LXL04_024723 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024723

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 97445597-97448236 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

786 bp · LXL04_024723|LXL04_024723|OH1004|cDNA

ATGGAACAGGATGAAGGGAACAATAATACCAATGGAGGGATGTTTGTCAAAGTAATGACTGATGAACAAATGGAAGTTCTTCGCAAACAAATCGCGATTTATGCTACTATTTGCGAACAGCTTGTCGATTTGCATAAATCGCTTACTTCTCATCACGATCTAGGAGGAGTCAGACTTGGAAACTTATACAGCGACCCATTAGTCACATCCGGCGGCCACAAATTTTCCGGCAGACAACGGTGGACACCAACACCGGTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

786 bp · LXL04_024723|LXL04_024723|OH1004|CDS

ATGGAACAGGATGAAGGGAACAATAATACCAATGGAGGGATGTTTGTCAAAGTAATGACTGATGAACAAATGGAAGTTCTTCGCAAACAAATCGCGATTTATGCTACTATTTGCGAACAGCTTGTCGATTTGCATAAATCGCTTACTTCTCATCACGATCTAGGAGGAGTCAGACTTGGAAACTTATACAGCGACCCATTAGTCACATCCGGCGGCCACAAATTTTCCGGCAGACAACGGTGGACACCAACACCGGTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

261 aa · LXL04_024723|LXL04_024723|OH1004|PROTEIN

MEQDEGNNNTNGGMFVKVMTDEQMEVLRKQIAIYATICEQLVDLHKSLTSHHDLGGVRLGNLYSDPLVTSGGHKFSGRQRWTPTPVQLQILERLFEQGNGTPSKQKIKEITSELSQHGQISETNVYNWFQNRRARSKRKQQVSSAPNNGESEVETEVESPKPQQNSASTADDNMCFQNPNVSSGISSVDQRAKKVEPVFPSDATSKAAGNNLGQMSYYGSMLANPTDCTSVNAGMDCIIGKMEAQGSYQSYMQGDEYNMP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024723`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024723

位置 Chr05:97445597-97448236 (+)

描述 Similar to WOX8: WUSCHEL-related homeobox 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35550`	转录因子参与果实图案的调节。	The WOX13 homeobox gene promotes replum formation in the Arabidopsis thaliana fruit.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12010 Wound-inducible WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX 13 is required for callus growth and organ reconnection.2022 · DOI: 10.1093/plphys/kiab510
`At1g20700`	在TDR/PXY受体激酶下游与WOX4具有冗余作用，调控维管组织中原形成层细胞增殖和分化，与在维管中的任何作用无关。	WOX14 promotes bioactive gibberellin synthesis and vascular cell differentiation in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13513
`At1g20710`	潜在的转录因子，在发育过程中起核心作用。	暂无已核实直接文献
`At3g18010`	可能参与发育过程的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0818400`	可能参与发育过程的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024723 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010047 fruit dehiscence 生物过程

GO:0010072 primary shoot apical meristem specification 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0099402 plant organ development 生物过程

GO:1990058 fruit replum development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20700

ath:AT1G20710

ath:AT3G18010

ath:AT4G35550

dosa:Os01g0818400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.983

排名 1 · LXL04_024723 · OH-1004

细胞质0.085

排名 2 · LXL04_024723 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 3 · LXL04_024723 · OH-1004

内质网0.011

排名 4 · LXL04_024723 · OH-1004

质体0.007

排名 5 · LXL04_024723 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00046.36Homeodomain78-138 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024723	`PF00046.36`	Homeodomain	78	138	4.2e-17	62.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81788`	拟南芥	WUSCHEL-related homeobox 13	46.909%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LM84`	拟南芥	WUSCHEL-related homeobox 14	50.857%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LM83`	拟南芥	Putative WUSCHEL-related homeobox 10	44.828%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6X7K0`	拟南芥	WUSCHEL-related homeobox 1	48.387%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5QMM3`	水稻	WUSCHEL-related homeobox 8	51.394%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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