LXL04_022968 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022968

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 15727660-15728592 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

219 bp · LXL04_022968|LXL04_022968|OH1004|cDNA

ATGGAGGAGATGATTGAAGGTATACGGCGGTTTCATGAACAACCACAGGAGGTGAAGATGGAGTGGTATTCGCGCGAAAATGAAGAAAAAGTGAAGTATTACTCTAATGGCGATCTTTATGTTTCGAAAGCGGTGAGTTGGCGAGACTCCATATCGTGTCACTATGCTGACGGTGCACTTGATCCTAATCAATTGCCACATGCTTTCAGGGGCTGGTAA

CDS

下载 CDS FASTA

219 bp · LXL04_022968|LXL04_022968|OH1004|CDS

ATGGAGGAGATGATTGAAGGTATACGGCGGTTTCATGAACAACCACAGGAGGTGAAGATGGAGTGGTATTCGCGCGAAAATGAAGAAAAAGTGAAGTATTACTCTAATGGCGATCTTTATGTTTCGAAAGCGGTGAGTTGGCGAGACTCCATATCGTGTCACTATGCTGACGGTGCACTTGATCCTAATCAATTGCCACATGCTTTCAGGGGCTGGTAA

蛋白

下载蛋白 FASTA

72 aa · LXL04_022968|LXL04_022968|OH1004|PROTEIN

MEEMIEGIRRFHEQPQEVKMEWYSRENEEKVKYYSNGDLYVSKAVSWRDSISCHYADGALDPNQLPHAFRGW

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022968`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022968

位置 Chr05:15727660-15728592 (-)

描述 Similar to GSL-OH: Probable 2-oxoacid dependent dioxygenase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25450`	丁-3-烯基芥子油苷羟基化为2-羟基丁-3-烯基芥子油苷所必需的，对昆虫、细菌和线虫有毒，抑制种子发芽并产生苦味。	A novel 2-oxoacid-dependent dioxygenase involved in the formation of the goiterogenic 2-hydroxybut-3-enyl glucosinolate and generalist insect resistance in Arabidopsis,.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.129981
`At1g06620`	1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶同源物 1。	暂无已核实直接文献
`At1g03410`	1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶同源物5。	暂无已核实直接文献
`At1g06650`	1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶同源物3。	暂无已核实直接文献
`At1g06640`	1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶同源物2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022968 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0019761 glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0009815 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03410

ath:AT1G06620

ath:AT1G06640

ath:AT1G06650

ath:AT2G25450

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.519

排名 1 · LXL04_022968 · OH-1004

细胞质0.375

排名 2 · LXL04_022968 · OH-1004

细胞外0.095

排名 3 · LXL04_022968 · OH-1004

线粒体0.081

排名 4 · LXL04_022968 · OH-1004

细胞膜0.051

排名 5 · LXL04_022968 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SKK4`	拟南芥	Probable 2-oxoacid dependent dioxygenase	51.515%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84MB3`	拟南芥	1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase homolog 1	48.485%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q43383`	拟南芥	1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase homolog 5	53.030%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H1S4`	拟南芥	1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase homolog 3	45.714%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C5K7`	拟南芥	1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase homolog 2	44.286%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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