LXL04_024169 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024169

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 83064244-83066226 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1983 bp · LXL04_024169|LXL04_024169|OH1004|cDNA

ATGGGAAGTTTCAACCCCATGATGAACACGCCGGAAGAAGAGAATCTGATAGCTGCTGCCAGACTTATTCTAAAAGAACTGGAGTCCAACATCATATTGTCCAGTGAAGCAACGAAAATCTTGGAGGATCTAGCCATAAAATTGTCATCCATAACCAAAATCACCAAAACCAAAGATGAAAAAGAAGATGGAGATGAAAAACTAAGTGACATCAAGCTGCGACTTGATTCAATCCAAAATAAGATCATGGCATGGGAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1983 bp · LXL04_024169|LXL04_024169|OH1004|CDS

ATGGGAAGTTTCAACCCCATGATGAACACGCCGGAAGAAGAGAATCTGATAGCTGCTGCCAGACTTATTCTAAAAGAACTGGAGTCCAACATCATATTGTCCAGTGAAGCAACGAAAATCTTGGAGGATCTAGCCATAAAATTGTCATCCATAACCAAAATCACCAAAACCAAAGATGAAAAAGAAGATGGAGATGAAAAACTAAGTGACATCAAGCTGCGACTTGATTCAATCCAAAATAAGATCATGGCATGGGAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

660 aa · LXL04_024169|LXL04_024169|OH1004|PROTEIN

MGSFNPMMNTPEEENLIAAARLILKELESNIILSSEATKILEDLAIKLSSITKITKTKDEKEDGDEKLSDIKLRLDSIQNKIMAWEVGQSMIWGSGSDQTTEILKAVNEVKKLVEKFETLNPNKDTIEHEVLRKANDVLQTSMARIEEEFKHILVHNRQNFEPERLSFRSNDDDGIDSTSIISFEDDSFDDSVHRESISRGSEVHIMDLINPQVIPNLKTIATLMFDSNYTKECCHAYISIRKDALDDCLFILEVEKSSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024169`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024169

位置 Chr05:83064244-83066226 (+)

描述 Similar to EXO70E2: Exocyst complex component EXO70E2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61010`	影响SEC5A、SEC15A、SEC15B和EXO84B等胞吐复合体（exocyst）蛋白的亚细胞定位，促使其被募集至分布于胞质中的明显大点状胞吐复合体结构。	EXPO, an exocyst-positive organelle distinct from multivesicular endosomes and autophagosomes, mediates cytosol to cell wall exocytosis in Arabidopsis and tobacco cells.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.080697 Exo70E2 is essential for exocyst subunit recruitment and EXPO formation in both plants and animals.2014 · DOI: 10.1091/mbc.e13-10-0586
`At5g58430`	胞吐复合体（exocyst）亚复合物的组分，特异性参与自噬相关且不依赖高尔基体的向液泡膜运输。	Arabidopsis exocyst subcomplex containing subunit EXO70B1 is involved in autophagy-related transport to the vacuole.2013 · DOI: 10.1111/tra.12101 The N-Terminal UND Motif of the Arabidopsis U-Box E3 Ligase PUB18 Is Critical for the Negative Regulation of ABA-Mediated Stomatal Movement and Determines Its Ubiquitination Specificity for Exocyst Subunit Exo70B1.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00347
`At5g03540`	胞吐复合体（exocyst）的组分，参与调控性或极性分泌过程中，胞吐囊泡与质膜融合位点的对接。	AtEXO70A1, a member of a family of putative exocyst subunits specifically expanded in land plants, is important for polar growth and plant development.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02854.x Arabidopsis exocyst subunits SEC8 and EXO70A1 and exocyst interactor ROH1 are involved in the localized deposition of seed coat pectin.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03372.x The Arabidopsis exocyst complex is involved in cytokinesis and cell plate maturation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.074351 The exocyst complex contributes to PIN auxin efflux carrier recycling and polar auxin transport in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12074 EXO70A1-mediated vesicle trafficking is critical for tracheary element development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.112144 Microtubule-dependent targeting of the exocyst complex is necessary for xylem development in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1111/nph.14267
`At5g13150`	全球植物生长和雄性传播所需。	Expression and functional analyses of EXO70 genes in Arabidopsis implicate their roles in regulating cell type-specific exocytosis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.164178 EXO70C2 Is a Key Regulatory Factor for Optimal Tip Growth of Pollen.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01282
`At1g07000`	胞吐复合体（exocyst）亚复合物的组分，特异性参与自噬相关且不依赖高尔基体的向液泡膜运输。	The role for the exocyst complex subunits Exo70B2 and Exo70H1 in the plant-pathogen interaction.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq402 The ubiquitin ligase PUB22 targets a subunit of the exocyst complex required for PAMP-triggered responses in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.104463 The N-Terminal UND Motif of the Arabidopsis U-Box E3 Ligase PUB18 Is Critical for the Negative Regulation of ABA-Mediated Stomatal Movement and Determines Its Ubiquitination Specificity for Exocyst Subunit Exo70B1.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00347

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024169 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000919 cell plate assembly 生物过程

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07000

ath:AT5G03540

ath:AT5G13150

ath:AT5G58430

ath:AT5G61010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.539

排名 1 · LXL04_024169 · OH-1004

细胞膜0.354

排名 2 · LXL04_024169 · OH-1004

细胞核0.273

排名 3 · LXL04_024169 · OH-1004

溶酶体／液泡0.050

排名 4 · LXL04_024169 · OH-1004

高尔基体0.048

排名 5 · LXL04_024169 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20669.4Exo70_N75-155 aa

PF03081.23Exo70_C277-645 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024169	`PF20669.4`	Exo70_N	75	155	6.2e-11	43.1
LXL04_024169	`PF03081.23`	Exo70_C	277	645	2e-114	383.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNR3`	拟南芥	Exocyst complex component EXO70E2	40.729%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FGH9`	拟南芥	Exocyst complex component EXO70B1	31.579%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZD3`	拟南芥	Exocyst complex component EXO70A1	32.504%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FY95`	拟南芥	Exocyst complex component EXO70C1	30.903%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LMJ4`	拟南芥	Exocyst complex component EXO70B2	28.746%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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