LXL04_023361 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023361

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 35260068-35261924 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1584 bp · LXL04_023361|LXL04_023361|OH1004|cDNA

ATGATTTTTTTCGCAGTTCCATCGAGTATTCTTCGCCCAAAGAGTACTTGCAAAAGAACTTACTTAATGAGCCAATTCATATCTCtttcttcaccttcttctgTTCAATCACTAGATATGTCGGAAGAAAACAATCACCATTGCCCAGATTATACTGAATTGAGGAGCAATATGCAGAATTTAGCAAAGTCCGGTGGTATTACTAAAGCACTACAGGCATTCCGTCTTATGAGAACCGCCGGACCTGGTAAGCCTACAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1584 bp · LXL04_023361|LXL04_023361|OH1004|CDS

ATGATTTTTTTCGCAGTTCCATCGAGTATTCTTCGCCCAAAGAGTACTTGCAAAAGAACTTACTTAATGAGCCAATTCATATCTCTTTCTTCACCTTCTTCTGTTCAATCACTAGATATGTCGGAAGAAAACAATCACCATTGCCCAGATTATACTGAATTGAGGAGCAATATGCAGAATTTAGCAAAGTCCGGTGGTATTACTAAAGCACTACAGGCATTCCGTCTTATGAGAACCGCCGGACCTGGTAAGCCTACAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

527 aa · LXL04_023361|LXL04_023361|OH1004|PROTEIN

MIFFAVPSSILRPKSTCKRTYLMSQFISLSSPSSVQSLDMSEENNHHCPDYTELRSNMQNLAKSGGITKALQAFRLMRTAGPGKPTVYDYNSLVNCYLKSENVCLHDLSALYTEMSTLGLYPNASTFNTFLKGLNLLGESKIALWVTIEMCNYAFTPSFSSLSNLLKKCSDSMDLEEAITVLDLMMGLFKEASNCLNKMATDACYYPTVRTYTTIIKCWCDNGRVQEALSLLSQMEKRGLNPDIVTYNIILRALSNQNMV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023361`
TK1151 ID	TkA05G449810
OH-1004 ID	LXL04_023361
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	30.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 14.802 / OH-1004 15.750 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023361

位置 Chr05:35260068-35261924 (+)

描述 Similar to At1g62910: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62910

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g62910`	含五百四十肽重复的蛋白 At1g62910。	暂无已核实直接文献
`At1g63080`	含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63080。	暂无已核实直接文献
`At1g64100`	含五聚肽重复结构的蛋白 At1g64100。	暂无已核实直接文献
`At3g04760`	含五次肽重复序列的蛋白At3g04760，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献
`At1g62930`	含有五百四十肽重复的蛋白 At1g62930，叶绿体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023361 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0090617 mitochondrial mRNA 5'-end processing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62910

ath:AT1G63080

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.720

排名 1 · LXL04_023361 · OH-1004

质体0.146

排名 2 · LXL04_023361 · OH-1004

细胞核0.065

排名 3 · LXL04_023361 · OH-1004

细胞质0.035

排名 4 · LXL04_023361 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_023361 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long52-186 aa

PF13041.13PPR_285-134 aa

PF12854.14PPR_1206-236 aa

PF13041.13PPR_2207-255 aa

PF13812.13PPR_3208-254 aa

PF01535.27PPR211-240 aa

PF23276.3TPR_24212-274 aa

PF29070.1MSC6_N231-373 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023361	`PF17177.11`	PPR_long	52	186	1.5e-22	80.8
LXL04_023361	`PF13041.13`	PPR_2	85	134	2.7e-62	207.4
LXL04_023361	`PF12854.14`	PPR_1	206	236	5e-41	138.8
LXL04_023361	`PF13041.13`	PPR_2	207	255	2.7e-62	207.4
LXL04_023361	`PF13812.13`	PPR_3	208	254	1.5e-32	112.2
LXL04_023361	`PF01535.27`	PPR	211	240	1.7e-39	132.0
LXL04_023361	`PF23276.3`	TPR_24	212	274	1.2e-21	77.7
LXL04_023361	`PF29070.1`	MSC6_N	231	373	1.5e-14	54.6
LXL04_023361	`PF12854.14`	PPR_1	238	267	5e-41	138.8
LXL04_023361	`PF13041.13`	PPR_2	242	285	2.7e-62	207.4
LXL04_023361	`PF13041.13`	PPR_2	313	360	2.7e-62	207.4
LXL04_023361	`PF13812.13`	PPR_3	331	359	1.5e-32	112.2
LXL04_023361	`PF12854.14`	PPR_1	343	373	5e-41	138.8
LXL04_023361	`PF01535.27`	PPR	350	376	1.7e-39	132.0
LXL04_023361	`PF13041.13`	PPR_2	378	422	2.7e-62	207.4
LXL04_023361	`PF17177.11`	PPR_long	384	493	1.5e-22	80.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQ16`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62910	27.273%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAN5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63080, mitochondrial	27.607%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SH60`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g64100	26.316%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SR00`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g04760, chloroplastic	25.373%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQ14`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930, chloroplastic	26.444%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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