LXL04_024725 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024725

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 97467304-97471119 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2430 bp · LXL04_024725|LXL04_024725|OH1004|cDNA

ATGAATTACACCTTGCTTCGCTCTCTATTTGCCAATTTCTTGTTCTCCCTGTTGATATGTGGATCGATTGTCAGCGTTCACAACTTGGAAATCTCGAAGGTCGATCATGCACCAGCGAAGCGGTCTCTATTGTCTTTTCCGGATAAACACGACACCGCCCTTGTTGCTACATTGGATGGCACAATCAATTTGGTGTACCGTGATTCTGGgagggtaatttggtcatttgGATCAGGATCCCCAATCTACTCTTCCTACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2430 bp · LXL04_024725|LXL04_024725|OH1004|CDS

ATGAATTACACCTTGCTTCGCTCTCTATTTGCCAATTTCTTGTTCTCCCTGTTGATATGTGGATCGATTGTCAGCGTTCACAACTTGGAAATCTCGAAGGTCGATCATGCACCAGCGAAGCGGTCTCTATTGTCTTTTCCGGATAAACACGACACCGCCCTTGTTGCTACATTGGATGGCACAATCAATTTGGTGTACCGTGATTCTGGGAGGGTAATTTGGTCATTTGGATCAGGATCCCCAATCTACTCTTCCTACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

809 aa · LXL04_024725|LXL04_024725|OH1004|PROTEIN

MNYTLLRSLFANFLFSLLICGSIVSVHNLEISKVDHAPAKRSLLSFPDKHDTALVATLDGTINLVYRDSGRVIWSFGSGSPIYSSYQAPITHDDDDENVTLPGNSYYVDCADDWKLYAHTAIGKVSMDMTMEEFIRIMPHVSEDGGVILGSKKTTAFVVDAHTGRLIRVHHTSSTNEHSNSIIQKSTMVNEKPDKQFSFTRTDYLLTSFAPNSNKVLWNVTLADIDVALLCPSLSLPNNPRSKSIVDFDFDFDLPMPCQS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024725`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024725

位置 Chr05:97467304-97471119 (-)

描述 Similar to IRE1B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1b

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g24360`	Senses 通过其 N 末端结构域在内质网腔中展开蛋白质，从而导致酶自动激活。	Heat induces the splicing by IRE1 of a mRNA encoding a transcription factor involved in the unfolded protein response in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1102117108 AtIRE1A/AtIRE1B and AGB1 independently control two essential unfolded protein response pathways in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04788.x Arabidopsis IRE1 catalyses unconventional splicing of bZIP60 mRNA to produce the active transcription factor.2011 · DOI: 10.1038/srep00029 IRE1/bZIP60-mediated unfolded protein response plays distinct roles in plant immunity and abiotic stress responses.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0031944 Alteration of the bZIP60/IRE1 pathway affects plant response to ER stress in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0039023 Degradation of the endoplasmic reticulum by autophagy during endoplasmic reticulum stress in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.101535
`At3g11870`	失活的丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶／核糖核酸内切酶IRE1样蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0471000`	参与内质网应激反应。	Signal transduction by IRE1-mediated splicing of bZIP50 and other stress sensors in the endoplasmic reticulum stress response of rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04844.x Conservation of IRE1-regulated bZIP74 mRNA unconventional splicing in rice (Oryza sativa L.) involved in ER stress responses.2012 · DOI: 10.1093/mp/ssr115

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024725 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000394 RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation 生物过程

GO:0002376 immune system process 生物过程

GO:0006020 inositol metabolic process 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0006986 response to unfolded protein 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0030968 endoplasmic reticulum unfolded protein response 生物过程

GO:0034067 protein localization to Golgi apparatus 生物过程

GO:0034263 positive regulation of autophagy in response to ER overload 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11870

ath:AT5G24360

dosa:Os07g0471000

sce:YHR079C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.493

排名 1 · LXL04_024725 · OH-1004

高尔基体0.169

排名 2 · LXL04_024725 · OH-1004

细胞核0.153

排名 3 · LXL04_024725 · OH-1004

细胞质0.142

排名 4 · LXL04_024725 · OH-1004

细胞膜0.074

排名 5 · LXL04_024725 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase403-675 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr404-667 aa

PF06479.18Ribonuc_2-5A681-806 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024725	`PF00069.32`	Pkinase	403	675	1.6e-35	123.5
LXL04_024725	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	404	667	2.4e-23	83.5
LXL04_024725	`PF06479.18`	Ribonuc_2-5A	681	806	1.4e-44	152.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93VJ2`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1b	63.063%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SF12`	拟南芥	Inactive serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1-like	42.650%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7XIT1`	水稻	Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1	59.036%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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