LXL04_022512 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022512

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 151916528-151918420 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1353 bp · LXL04_022512|LXL04_022512|OH1004|cDNA

ATGTATTTCTCAGAGACCACAAGTAGGACCTACTCTCGAAACATGGAAGACGAATATCAAAAATTCGTTCGCAGAATGAACCCACCCCGAGTAGTAATCGACAACGAATCCTGTAAAAACGCTACCATCATCCAGGTGGATAGTGCTAACAAACATGGCATACTTCTGGAAGTCGTTCAAGTTCTCACTGATCTCAACTTCATCGTTACCAAAGCATACATCAGTTCCGACGGCGGCTGGTTCATGGACGTCTTCAATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1353 bp · LXL04_022512|LXL04_022512|OH1004|CDS

ATGTATTTCTCAGAGACCACAAGTAGGACCTACTCTCGAAACATGGAAGACGAATATCAAAAATTCGTTCGCAGAATGAACCCACCCCGAGTAGTAATCGACAACGAATCCTGTAAAAACGCTACCATCATCCAGGTGGATAGTGCTAACAAACATGGCATACTTCTGGAAGTCGTTCAAGTTCTCACTGATCTCAACTTCATCGTTACCAAAGCATACATCAGTTCCGACGGCGGCTGGTTCATGGACGTCTTCAATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

450 aa · LXL04_022512|LXL04_022512|OH1004|PROTEIN

MYFSETTSRTYSRNMEDEYQKFVRRMNPPRVVIDNESCKNATIIQVDSANKHGILLEVVQVLTDLNFIVTKAYISSDGGWFMDVFNVTDQEGNKIRDQGILDYIQKVLGSDTNSIKSIAVTSSTDRTVIELTGSDRPGLLSEVCAVLTHFKCNVLNAEVWTHNTRAAFIVQVSDHDSELAVTDPQRLTAIKQMLSHILEGSNTSREANTVVSHGVVHTERRLHQMMLADRDYERGTTTGAGGGEDEARRPDVNVVNWYDK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022512`
TK1151 ID	TkA05G473360
OH-1004 ID	LXL04_022512
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.889 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022512

位置 Chr04:151916528-151918420 (-)

描述 Similar to ACR4: ACT domain-containing protein ACR4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g69040`	可能结合氨基酸。	暂无已核实直接文献
`At2g03730`	可能结合氨基酸。	暂无已核实直接文献
`At3g01990`	可能结合氨基酸。	暂无已核实直接文献
`At1g76990`	可能结合氨基酸。	Molecular characterization of a novel gene family encoding ACT domain repeat proteins in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.007484
`At1g12420`	可能结合氨基酸。	Molecular characterization of a novel gene family encoding ACT domain repeat proteins in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.007484

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022512 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006521 regulation of amino acid metabolic process 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016597 amino acid binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12420

ath:AT1G69040

ath:AT1G76990

ath:AT2G03730

ath:AT3G01990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.491

排名 1 · LXL04_022512 · OH-1004

细胞核0.408

排名 2 · LXL04_022512 · OH-1004

细胞膜0.165

排名 3 · LXL04_022512 · OH-1004

溶酶体／液泡0.063

排名 4 · LXL04_022512 · OH-1004

内质网0.046

排名 5 · LXL04_022512 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24931.2ACT_ACR9_3rd31-108 aa

PF24914.2ACR10_N36-95 aa

PF26956.1ACT_ACR_D137-111 aa

PF01842.32ACT42-92 aa

PF01842.32ACT127-180 aa

PF13291.13ACT_4127-176 aa

PF13740.13ACT_6128-177 aa

PF24931.2ACT_ACR9_3rd252-335 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022512	`PF24931.2`	ACT_ACR9_3rd	31	108	2.1e-17	63.7
LXL04_022512	`PF24914.2`	ACR10_N	36	95	3.6e-17	62.3
LXL04_022512	`PF26956.1`	ACT_ACR_D1	37	111	1.9e-51	172.5
LXL04_022512	`PF01842.32`	ACT	42	92	6.9e-34	115.9
LXL04_022512	`PF01842.32`	ACT	127	180	6.9e-34	115.9
LXL04_022512	`PF13291.13`	ACT_4	127	176	1.1e-14	55.6
LXL04_022512	`PF13740.13`	ACT_6	128	177	5.9e-11	42.8
LXL04_022512	`PF24931.2`	ACT_ACR9_3rd	252	335	2.1e-17	63.7
LXL04_022512	`PF01842.32`	ACT	347	404	6.9e-34	115.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LJW3`	拟南芥	ACT domain-containing protein ACR4	71.111%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZPQ8`	拟南芥	ACT domain-containing protein ACR5	64.097%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SGA0`	拟南芥	ACT domain-containing protein ACR6	60.453%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O49285`	拟南芥	ACT domain-containing protein ACR3	49.890%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LNA5`	拟南芥	ACT domain-containing protein ACR8	47.321%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情