LXL04_022582 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022582

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 1952350-1955697 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1905 bp · LXL04_022582|LXL04_022582|OH1004|cDNA

ATGAACTTTTCGGAAAATTCAGGGGTGAAAATGAACTTGTTCAAAAGTTCGGGGGTCAAACCGAAGTTTTTAGAAGTTCAGGGGCCAAACTGCTATTTTCTGGAAGTTGCTGCTGATGATGACGTCAGCGATGACGTCACTGCTGATGTCagccttcttctccggcgaactggtaTTTTTCCGGCCAACTTTCCGGCAGCTTTGACCGGCGTATTTGGAGaccttccggtggtcaaaaaattccaaaaaATCATCCTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1905 bp · LXL04_022582|LXL04_022582|OH1004|CDS

ATGAACTTTTCGGAAAATTCAGGGGTGAAAATGAACTTGTTCAAAAGTTCGGGGGTCAAACCGAAGTTTTTAGAAGTTCAGGGGCCAAACTGCTATTTTCTGGAAGTTGCTGCTGATGATGACGTCAGCGATGACGTCACTGCTGATGTCAGCCTTCTTCTCCGGCGAACTGGTATTTTTCCGGCCAACTTTCCGGCAGCTTTGACCGGCGTATTTGGAGACCTTCCGGTGGTCAAAAAATTCCAAAAAATCATCCTTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

634 aa · LXL04_022582|LXL04_022582|OH1004|PROTEIN

MNFSENSGVKMNLFKSSGVKPKFLEVQGPNCYFLEVAADDDVSDDVTADVSLLLRRTGIFPANFPAALTGVFGDLPVVKKFQKIILYYIHSYFLSLGLEELSRRLLALILLHGPPGCGKTTLVHALANEAGFPLHAISATELVSGISGDAFMFYSNFILPYVHQKRTYESYFSKAYRKTPSIVFIDENDVIGSKRDNVQKPMETRMVTHLMKCMELTPRLKKPDALDPGIRRTGRFDHEIHLGVPDENARFQILKVVTRD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022582`
TK1151 ID	TkA06G474600
OH-1004 ID	LXL04_022582
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.980 / OH-1004 74.606 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022582

位置 Chr05:1952350-1955697 (-)

描述 Similar to CDC48C: Cell division control protein 48 homolog C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g01610`	可能在细胞分裂和生长过程中发挥功能。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022582 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000055 ribosomal large subunit export from nucleus 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0180023 cytosolic large ribosomal subunit assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

GO:0030687 preribosome, large subunit precursor 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G01610

sce:YLL034C

spo:2539968

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.476

排名 1 · LXL04_022582 · OH-1004

细胞核0.206

排名 2 · LXL04_022582 · OH-1004

过氧化物酶体0.186

排名 3 · LXL04_022582 · OH-1004

线粒体0.146

排名 4 · LXL04_022582 · OH-1004

内质网0.068

排名 5 · LXL04_022582 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03215.22Rad1797-135 aa

PF13191.13AAA_16103-131 aa

PF05496.19RuvB_N107-140 aa

PF13671.13AAA_33108-134 aa

PF00004.36AAA109-243 aa

PF13521.13AAA_28109-143 aa

PF17862.8AAA_lid_3266-302 aa

PF05496.19RuvB_N396-464 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022582	`PF03215.22`	Rad17	97	135	3.3e-09	37.7
LXL04_022582	`PF13191.13`	AAA_16	103	131	1.1e-10	43.0
LXL04_022582	`PF05496.19`	RuvB_N	107	140	5.1e-12	46.6
LXL04_022582	`PF13671.13`	AAA_33	108	134	7.6e-09	36.7
LXL04_022582	`PF00004.36`	AAA	109	243	3.6e-66	222.3
LXL04_022582	`PF13521.13`	AAA_28	109	143	9.2e-09	36.4
LXL04_022582	`PF17862.8`	AAA_lid_3	266	302	1.4e-19	70.0
LXL04_022582	`PF05496.19`	RuvB_N	396	464	5.1e-12	46.6
LXL04_022582	`PF00004.36`	AAA	397	526	3.6e-66	222.3
LXL04_022582	`PF17862.8`	AAA_lid_3	548	589	1.4e-19	70.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SS94`	拟南芥	Cell division control protein 48 homolog C	55.091%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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