LXL04_024213 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024213

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 84673886-84684020 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1128 bp · LXL04_024213|LXL04_024213|OH1004|cDNA

ATGTGGTTCTCTATAGATGATAATGGAAAGTATCAAGAGATGATATCTGCAATGAAGTTTATGCATCTAGGTCCAAACAAATATGAAGTGATCGCCTTACGTGAATCTAGTCCAACATGTAGATTCCCAATGGTAGCAAAGATTTTTGATGCTTCAAAGCTTAATATGCAAGTGAAGATTACAACACAATTTCTATCATCTGGTGTGACATATGCAGCTTACCTCCGATGCAAACACAAGTATTCTGCTGACTATCCGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1128 bp · LXL04_024213|LXL04_024213|OH1004|CDS

ATGTGGTTCTCTATAGATGATAATGGAAAGTATCAAGAGATGATATCTGCAATGAAGTTTATGCATCTAGGTCCAAACAAATATGAAGTGATCGCCTTACGTGAATCTAGTCCAACATGTAGATTCCCAATGGTAGCAAAGATTTTTGATGCTTCAAAGCTTAATATGCAAGTGAAGATTACAACACAATTTCTATCATCTGGTGTGACATATGCAGCTTACCTCCGATGCAAACACAAGTATTCTGCTGACTATCCGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

375 aa · LXL04_024213|LXL04_024213|OH1004|PROTEIN

MWFSIDDNGKYQEMISAMKFMHLGPNKYEVIALRESSPTCRFPMVAKIFDASKLNMQVKITTQFLSSGVTYAAYLRCKHKYSADYPVIRSLKYRLNNHNRSYKSYCGDYKDGWRMLELFQTTSNKRSIEFNVLLQGFCLANFLGDDEVIVEGIVFLPIQKFDEEITKDHDVENLPTTEIECRLPNDYKQYVYSGKNMVKRVQSYFIVETKEEAFSVLTRGVHMKTKCDLDVPAWFSYNNLSGLVPGTGQFSYFNYTSFLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024213`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024213

位置 Chr05:84673886-84684020 (+)

描述 Similar to BAM1: Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g65700`	富含亮氨酸重复序列的受体样激酶，与CLV1和BAM3共同感知CLAVATA类肽CLE25、CLE26和CLE45，经CIK及PBL34、PBL35和PBL36的磷酸化传递信号，调控原生韧皮部分化和分生组织维持。	暂无已核实直接文献
`At3g49670`	富含LRR的类受体激酶（LRR-RLK），涉及CLAVATA家族肽（CLEs）的检测，以及通过CIK蛋白的磷酸化调节触发信号以促进原韧皮部分化和分生组织维持，可能还包括PBL34、PBL35和PBL36。	暂无已核实直接文献
`At1g75820`	富含LRR的类受体激酶（LRR-RLK），类似于BAM1和BAM3，参与CLAVATA家族肽（例如CLV3、CLE25、CLE26和CLE45）的检测，并通过CIK蛋白（CIKs）以及PBL34、PBL35和PBL36的磷酸化调节原韧皮部分化和分生组织维持所需的触发信号。	Stem cell signaling in Arabidopsis requires CRN to localize CLV2 to the plasma membrane.2010 · DOI: 10.1104/pp.109.149930 Receptor-like cytoplasmic kinase MAZZA mediates developmental processes with CLAVATA1 family receptors in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1093/jxb/erab183 A CLE-BAM-CIK signalling module controls root protophloem differentiation in Arabidopsis.2022 · DOI: 10.1111/nph.17791 Receptor-like cytoplasmic kinases PBL34/35/36 are required for CLE peptide-mediated signaling to maintain shoot apical meristem and root apical meristem homeostasis in Arabidopsis.2022 · DOI: 10.1093/plcell/koab315

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024213 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007172 signal complex assembly 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0036289 peptidyl-serine autophosphorylation 生物过程

GO:0048229 gametophyte development 生物过程

GO:0048437 floral organ development 生物过程

GO:2000037 regulation of stomatal complex patterning 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75820

ath:AT3G49670

ath:AT5G65700

mtr:11439632

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.444

排名 1 · LXL04_024213 · OH-1004

内质网0.220

排名 2 · LXL04_024213 · OH-1004

细胞质0.193

排名 3 · LXL04_024213 · OH-1004

细胞核0.164

排名 4 · LXL04_024213 · OH-1004

溶酶体／液泡0.091

排名 5 · LXL04_024213 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14299.14PP237-133 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024213	`PF14299.14`	PP2	37	133	3.4e-06	27.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49545`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM1	75.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M2Z1`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM2	68.345%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SYQ8`	拟南芥	Receptor protein kinase CLAVATA1	45.455%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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