基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_023022
当前版本: OH-1004
染色体: Chr05
坐标: 19145474-19149994
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2406 bp · LXL04_023022|LXL04_023022|OH1004|cDNA
ATGGTCGACAACGGCCGTCCCTTGAAGAGGATGAAGAGGAGAGTAACCGCCGACCTCAACGATTTTCTAACTTTCCCCTCCGGCGATTTGACGCCGACAGCCCCTTTCAGGACTAGCGTCAGGGAGTTTTTGCTACGGCACGCGCTTCTTCCACCGCCTTCCTCCCTCCTACCACATCTGCTGACGTGGCAGATCCCGTTCCGGATTGGGGAACAGACCGTAGGCGGTGATGGTGATTCGTCCGTTTGCCTTGATGTGGT...
CDS
下载 CDS FASTA2406 bp · LXL04_023022|LXL04_023022|OH1004|CDS
ATGGTCGACAACGGCCGTCCCTTGAAGAGGATGAAGAGGAGAGTAACCGCCGACCTCAACGATTTTCTAACTTTCCCCTCCGGCGATTTGACGCCGACAGCCCCTTTCAGGACTAGCGTCAGGGAGTTTTTGCTACGGCACGCGCTTCTTCCACCGCCTTCCTCCCTCCTACCACATCTGCTGACGTGGCAGATCCCGTTCCGGATTGGGGAACAGACCGTAGGCGGTGATGGTGATTCGTCCGTTTGCCTTGATGTGGT...
801 aa · LXL04_023022|LXL04_023022|OH1004|PROTEIN
MVDNGRPLKRMKRRVTADLNDFLTFPSGDLTPTAPFRTSVREFLLRHALLPPPSSLLPHLLTWQIPFRIGEQTVGGDGDSSVCLDVVEEDVIRSRSVYCDQCRVVDKQVVVVVTTYLDIKTNPATPINMMHHHQQQQATAAEALLIGSPPPSFRSSHTTTPATNSNMQQQQLPSPISLASDRQLPGHLITPISAAHPTGEPAVIQPTSSPLARIRLSDLISYDGAPTDSYLRAIEALSGWSGNPVCGKRYHFIIKGDGAS...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_023022 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA06G413950 |
| OH-1004 ID | LXL04_023022 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 82.400 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 100.000覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_023022 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr05:19145474-19149994 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to At1g33420: PHD finger protein At1g33420 | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000212 meiotic spindle organization 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0007060 male meiosis chromosome segregation 生物过程 GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程 GO:0009555 pollen development 生物过程 GO:0009846 pollen germination 生物过程 GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程 GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程 GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程 GO:0022414 reproductive process 生物过程 GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G33420 ath:AT1G66170 ath:AT5G22260 dosa:Os09g0449000 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.940
细胞质0.109
细胞膜0.037
内质网0.029
质体0.015
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF27744.1MS1_N367-408 aaPF25874.1WHD_plant_repro484-561 aaPF25565.2Ubiquitin_At1g33420634-723 aaPF00628.36PHD745-789 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_023022 | PF27744.1 | MS1_N | 367 | 408 | 1.5e-20 | 73.7 |
| LXL04_023022 | PF25874.1 | WHD_plant_repro | 484 | 561 | 1.3e-10 | 41.7 |
| LXL04_023022 | PF25565.2 | Ubiquitin_At1g33420 | 634 | 723 | 5.4e-27 | 94.2 |
| LXL04_023022 | PF00628.36 | PHD | 745 | 789 | 2.1e-06 | 28.4 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9C810 | 拟南芥 | PHD finger protein At1g33420 | 49.912% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9FMS5 | 拟南芥 | PHD finger protein MALE STERILITY 1 | 30.964% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q7X6Y7 | 拟南芥 | PHD finger protein MALE MEIOCYTE DEATH 1 | 29.801% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9ZUA9 | 拟南芥 | PHD finger protein At2g01810 | 30.660% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q67V61 | 水稻 | PHD finger protein PERSISTENT TAPETAL CELL 1 | 33.446% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |