004

细胞核0.221

排名 3 · LXL04_025098 · OH-1004

溶酶体／液泡0.163

排名 4 · LXL04_025098 · OH-1004

细胞膜0.129

排名 5 · LXL04_025098 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23271.2HEAT_GCN15-123 aa

PF24714.2TOR1L1_N12-240 aa

PF24987.2HEAT_EF3_N24-123 aa

PF12755.14Vac14_Fab1_bd65-161 aa

PF13513.13HEAT_EZ67-118 aa

PF02985.29HEAT92-121 aa

PF23271.2HEAT_GCN1113-255 aa

PF12717.14Cnd1171-280 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025098	`PF23271.2`	HEAT_GCN1	5	123	3.5e-19	70.4
LXL04_025098	`PF24714.2`	TOR1L1_N	12	240	7.6e-12	45.9
LXL04_025098	`PF24987.2`	HEAT_EF3_N	24	123	1.8e-18	67.8
LXL04_025098	`PF12755.14`	Vac14_Fab1_bd	65	161	2.6e-51	172.9
LXL04_025098	`PF13513.13`	HEAT_EZ	67	118	5.9e-15	56.1
LXL04_025098	`PF02985.29`	HEAT	92	121	2.4e-18	65.2
LXL04_025098	`PF23271.2`	HEAT_GCN1	113	255	3.5e-19	70.4
LXL04_025098	`PF12717.14`	Cnd1	171	280	7.5e-12	46.3
LXL04_025098	`PF24987.2`	HEAT_EF3_N	232	395	1.8e-18	67.8
LXL04_025098	`PF11916.14`	Vac14_Fig4_bd	429	608	2.2e-71	239.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZU97`	拟南芥	Protein VAC14 homolog	75.936%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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