LXL04_024148 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024148

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 82396355-82408057 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5451 bp · LXL04_024148|LXL04_024148|OH1004|cDNA

ATGTCGAATTCGCGTGCCGGAGGTGGAGGAGGGATACCTAGAGGTATTGGCCTGGCCAACACTGTTCATTCTGAAGTCGCTCCGTGCTTGCCGTTGCCGTCGCTGCCGGTCTTCTGCGGCGCCCTTGACCAGGACCTGCGGTTAGTTGACGAGCCTACGGGCTCGGCCAGACAGTCCAACCGCAGTGATGTTGCCGATCAGGCTAGCAAGATATCTAAACTTCTCCAGGCTACTGATGTGTCTTACCTGAATCTTAGATC...

CDS

下载 CDS FASTA

5451 bp · LXL04_024148|LXL04_024148|OH1004|CDS

ATGTCGAATTCGCGTGCCGGAGGTGGAGGAGGGATACCTAGAGGTATTGGCCTGGCCAACACTGTTCATTCTGAAGTCGCTCCGTGCTTGCCGTTGCCGTCGCTGCCGGTCTTCTGCGGCGCCCTTGACCAGGACCTGCGGTTAGTTGACGAGCCTACGGGCTCGGCCAGACAGTCCAACCGCAGTGATGTTGCCGATCAGGCTAGCAAGATATCTAAACTTCTCCAGGCTACTGATGTGTCTTACCTGAATCTTAGATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1816 aa · LXL04_024148|LXL04_024148|OH1004|PROTEIN

MSNSRAGGGGGIPRGIGLANTVHSEVAPCLPLPSLPVFCGALDQDLRLVDEPTGSARQSNRSDVADQASKISKLLQATDVSYLNLRSEVTKSPYGREEHLDLYDEVLRCNSEAFEHVAPGSTKEQMYNNSVPNNKVPERKLFVKNLSTNNEPVKDKGETQRQHEHDAVTSSSRKPKSKKKTSDDTLPTEPDGSELQDAAVERFCEVLEDLCGKAEISADDREEGESEWLLLPVGNLRTLVKEVMAARTSKILHFVPVALL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024148`
TK1151 ID	TkA06G172590
OH-1004 ID	LXL04_024148
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024148

位置 Chr05:82396355-82408057 (-)

描述 Similar to SCC2: Sister chromatid cohesion protein SCC2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15540`	胚胎发生过程中细胞命运决定所需的必需蛋白。	The plant adherin AtSCC2 is required for embryogenesis and sister-chromatid cohesion during meiosis in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03845.x Cohesin gene defects may impair sister chromatid alignment and genome stability in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1007/s00412-009-0220-x The Arabidopsis homolog of Scc4/MAU2 is essential for embryogenesis.2017 · DOI: 10.1242/jcs.196865

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024148 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0008104 intracellular protein localization 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G15540

dre:794108

hsa:25836

mmu:71175

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.916

排名 1 · LXL04_024148 · OH-1004

细胞质0.145

排名 2 · LXL04_024148 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 3 · LXL04_024148 · OH-1004

高尔基体0.018

排名 4 · LXL04_024148 · OH-1004

内质网0.016

排名 5 · LXL04_024148 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00628.36PHD675-719 aa

PF20168.5PDS5844-1002 aa

PF12765.14Cohesin_HEAT870-911 aa

PF12830.14Nipped-B_C1369-1563 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024148	`PF00628.36`	PHD	675	719	5.7e-06	27.0
LXL04_024148	`PF20168.5`	PDS5	844	1002	4.7e-08	32.0
LXL04_024148	`PF12765.14`	Cohesin_HEAT	870	911	2.2e-13	51.0
LXL04_024148	`PF12830.14`	Nipped-B_C	1369	1563	4.7e-52	177.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A5HEI1`	拟南芥	Sister chromatid cohesion protein SCC2	57.796%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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