LXL04_024683 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024683

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 96653909-96655012 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

639 bp · LXL04_024683|LXL04_024683|OH1004|cDNA

ATGGATTCTTATGGAAGAAGTTACGGCGTACAACATCAATCTGGCAACCAACGTCCAAGGTTTAACAACATGCAACCTCACTGGGGTTTCGTTCCACCCTCTCTTCATACTTCAACTCCATTCATGCCTCCACAAATGCATGTGCCCCTTCCCCCTTTTACCAACAGTTTCATGTACCCCGCACATGCGGCGCCTGCTATGAATTATTTTCAAGATGCAACTCCAATACCGATACCAGACCCTTTCAGGTTTTTGCCGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

639 bp · LXL04_024683|LXL04_024683|OH1004|CDS

ATGGATTCTTATGGAAGAAGTTACGGCGTACAACATCAATCTGGCAACCAACGTCCAAGGTTTAACAACATGCAACCTCACTGGGGTTTCGTTCCACCCTCTCTTCATACTTCAACTCCATTCATGCCTCCACAAATGCATGTGCCCCTTCCCCCTTTTACCAACAGTTTCATGTACCCCGCACATGCGGCGCCTGCTATGAATTATTTTCAAGATGCAACTCCAATACCGATACCAGACCCTTTCAGGTTTTTGCCGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

212 aa · LXL04_024683|LXL04_024683|OH1004|PROTEIN

MDSYGRSYGVQHQSGNQRPRFNNMQPHWGFVPPSLHTSTPFMPPQMHVPLPPFTNSFMYPAHAAPAMNYFQDATPIPIPDPFRFLPLIPRPDLDEKIITQIDYYFSKENLAKDVHLRQNMDEQGWVSVYLIAGFNRISSLTNNVRLILDVMRASTTVEVKGEKMRRRDGWMKWPPIPRSLNVESLSSRSECYGGGLEVKGVGMVFIGQPWLK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024683`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024683

位置 Chr05:96653909-96655012 (-)

描述 Similar to LARP1B: La-related protein 1B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g66100`	促进叶片衰老。	暂无已核实直接文献
`At5g21160`	热应激条件下适应和生存所必需。	暂无已核实直接文献
`At4g35890`	促进脱落酸、水杨酸和茉莉酸介导的叶片衰老，可能是通过诱导衰老相关基因和防御相关基因的表达来实现。	Overexpression of a LAM domain containing RNA-binding protein LARP1c induces precocious leaf senescence in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1007/s10059-012-0111-5

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024683 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程

GO:0070370 cellular heat acclimation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G35890

ath:AT5G21160

ath:AT5G66100

cng:CNAG_04570

hsa:55132

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.546

排名 1 · LXL04_024683 · OH-1004

细胞核0.534

排名 2 · LXL04_024683 · OH-1004

内质网0.054

排名 3 · LXL04_024683 · OH-1004

细胞膜0.042

排名 4 · LXL04_024683 · OH-1004

线粒体0.036

排名 5 · LXL04_024683 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05383.24La97-152 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024683	`PF05383.24`	La	97	152	1.1e-21	77.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWR2`	拟南芥	La-related protein 1B	45.370%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q940X9`	拟南芥	La-related protein 1A	41.053%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94K80`	拟南芥	La-related protein 1C	32.275%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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