LXL04_022783 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022783

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 9229453-9230629 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

852 bp · LXL04_022783|LXL04_022783|OH1004|cDNA

ATGTATATCGAAGAACTGAAAGAGGGCGGTGATAGCGATGTAGATATGGAGTTGTCTGCTGAATTctccggcggtggtccggtggtgtCTTCAAACACGAAAAGGGTTTTGGTCGGAGCAGGAGCTCGTGCTCTTTTTTATCCAACACTTCTGTACAATGTTGTCAGGAACAAGATTCAGACCGAGTTTCGTTGGTGGGATAGAGTCGATCAGTTTATATTATTAGGTGCTGTACCCTTTCCTACCGATGTTTTGCACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

852 bp · LXL04_022783|LXL04_022783|OH1004|CDS

ATGTATATCGAAGAACTGAAAGAGGGCGGTGATAGCGATGTAGATATGGAGTTGTCTGCTGAATTCTCCGGCGGTGGTCCGGTGGTGTCTTCAAACACGAAAAGGGTTTTGGTCGGAGCAGGAGCTCGTGCTCTTTTTTATCCAACACTTCTGTACAATGTTGTCAGGAACAAGATTCAGACCGAGTTTCGTTGGTGGGATAGAGTCGATCAGTTTATATTATTAGGTGCTGTACCCTTTCCTACCGATGTTTTGCACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

283 aa · LXL04_022783|LXL04_022783|OH1004|PROTEIN

MYIEELKEGGDSDVDMELSAEFSGGGPVVSSNTKRVLVGAGARALFYPTLLYNVVRNKIQTEFRWWDRVDQFILLGAVPFPTDVLHLKELGVGGVVTLNESYETLVPSSLYYAHGIEHLVIPTRDYLFAPMSDDICKAVEFIHENATSGKTTYVHCKAGRGRSTTIVLCYLVKHKHMTPDVAYNYVKSIRPRVRLAYSQWQAVQDYYKKNQKVIIKSEFEPFDDASMVMVKESDLEGYKESIVGNKILAELCRAQFVTSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022783`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022783

位置 Chr05:9229453-9230629 (-)

描述 Similar to PTPMT1: Phosphatidylglycerophosphate phosphatase PTPMT1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g35680`	具有磷脂甘油磷酸酶活性。	Phosphatidylglycerophosphate phosphatase is required for root growth in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1016/j.bbalip.2018.02.007
`At5g56610`	具有磷脂甘油磷酸酶活性。	Phosphatidylglycerophosphate phosphatase is required for root growth in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1016/j.bbalip.2018.02.007

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022783 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006655 phosphatidylglycerol biosynthetic process 生物过程

GO:0008654 phospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0032049 cardiolipin biosynthetic process 生物过程

GO:0042593 glucose homeostasis 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0004725 protein tyrosine phosphatase activity 分子功能

GO:0008962 phosphatidylglycerophosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G35680

ath:AT5G56610

dme:Dmel_CG10371

dre:567019

hsa:114971

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.296

排名 1 · LXL04_022783 · OH-1004

细胞质0.226

排名 2 · LXL04_022783 · OH-1004

内质网0.171

排名 3 · LXL04_022783 · OH-1004

细胞核0.128

排名 4 · LXL04_022783 · OH-1004

质体0.126

排名 5 · LXL04_022783 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22784.2PTP-SAK81-184 aa

PF22785.2Tc-R-P86-174 aa

PF00782.26DSPc109-208 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022783	`PF22784.2`	PTP-SAK	81	184	6.8e-13	49.7
LXL04_022783	`PF22785.2`	Tc-R-P	86	174	2.2e-13	51.4
LXL04_022783	`PF00782.26`	DSPc	109	208	2.1e-20	73.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZQP1`	拟南芥	Phosphatidylglycerophosphate phosphatase PTPMT1	55.128%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6NKR2`	拟南芥	Phosphatidylglycerophosphate phosphatase PTPMT2	67.429%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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