LXL04_024800 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024800

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 99121400-99123367 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1871 bp · LXL04_024800|LXL04_024800|OH1004|cDNA

ATCACAAAACATAACACATATATCTCTCTATCAACCTCACAAACTTTTTCTGCAACCAAAACATACCAAGTACTTACTTTCAGgcaatctatatatatacgtcaATTAAATCTATTAAAGTATTAATGGAGAGACTTCCTAAGTGTCCAGCAAACTATGTCCCCCTCACTCCTCTCACTTTCATCAAGAGAGCTTCCATGGTTTATTCCAACCGTACCTCCATCATCTATGGCGGTGTCAGCTTCACTTGGCGCCAAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1746 bp · LXL04_024800|LXL04_024800|OH1004|CDS

ATGGAGAGACTTCCTAAGTGTCCAGCAAACTATGTCCCCCTCACTCCTCTCACTTTCATCAAGAGAGCTTCCATGGTTTATTCCAACCGTACCTCCATCATCTATGGCGGTGTCAGCTTCACTTGGCGCCAAACTTATGAGAGATGCTGTCGTCTTGCCTACTCCCTCCGCTCCCTTAACGTTGTCAAAAACGATGTCGTATCTGTGTTAGCACCAAACGTACCGGCGTTATACGAGATGCATTTCGCAGTGCCAATGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

581 aa · LXL04_024800|LXL04_024800|OH1004|PROTEIN

MERLPKCPANYVPLTPLTFIKRASMVYSNRTSIIYGGVSFTWRQTYERCCRLAYSLRSLNVVKNDVVSVLAPNVPALYEMHFAVPMAGAVLNAMNTRLDAKNIATILCHSEAKVFFVDYQYVPLASEALQMLDNRNVPMPLVIVVDDVDKPTGVRLGELEYELLVSHGNPLYQGEELEDEWDAISLNYTSGTTSEPKGVVYSHRGAFLSTMSLIQGWEMGTEAVYMWSLPMFHCNGWTFTWGVAARGGTNVCIRNTTAEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024800`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024800

位置 Chr05:99121400-99123367 (-)

描述 Similar to AAE12: Probable acyl-activating enzyme 12, peroxisomal

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65890`	可能作为酸-硫醇连接酶，通过形成酰基辅酶A活化羧酸。	暂无已核实直接文献
`At1g65880`	苯甲酸酯 - CoA 连接酶参与种子中苯甲酰氧基芥子油苷的生物合成。	Characterization of seed-specific benzoyloxyglucosinolate mutations in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03205.x
`At1g66120`	丁酸-CoA连接酶，在体外可与中链脂肪酸活性，偏好己酸和辛酸。	暂无已核实直接文献
`At1g20560`	催化辅酶A与丁酸结合生成丁酰辅酶A。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024800 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006631 fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009698 phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009800 cinnamic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009803 cinnamic acid metabolic process 生物过程

GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程

GO:0019605 butyrate metabolic process 生物过程

GO:0019761 glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0052315 phytoalexin biosynthetic process 生物过程

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20560

ath:AT1G65880

ath:AT1G65890

ath:AT1G66120

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.472

排名 1 · LXL04_024800 · OH-1004

细胞质0.258

排名 2 · LXL04_024800 · OH-1004

线粒体0.186

排名 3 · LXL04_024800 · OH-1004

细胞核0.076

排名 4 · LXL04_024800 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 5 · LXL04_024800 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00501.35AMP-binding24-402 aa

PF13193.13AMP-binding_C452-527 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024800	`PF00501.35`	AMP-binding	24	402	4.4e-79	266.8
LXL04_024800	`PF13193.13`	AMP-binding_C	452	527	2.2e-25	90.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SS00`	拟南芥	Probable acyl-activating enzyme 12, peroxisomal	60.670%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SS01`	拟南芥	Benzoate--CoA ligase, peroxisomal	59.930%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C8D4`	拟南芥	Butyrate--CoA ligase AAE11, peroxisomal	60.644%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4HUK6`	拟南芥	Butanoate--CoA ligase AAE1	50.735%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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