LXL04_023259 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023259

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 29106313-29108539 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1888 bp · LXL04_023259|LXL04_023259|OH1004|cDNA

GGAATTGTGGGTACATAAAGAAAACCCCTAATTCATAGTATATCAGAACATGACCTGTCATCTCCATTCGGCATTCTCACAGTCCACATAAAACGGATTCGATCTATCAAAAGTCAAAACAGAGAAACTGCAGACACTCAAGGAACAGAGGGAGATTGCGATGGACGGAAGAAGGCCGGAGAAGGAGAAAGACATCGATGATTTACCCAAGAACGAAGCAAACTACACAGCACTAACACCACTTTGGTTTTTGAAAAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1761 bp · LXL04_023259|LXL04_023259|OH1004|CDS

CTGCAGACACTCAAGGAACAGAGGGAGATTGCGATGGACGGAAGAAGGCCGGAGAAGGAGAAAGACATCGATGATTTACCCAAGAACGAAGCAAACTACACAGCACTAACACCACTTTGGTTTTTGAAAAGAGCTGCTCTGGTTCACCCCCACCGCAGGTCGGTGGTGCACGGTTCCATTCAGTACACATGGGTACAAACTTACGATCGTTGCTGCCGTTTAGCCTCCGCCCTTTCGAAACACTCCGTCGGGTTTGGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

586 aa · LXL04_023259|LXL04_023259|OH1004|PROTEIN

MQTLKEQREIAMDGRRPEKEKDIDDLPKNEANYTALTPLWFLKRAALVHPHRRSVVHGSIQYTWVQTYDRCCRLASALSKHSVGFGSTVAVIAPNIPAIYEAHFGVPMSGAVINAINIRLNAPTIAFLLQHSASTVIIVDQEYFKLAENALAILKEETQTNFNPPILIVIKDESSECDPKNLQYAEAKGVMEYEKFLESGDPEFIWKPPRDEWQSIALGYTSGTTSNPKGVVLHHRGAYLAATSNIVVWGVPEGAVYLWT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023259`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023259

位置 Chr05:29106313-29108539 (-)

描述 Similar to AAE7: Acetate/butyrate--CoA ligase AAE7, peroxisomal

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g16910`	过氧化物酶体乙酸/丁酸 - CoA 连接酶，可能参与激活外源乙酸进入乙醛酸循环。	Characterization of Arabidopsis fluoroacetate-resistant mutants reveals the principal mechanism of acetate activation for entry into the glyoxylate cycle.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m407291200 Modelling the peroxisomal carbon leak during lipid mobilization in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1042/bst0381230 Evidence that ACN1 (acetate non-utilizing 1) prevents carbon leakage from peroxisomes during lipid mobilization in Arabidopsis seedlings.2011 · DOI: 10.1042/bj20101764
`At1g20560`	催化辅酶A与丁酸结合生成丁酰辅酶A。	暂无已核实直接文献
`At2g17650`	催化CoA与异戊酸结合生成3-甲基丁酰-CoA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023259 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006083 acetate metabolic process 生物过程

GO:0006097 glyoxylate cycle 生物过程

GO:0006631 fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0019605 butyrate metabolic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003987 acetate-CoA ligase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016405 CoA-ligase activity 分子功能

GO:0016874 ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20560

ath:AT2G17650

ath:AT3G16910

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.654

排名 1 · LXL04_023259 · OH-1004

线粒体0.166

排名 2 · LXL04_023259 · OH-1004

细胞质0.165

排名 3 · LXL04_023259 · OH-1004

细胞核0.054

排名 4 · LXL04_023259 · OH-1004

内质网0.048

排名 5 · LXL04_023259 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00501.35AMP-binding43-435 aa

PF13193.13AMP-binding_C485-565 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023259	`PF00501.35`	AMP-binding	43	435	7.7e-72	242.9
LXL04_023259	`PF13193.13`	AMP-binding_C	485	565	9.8e-20	72.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZF1`	拟南芥	Acetate/butyrate--CoA ligase AAE7, peroxisomal	71.127%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4HUK6`	拟南芥	Butanoate--CoA ligase AAE1	51.543%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SEY5`	拟南芥	Isovalerate--CoA ligase AAE2	50.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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