LXL04_023276 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023276

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 30060441-30062390 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1326 bp · LXL04_023276|LXL04_023276|OH1004|cDNA

ATGGCTGATTGCAGTCGGGAAGATGGGCATGATCATCTTGTCAATTTGTTGTTGATCGGCGACTCGGGTGTAGGCAAGTCAAGCTTAGTTTCAAGATTCACTAGAGGCAAATTTAGAACCAACCCAAAACCCAATACTACAAACGATGTTGTTGCCAGACATGTGTACCTTGATGGCAAAATCATCAAGGTTCAAATTCTCGATTTTACCGAGAATTGCAACTATGGTGATATTTCTACAACATTGCTAAACACAAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1326 bp · LXL04_023276|LXL04_023276|OH1004|CDS

ATGGCTGATTGCAGTCGGGAAGATGGGCATGATCATCTTGTCAATTTGTTGTTGATCGGCGACTCGGGTGTAGGCAAGTCAAGCTTAGTTTCAAGATTCACTAGAGGCAAATTTAGAACCAACCCAAAACCCAATACTACAAACGATGTTGTTGCCAGACATGTGTACCTTGATGGCAAAATCATCAAGGTTCAAATTCTCGATTTTACCGAGAATTGCAACTATGGTGATATTTCTACAACATTGCTAAACACAAATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

441 aa · LXL04_023276|LXL04_023276|OH1004|PROTEIN

MADCSREDGHDHLVNLLLIGDSGVGKSSLVSRFTRGKFRTNPKPNTTNDVVARHVYLDGKIIKVQILDFTENCNYGDISTTLLNTNGALLVYDVTSLSTFESAEKRYRELETANGEFEVVLIGNKSDRINECVDNFIEPGKAFADRKSIFFIETSAKDNRNVEKAFVEVVRRVFQKLIKNDAMDADAHASPAISSEARMSSYSGRNEPAHYMLKIEYFSLLVEAGTNKFESDVFEANAEGKRTRFHEKMMKWGFSKLISH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023276`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023276

位置 Chr05:30060441-30062390 (+)

描述 Similar to RIC2: Ras-related protein RIC2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g18800`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At1g06400`	参与生长素介导的反应。	Altered ARA2 (RABA1a) expression in Arabidopsis reveals the involvement of a Rab/YPT family member in auxin-mediated responses.2009 · DOI: 10.1007/s11103-009-9460-7 In vitro mutation analysis of Arabidopsis thaliana small GTP-binding proteins and detection of GAP-like activities in plant cells.1994 · DOI: 10.1016/0014-5793(94)80696-9

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0551400`	具有GTP酶活性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023276 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06400

ath:AT4G18800

dosa:Os06g0551400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.538

排名 1 · LXL04_023276 · OH-1004

细胞核0.385

排名 2 · LXL04_023276 · OH-1004

细胞膜0.138

排名 3 · LXL04_023276 · OH-1004

内质网0.059

排名 4 · LXL04_023276 · OH-1004

溶酶体／液泡0.053

排名 5 · LXL04_023276 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00071.29Ras16-174 aa

PF08477.20Roc16-127 aa

PF01926.30MMR_HSR117-68 aa

PF22486.3MATH_2243-282 aa

PF22486.3MATH_2306-431 aa

PF00917.33MATH311-432 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023276	`PF00071.29`	Ras	16	174	2.5e-34	118.9
LXL04_023276	`PF08477.20`	Roc	16	127	4.4e-14	53.5
LXL04_023276	`PF01926.30`	MMR_HSR1	17	68	1.3e-06	29.2
LXL04_023276	`PF22486.3`	MATH_2	243	282	1.1e-39	136.5
LXL04_023276	`PF22486.3`	MATH_2	306	431	1.1e-39	136.5
LXL04_023276	`PF00917.33`	MATH	311	432	1e-13	52.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SN35`	拟南芥	Ras-related protein RABA1d	41.176%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P28185`	拟南芥	Ras-related protein RABA1a	39.062%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P40393`	水稻	Ras-related protein RIC2	41.579%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情