LXL04_024691 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024691

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 96724239-96727535 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1584 bp · LXL04_024691|LXL04_024691|OH1004|cDNA

ATGCATTCCTTTTTCGTCTTCTTCATCACCTTTCTTTCAATTTGGGGCAATAATATCATAAAGCACTGCTATGCAAGCGTCTTCACCTTAAAGATGCACCACCGGTTCTCCGAACCGGTGAGGAAGTGGTCGGAAAGCATTAACAAACTCTCCGCAACTGATTTCCCATCCAAAGGCAGCGTGGAGTTCTACTCTCAGTTGGCCGACCACGACAGGGTATTTCGAGGTCGGGGACTTACCGATTCCGGCGAACAACACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1584 bp · LXL04_024691|LXL04_024691|OH1004|CDS

ATGCATTCCTTTTTCGTCTTCTTCATCACCTTTCTTTCAATTTGGGGCAATAATATCATAAAGCACTGCTATGCAAGCGTCTTCACCTTAAAGATGCACCACCGGTTCTCCGAACCGGTGAGGAAGTGGTCGGAAAGCATTAACAAACTCTCCGCAACTGATTTCCCATCCAAAGGCAGCGTGGAGTTCTACTCTCAGTTGGCCGACCACGACAGGGTATTTCGAGGTCGGGGACTTACCGATTCCGGCGAACAACACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

527 aa · LXL04_024691|LXL04_024691|OH1004|PROTEIN

MHSFFVFFITFLSIWGNNIIKHCYASVFTLKMHHRFSEPVRKWSESINKLSATDFPSKGSVEFYSQLADHDRVFRGRGLTDSGEQHLTFSDGNSSLRIKSLGYLHYTTVSLGTPGQKFLVALDTGSDLFWVPCECSRCAAIDNTPYSSKFNMSIYNPKESSTSKKVTCNHRLCTTSCPGTGTATTCPYSSSYISSQTSTSGILMEDFLHLETDDINGQIVNAFVTFGCGQVQSGSFLHVAAPNGLFGLGMEKISVPSFLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024691`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024691

位置 Chr05:96724239-96727535 (-)

描述 Similar to APF1: Aspartyl protease family protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17760`	天冬氨酰蛋白酶。	暂无已核实直接文献
`At5g10080`	天冬氨酸蛋白酶样蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`At1g65240`	显示天冬氨酸蛋白水解活性。	暂无已核实直接文献
`At1g49050`	参与 BAG6 的蛋白水解加工和植物基础免疫。	Aspartyl Protease-Mediated Cleavage of BAG6 Is Necessary for Autophagy and Fungal Resistance in Plants.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00626
`At5g36260`	显示天冬氨酸蛋白水解活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024691 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49050

ath:AT1G65240

ath:AT2G17760

ath:AT5G10080

ath:AT5G36260

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.579

排名 1 · LXL04_024691 · OH-1004

细胞外0.174

排名 2 · LXL04_024691 · OH-1004

细胞质0.118

排名 3 · LXL04_024691 · OH-1004

内质网0.101

排名 4 · LXL04_024691 · OH-1004

溶酶体／液泡0.081

排名 5 · LXL04_024691 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14543.12TAXi_N106-285 aa

PF00026.29Asp106-440 aa

PF14541.12TAXi_C305-445 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024691	`PF14543.12`	TAXi_N	106	285	1.4e-35	123.8
LXL04_024691	`PF00026.29`	Asp	106	440	6.8e-27	95.4
LXL04_024691	`PF14541.12`	TAXi_C	305	445	3.2e-16	60.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYV9`	拟南芥	Aspartyl protease family protein 1	52.983%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LX20`	拟南芥	Aspartic proteinase-like protein 1	37.302%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S9K4`	拟南芥	Aspartic proteinase 39	26.810%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M9A8`	拟南芥	Aspartyl protease APCB1	27.110%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q4V3D2`	拟南芥	Aspartic proteinase 36	26.202%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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