LXL04_024919 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024919

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 102175523-102177505 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1156 bp · LXL04_024919|LXL04_024919|OH1004|cDNA

CGTCGTGTAGACGTGGCCACATTTGTAACCAGATTCTTATGGCGAGGGAGTGTTACCGACTCAAAGCCCTGCCACGACAATCAATTCCCGCTCACCCACCGCCGGAAACTTCTTTATAAACCTCGACTTTCGTCAGCTATTCCTCGCAGACTTCTGTGATCCGATAGCTATAATGGGGGTCAATGAGCTAAACGATAGTAAACCAATGGTGGTTATCAATAAACTCAAGTTCACCTACCCTGGGATCGACGGCCATCCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

984 bp · LXL04_024919|LXL04_024919|OH1004|CDS

ATGGGGGTCAATGAGCTAAACGATAGTAAACCAATGGTGGTTATCAATAAACTCAAGTTCACCTACCCTGGGATCGACGGCCATCCGCCTCCTGGTTCAGTTCCTCTCATCCAGGATTTCTCCCTAACTCTCAACGCCGGTGATCGTTTCCTTCTCGTCGGAGCTAATGGCGCTGGAAAAACGACGATACTGAAGATACTGGGAGGGAAGCACATGGTGGATCCTGATATGGTTAGGGTTCTTGGCAGATCGGCTTTCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

327 aa · LXL04_024919|LXL04_024919|OH1004|PROTEIN

MGVNELNDSKPMVVINKLKFTYPGIDGHPPPGSVPLIQDFSLTLNAGDRFLLVGANGAGKTTILKILGGKHMVDPDMVRVLGRSAFHDTSLTSSGDLAYLGGEWRREVAFAGFDVAIQMDISAEKMLFGVSGVDPQRRAELIKVLDVDLSWRMHKVSDGQRRRVQICMGLLKEFKVLLLDEITVDLDVLARADLLTFLKKECEERGATIIYATHIFDGLENWPSHIVYVAQGKLQLALPMEEVRKMSNLSLMRTVEKWLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024919`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024919

位置 Chr05:102175523-102177505 (-)

描述 Similar to ABCI20: ABC transporter I family member 20

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02270`	ABC 转运蛋白 I 家族成员 20。	暂无已核实直接文献
`At5g44110`	ABC转运蛋白I家族成员21。	暂无已核实直接文献
`At1g03905`	ABC 转运蛋白 I 家族成员 19。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024919 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0030014 CCR4-NOT complex 细胞组分

GO:0030015 CCR4-NOT core complex 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03905

ath:AT5G02270

ath:AT5G44110

sce:YFL028C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.600

排名 1 · LXL04_024919 · OH-1004

细胞核0.386

排名 2 · LXL04_024919 · OH-1004

线粒体0.095

排名 3 · LXL04_024919 · OH-1004

细胞膜0.058

排名 4 · LXL04_024919 · OH-1004

内质网0.043

排名 5 · LXL04_024919 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005.34ABC_tran38-183 aa

PF13304.13AAA_21151-214 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024919	`PF00005.34`	ABC_tran	38	183	3.4e-18	67.3
LXL04_024919	`PF13304.13`	AAA_21	151	214	3.9e-13	50.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZ98`	拟南芥	ABC transporter I family member 20	83.810%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9XF19`	拟南芥	ABC transporter I family member 21	59.036%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3EDJ0`	拟南芥	ABC transporter I family member 19	61.739%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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