LXL04_022101 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022101

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 144659346-144660663 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1059 bp · LXL04_022101|LXL04_022101|OH1004|cDNA

ATGTCTTTACAAGCTGAACCCTACCCCCAACTACTTAATTACATATACCAAAAAGGGGTGAAGCATTTGTGCGAGAACGGGCTAACACAAGTTCCGTACAAGTACATACTCCCCCTAAATGAAAGACCACAGACTTTAGTCGCTAATGGCTGCATCGAGTTACCCATTATCGATTTCCAGCAGCTCCAAACCATGGACAGACCCCAAATCCTTAAAACTCTATCTGAAGCTTGTCGGGAGTTCGGATTCTTCCAGGTGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1059 bp · LXL04_022101|LXL04_022101|OH1004|CDS

ATGTCTTTACAAGCTGAACCCTACCCCCAACTACTTAATTACATATACCAAAAAGGGGTGAAGCATTTGTGCGAGAACGGGCTAACACAAGTTCCGTACAAGTACATACTCCCCCTAAATGAAAGACCACAGACTTTAGTCGCTAATGGCTGCATCGAGTTACCCATTATCGATTTCCAGCAGCTCCAAACCATGGACAGACCCCAAATCCTTAAAACTCTATCTGAAGCTTGTCGGGAGTTCGGATTCTTCCAGGTGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

352 aa · LXL04_022101|LXL04_022101|OH1004|PROTEIN

MSLQAEPYPQLLNYIYQKGVKHLCENGLTQVPYKYILPLNERPQTLVANGCIELPIIDFQQLQTMDRPQILKTLSEACREFGFFQVTNHGIEDEVIGKMIDVSKRFFELPFEERQRYMSNNLHEPVRYGTSFNQNNDGVFCWRDFLKLSCHPIEDFASLWPSSPVDLREAVGEYSTKTRHLYERVMEAIIESLGVRDEKSIVENGTQLMMVNCYPPCPEPELTLGLPPHSDYGLLTLLLQDQVEGLQIQHNGRWVTVKPI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022101`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022101

位置 Chr04:144659346-144660663 (+)

描述 Similar to SLC1: Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase SLC1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10490`	将水杨酸（SA）转化为2,3-二羟基苯甲酸（2,3-DHBA）（基于相似性推测）。	DOWNY MILDEW RESISTANT 6 and DMR6-LIKE OXYGENASE 1 are partially redundant but distinct suppressors of immunity in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12719
`At4g10500`	在体外将水杨酸转化为 2,3-二羟基苯甲酸和 2,5-DHBA，但在体内仅转化为 2,3-DHBA。	DOWNY MILDEW RESISTANT 6 and DMR6-LIKE OXYGENASE 1 are partially redundant but distinct suppressors of immunity in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12719

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0560000`	参与芽发育和水杨酸（SA）稳态的调节。	暂无已核实直接文献
`Os09g0570800`	参与芽发育和水杨酸（SA）稳态的调节。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022101 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0002239 response to oomycetes 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0046244 salicylic acid catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016706 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G10490

ath:AT4G10500

dosa:Os08g0560000

dosa:Os09g0570800

osa:4346321

osa:4347916

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.793

排名 1 · LXL04_022101 · OH-1004

细胞核0.336

排名 2 · LXL04_022101 · OH-1004

过氧化物酶体0.058

排名 3 · LXL04_022101 · OH-1004

线粒体0.053

排名 4 · LXL04_022101 · OH-1004

细胞膜0.039

排名 5 · LXL04_022101 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14226.13DIOX_N54-161 aa

PF03171.272OG-FeII_Oxy207-301 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022101	`PF14226.13`	DIOX_N	54	161	2.6e-30	106.2
LXL04_022101	`PF03171.27`	2OG-FeII_Oxy	207	301	9.6e-36	122.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZSA7`	拟南芥	Protein DMR6-LIKE OXYGENASE 2	40.181%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZSA8`	拟南芥	Protein DMR6-LIKE OXYGENASE 1	44.710%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6YYX9`	水稻	Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase SLC1	53.582%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q651B6`	水稻	Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase SLC2	47.714%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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