LXL04_022237 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022237

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 146649520-146664181 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5049 bp · LXL04_022237|LXL04_022237|OH1004|cDNA

ATGGATGTAAATAAACATCAAGTTGGAACGTTAATTTACGAAAGAACGAGATGGAACAAAGGATCGAAGAGACTGAATGAAGACTCGAATAAATTATTCAAAAAACTACCAAAACCAACCATGACGGTGATATTAACGGTGAGATTCTCGGGTCCAATATTCTGTATTATGTCTAGGTCCGATATCTGGGATTCCATTAAGATCCCACTGATATTAACCGTGGGAGATGATGAGGAGCAGAAAAATTCATCCgtatcatc...

CDS

下载 CDS FASTA

5049 bp · LXL04_022237|LXL04_022237|OH1004|CDS

ATGGATGTAAATAAACATCAAGTTGGAACGTTAATTTACGAAAGAACGAGATGGAACAAAGGATCGAAGAGACTGAATGAAGACTCGAATAAATTATTCAAAAAACTACCAAAACCAACCATGACGGTGATATTAACGGTGAGATTCTCGGGTCCAATATTCTGTATTATGTCTAGGTCCGATATCTGGGATTCCATTAAGATCCCACTGATATTAACCGTGGGAGATGATGAGGAGCAGAAAAATTCATCCGTATCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1682 aa · LXL04_022237|LXL04_022237|OH1004|PROTEIN

MDVNKHQVGTLIYERTRWNKGSKRLNEDSNKLFKKLPKPTMTVILTVRFSGPIFCIMSRSDIWDSIKIPLILTVGDDEEQKNSSVSSSSSSGQRLRPKEHEGKRKDSSTSVSIDKQCRPFSLAEIKLATHDFDDALVIGKGGFGNVYKGNVDFGKGTDVAIKRLKLDSDQGATEFRAEIEMLSKFRHSHIVSLLGYHEASDNREMILVYEYMPNGSLEDHLHKRRTKGTNSHLLTWVQRLHICVGAARGLDYLHTGTGVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022237`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022237

位置 Chr04:146649520-146664181 (-)

描述 Similar to PIX13: Probable serine/threonine-protein kinase PIX13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17220`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At1g07570`	可能的双功能激酶。	Novel protein kinase of Arabidopsis thaliana (APK1) that phosphorylates tyrosine, serine and threonine.1992 · DOI: 10.1007/bf00046450
`At2g02800`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At4g35600`	作为信号转导的空间抑制因子，调节离层细胞的黏附和扩张。	暂无已核实直接文献
`At2g28930`	可能的双功能激酶。	Light-induced stomatal opening is affected by the guard cell protein kinase APK1b.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0097161

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022237 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004713 protein tyrosine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07570

ath:AT2G17220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.603

排名 1 · LXL04_022237 · OH-1004

细胞质0.279

排名 2 · LXL04_022237 · OH-1004

细胞核0.194

排名 3 · LXL04_022237 · OH-1004

内质网0.055

排名 4 · LXL04_022237 · OH-1004

高尔基体0.034

排名 5 · LXL04_022237 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr137-416 aa

PF00069.32Pkinase137-413 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr618-893 aa

PF00069.32Pkinase642-894 aa

PF00069.32Pkinase1012-1288 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr1013-1290 aa

PF00069.32Pkinase1388-1664 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr1391-1667 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022237	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	137	416	1.8e-171	568.9
LXL04_022237	`PF00069.32`	Pkinase	137	413	8e-164	544.1
LXL04_022237	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	618	893	1.8e-171	568.9
LXL04_022237	`PF00069.32`	Pkinase	642	894	8e-164	544.1
LXL04_022237	`PF00069.32`	Pkinase	1012	1288	8e-164	544.1
LXL04_022237	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	1013	1290	1.8e-171	568.9
LXL04_022237	`PF00069.32`	Pkinase	1388	1664	8e-164	544.1
LXL04_022237	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	1391	1667	1.8e-171	568.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SII6`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PIX13	61.238%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q06548`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL9	54.438%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O49840`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL3	54.518%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P27450`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase CST	51.852%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P46573`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL10	55.911%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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