LXL04_022480 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022480

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 151207674-151208537 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

864 bp · LXL04_022480|LXL04_022480|OH1004|cDNA

ATGGCTTCCCTATCCCTCCTATCCCGTCCACCTCTCTCTTCCTCCCTTCTCCGCCACCACCACAATGCCGCCATCGCTACCCCCGCCCGCCTTGCCACCTTCAATTCTCCTCGATATCTCTCCATTAAAGCCTTCTCTGCCCCAACCCCTGTCCAACCACTAACCCAAGACGATCTGAAAAAACTCGCCGCCGACAAGGCCGTAGAGTATGTCAGCTCCGGGATGGTCCTTGGACTCGGCACCGGTTCCACCGCCGCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

864 bp · LXL04_022480|LXL04_022480|OH1004|CDS

ATGGCTTCCCTATCCCTCCTATCCCGTCCACCTCTCTCTTCCTCCCTTCTCCGCCACCACCACAATGCCGCCATCGCTACCCCCGCCCGCCTTGCCACCTTCAATTCTCCTCGATATCTCTCCATTAAAGCCTTCTCTGCCCCAACCCCTGTCCAACCACTAACCCAAGACGATCTGAAAAAACTCGCCGCCGACAAGGCCGTAGAGTATGTCAGCTCCGGGATGGTCCTTGGACTCGGCACCGGTTCCACCGCCGCCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

287 aa · LXL04_022480|LXL04_022480|OH1004|PROTEIN

MASLSLLSRPPLSSSLLRHHHNAAIATPARLATFNSPRYLSIKAFSAPTPVQPLTQDDLKKLAADKAVEYVSSGMVLGLGTGSTAAFVVSKIGELLASGQLKDIVGVPTSKRTQEQAASLGIPLSILDDHPKLDLAIDGADEVDPDLNLVKGRGGALLREKMVEAASDKFVVVVDDSKLVSGLGGSGLAMPVEVVQFCWKYNLVRLQELFKSEGCDAKLRLDGDGKPYVTDNMNYIVDLYFKTPIKDAWAAGKEISSFEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022480`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022480

位置 Chr04:151207674-151208537 (-)

描述 Similar to RPI3: Probable ribose-5-phosphate isomerase 3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g04790`	催化核糖-5-磷酸与核酮糖-5-磷酸的可逆转换。	暂无已核实直接文献
`At2g01290`	催化 5-磷酸核糖可逆转化为 5-磷酸核酮糖。	Deficiency in a cytosolic ribose-5-phosphate isomerase causes chloroplast dysfunction, late flowering and premature cell death in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1399-3054.2009.01276.x
`At1g71100`	催化核糖-5-磷酸与核酮糖-5-磷酸的可逆转换。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022480 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009052 pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0019253 reductive pentose-phosphate cycle 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0046109 uridine biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71100

ath:AT2G01290

ath:AT3G04790

dal:Dalk_2973

pfa:PF3D7_0514600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.976

排名 1 · LXL04_022480 · OH-1004

线粒体0.044

排名 2 · LXL04_022480 · OH-1004

细胞质0.019

排名 3 · LXL04_022480 · OH-1004

细胞核0.013

排名 4 · LXL04_022480 · OH-1004

过氧化物酶体0.011

排名 5 · LXL04_022480 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06026.21Rib_5-P_isom_A105-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022480	`PF06026.21`	Rib_5-P_isom_A	105	281	4e-62	209.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S726`	拟南芥	Probable ribose-5-phosphate isomerase 3, chloroplastic	67.820%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZU38`	拟南芥	Probable ribose-5-phosphate isomerase 2	62.800%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C998`	拟南芥	Probable ribose-5-phosphate isomerase 1	62.348%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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