LXL04_023853 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023853

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 71255820-71259660 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1863 bp · LXL04_023853|LXL04_023853|OH1004|cDNA

ATGCCGCCAACTTATTTCCCTCTCCGATGGGAGAGCACCGGAGACCAGTGGTGGTACGCTTCCCCAATCGACTGGGCCGCCGCGAACGGCCACTACGATTTAGTCCGTGAGCTTCTCCGCCTAGACAGCAACCATCTAATCAAACTTTCATCTCTCCGGCGAATCCGCCGCCTCGAGGTAGTCTGGGACGACGAAGAACAGTTCGACGACGTTGCCAAAAACCGTTCTTTTGTCGCCCAAAAACTGTTACACGAAGGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1863 bp · LXL04_023853|LXL04_023853|OH1004|CDS

ATGCCGCCAACTTATTTCCCTCTCCGATGGGAGAGCACCGGAGACCAGTGGTGGTACGCTTCCCCAATCGACTGGGCCGCCGCGAACGGCCACTACGATTTAGTCCGTGAGCTTCTCCGCCTAGACAGCAACCATCTAATCAAACTTTCATCTCTCCGGCGAATCCGCCGCCTCGAGGTAGTCTGGGACGACGAAGAACAGTTCGACGACGTTGCCAAAAACCGTTCTTTTGTCGCCCAAAAACTGTTACACGAAGGCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

620 aa · LXL04_023853|LXL04_023853|OH1004|PROTEIN

MPPTYFPLRWESTGDQWWYASPIDWAAANGHYDLVRELLRLDSNHLIKLSSLRRIRRLEVVWDDEEQFDDVAKNRSFVAQKLLHEGDAKRGKNSLIGSGYGGWLLYTAASAGDFPFVQELLHKDPLLVFGEGEYGVTDILYAAARGKNAEVFRLIYDFAMFPRFMGGNGGGVPAAYKEEMKNRAVHAVARGGNLDILKELLGDSDDNKVLSYRDMQGSTALHTAAGRGQIEVVKYLVSTYEMINSSDKQGNTPLHIAASR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023853`
TK1151 ID	TkA06G206500
OH-1004 ID	LXL04_023853
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023853

位置 Chr05:71255820-71259660 (-)

描述 Similar to anks1b: Ankyrin repeat and sterile alpha motif domain-containing protein 1B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02620`	含锚蛋白重复序列的蛋白At5g02620。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023853 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0048013 ephrin receptor signaling pathway 生物过程

GO:1900383 regulation of synaptic plasticity by receptor localization to synapse 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0046875 ephrin receptor binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G02620

dre:565408

hsa:348094

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.619

排名 1 · LXL04_023853 · OH-1004

细胞核0.262

排名 2 · LXL04_023853 · OH-1004

细胞质0.200

排名 3 · LXL04_023853 · OH-1004

内质网0.060

排名 4 · LXL04_023853 · OH-1004

质体0.036

排名 5 · LXL04_023853 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24521.3Ank_KRIT1180-261 aa

PF12796.14Ank_2186-272 aa

PF13637.13Ank_4186-237 aa

PF13637.13Ank_4243-270 aa

PF13857.13Ank_5243-289 aa

PF12796.14Ank_2244-293 aa

PF00023.37Ank249-282 aa

PF13606.13Ank_3250-271 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023853	`PF24521.3`	Ank_KRIT1	180	261	7.5e-10	39.4
LXL04_023853	`PF12796.14`	Ank_2	186	272	2.2e-36	125.0
LXL04_023853	`PF13637.13`	Ank_4	186	237	6.9e-27	93.6
LXL04_023853	`PF13637.13`	Ank_4	243	270	6.9e-27	93.6
LXL04_023853	`PF13857.13`	Ank_5	243	289	1.9e-25	89.4
LXL04_023853	`PF12796.14`	Ank_2	244	293	2.2e-36	125.0
LXL04_023853	`PF00023.37`	Ank	249	282	9.7e-29	98.5
LXL04_023853	`PF13606.13`	Ank_3	250	271	4.8e-22	76.1
LXL04_023853	`PF12796.14`	Ank_2	310	372	2.2e-36	125.0
LXL04_023853	`PF13857.13`	Ank_5	325	373	1.9e-25	89.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6AWW5`	拟南芥	Ankyrin repeat-containing protein At5g02620	28.440%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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