LXL04_023266 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023266

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 29460019-29460678 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

660 bp · LXL04_023266|LXL04_023266|OH1004|cDNA

ATGGCTGCCATCTGCTCCAGAATCTTCCTCTTCTACAATCTCATCTAtacaatcttcctttctttACTTCCGAAGAATCTCAGACATTACCTCCCTTCTTCTTACAATCCACACCAACAACAGATCCACGAAGTCGCCactaccaccaccaccaccacttcCCCGTTACTCCCACCTCCATCAACACCGCGTTCTTCTCGCATGGATCGGGACCAGCTCCAACGCATCTTCCAGATGTTCGACAAAAACGGAGATGCGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

660 bp · LXL04_023266|LXL04_023266|OH1004|CDS

ATGGCTGCCATCTGCTCCAGAATCTTCCTCTTCTACAATCTCATCTATACAATCTTCCTTTCTTTACTTCCGAAGAATCTCAGACATTACCTCCCTTCTTCTTACAATCCACACCAACAACAGATCCACGAAGTCGCCACTACCACCACCACCACCACTTCCCCGTTACTCCCACCTCCATCAACACCGCGTTCTTCTCGCATGGATCGGGACCAGCTCCAACGCATCTTCCAGATGTTCGACAAAAACGGAGATGCGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

219 aa · LXL04_023266|LXL04_023266|OH1004|PROTEIN

MAAICSRIFLFYNLIYTIFLSLLPKNLRHYLPSSYNPHQQQIHEVATTTTTTTSPLLPPPSTPRSSRMDRDQLQRIFQMFDKNGDARITKEELNDSLENMGIFIPDSDLTQMIENIDENHDGCVDIDEFGALYKSIMDDRENEEDVMEAFNVFDQNRDGFITVEELRSVLESLGLKQGRKADDCRRMIMKVDVDGDGMVSFTEFKEMMRSGGLSAMAQN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023266`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023266

位置 Chr05:29460019-29460678 (+)

描述 Similar to CML5: Calmodulin-like protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g43290`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At3g07490`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At3g59440`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g05990`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0228800`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023266 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05990

ath:AT2G43290

ath:AT3G07490

ath:AT3G59440

dosa:Os12g0228800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.265

排名 1 · LXL04_023266 · OH-1004

细胞质0.254

排名 2 · LXL04_023266 · OH-1004

细胞核0.244

排名 3 · LXL04_023266 · OH-1004

细胞膜0.122

排名 4 · LXL04_023266 · OH-1004

质体0.106

排名 5 · LXL04_023266 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499.13EF-hand_771-133 aa

PF13405.13EF-hand_672-101 aa

PF00036.39EF-hand_173-96 aa

PF13202.13EF-hand_574-94 aa

PF00036.39EF-hand_1109-135 aa

PF13499.13EF-hand_7143-209 aa

PF00036.39EF-hand_1146-172 aa

PF13405.13EF-hand_6146-174 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023266	`PF13499.13`	EF-hand_7	71	133	1.4e-29	102.9
LXL04_023266	`PF13405.13`	EF-hand_6	72	101	4.5e-26	88.8
LXL04_023266	`PF00036.39`	EF-hand_1	73	96	4e-29	98.7
LXL04_023266	`PF13202.13`	EF-hand_5	74	94	1.2e-21	75.8
LXL04_023266	`PF00036.39`	EF-hand_1	109	135	4e-29	98.7
LXL04_023266	`PF13499.13`	EF-hand_7	143	209	1.4e-29	102.9
LXL04_023266	`PF00036.39`	EF-hand_1	146	172	4e-29	98.7
LXL04_023266	`PF13405.13`	EF-hand_6	146	174	4.5e-26	88.8
LXL04_023266	`PF13202.13`	EF-hand_5	148	170	1.2e-21	75.8
LXL04_023266	`PF14658.13`	EF-hand_9	149	209	8.4e-07	30.1
LXL04_023266	`PF13833.13`	EF-hand_8	159	209	1.2e-11	44.9
LXL04_023266	`PF00036.39`	EF-hand_1	183	210	4e-29	98.7
LXL04_023266	`PF13405.13`	EF-hand_6	186	212	4.5e-26	88.8
LXL04_023266	`PF13202.13`	EF-hand_5	189	208	1.2e-21	75.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22845`	拟南芥	Calmodulin-like protein 5	56.542%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SRR7`	拟南芥	Calmodulin-like protein 3	72.368%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LX27`	拟南芥	Calmodulin-like protein 4	53.846%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LNE7`	拟南芥	Calmodulin-like protein 7	64.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2QVI1`	水稻	Probable calcium-binding protein CML28	56.140%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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