LXL04_021981 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021981

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 141832699-141836683 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3639 bp · LXL04_021981|LXL04_021981|OH1004|cDNA

ATGTATCTCTACAATCTCACCCTCCAACAAGCCACCGGCATCGTCTGTGCCATCAACGGTAGCTTCTCCGGCGGTAACAAGTCCCAAGAAATAGTCGTCGCCCGCGGAAAAGTCCTCGAACTCCTACGCCCCGACGAAAACGGTAAGATCCAGACTATCCTTTCCGTTGATGTTTTCGGTGCTATTAGATCCCTAGCGCAGTTTAGGTTAACCGGTGCCCAAAAGGATTACATCGTTGTCGGTTCTGATTCCGGCCGTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3639 bp · LXL04_021981|LXL04_021981|OH1004|CDS

ATGTATCTCTACAATCTCACCCTCCAACAAGCCACCGGCATCGTCTGTGCCATCAACGGTAGCTTCTCCGGCGGTAACAAGTCCCAAGAAATAGTCGTCGCCCGCGGAAAAGTCCTCGAACTCCTACGCCCCGACGAAAACGGTAAGATCCAGACTATCCTTTCCGTTGATGTTTTCGGTGCTATTAGATCCCTAGCGCAGTTTAGGTTAACCGGTGCCCAAAAGGATTACATCGTTGTCGGTTCTGATTCCGGCCGTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1212 aa · LXL04_021981|LXL04_021981|OH1004|PROTEIN

MYLYNLTLQQATGIVCAINGSFSGGNKSQEIVVARGKVLELLRPDENGKIQTILSVDVFGAIRSLAQFRLTGAQKDYIVVGSDSGRIVILEYNKEKNVFDKIHQETFGKSGSRRIVPGQYLAIDPKGRAVMIGACEKQKLVYVLNRDTAARLTISSPLEAHKSHTITYSITGVDCGFDNPIFAAIELDYSEADQDSTGQAANEAQKHLTFYELDLGLNHVSRKWSEQVDNGANMLVTVPGGGDGPSGVLVCAENFVIYKN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021981`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021981

位置 Chr04:141832699-141836683 (+)

描述 Similar to SAP130B: Spliceosome-associated protein 130 B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55220`	剪接因子SF3B的亚基，该因子通过U2 snRNP稳定结合到pre-mRNA中的分支点序列（BPS）形成'A'复合物装配所必需。	AtSAP130/AtSF3b-3 function is required for reproduction in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr077
`At3g55200`	剪接因子SF3B的亚基，该因子通过U2 snRNP稳定结合到pre-mRNA中的分支点序列（BPS）形成'A'复合物装配所必需。	AtSAP130/AtSF3b-3 function is required for reproduction in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr077

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021981 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程

GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程

GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0042177 negative regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G55200

ath:AT3G55220

bta:504962

hsa:23450

mmu:101943

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.806

排名 1 · LXL04_021981 · OH-1004

细胞质0.217

排名 2 · LXL04_021981 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 3 · LXL04_021981 · OH-1004

溶酶体／液泡0.031

排名 4 · LXL04_021981 · OH-1004

内质网0.030

排名 5 · LXL04_021981 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10433.16Beta-prop_RSE1_1st14-368 aa

PF23726.2Beta-prop_RSE1_2nd443-763 aa

PF03178.22CPSF_A859-1178 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021981	`PF10433.16`	Beta-prop_RSE1_1st	14	368	2.3e-121	405.8
LXL04_021981	`PF23726.2`	Beta-prop_RSE1_2nd	443	763	6.1e-91	305.9
LXL04_021981	`PF03178.22`	CPSF_A	859	1178	1.2e-94	318.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0DKL6`	拟南芥	Spliceosome-associated protein 130 B	86.337%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P0DKL4`	拟南芥	Spliceosome-associated protein 130 A	86.337%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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