LXL04_021931 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021931

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 140603588-140610102 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3537 bp · LXL04_021931|LXL04_021931|OH1004|cDNA

ATGTTCACACAGTTCGGCACCACCGCCGAGAACTTTAGCAAGGCGTCAACAATGGTGTTTCGGATCGGAACAGACGCTCACCTCTATGACGATCCTGACGATGTCAGTATTACACCTCTTCTGGACAGCAAATTCGACTCTGAAAAATGCGAAGCTCTTAAACGATTGCTCGCTCTGATTGCCCAAGGCTTAGATGTATCCAATTATTTCCCTCAGGTCGTTAAGAATGTTGCATCTCAGTCATTGGAGGTTAAGAAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3537 bp · LXL04_021931|LXL04_021931|OH1004|CDS

ATGTTCACACAGTTCGGCACCACCGCCGAGAACTTTAGCAAGGCGTCAACAATGGTGTTTCGGATCGGAACAGACGCTCACCTCTATGACGATCCTGACGATGTCAGTATTACACCTCTTCTGGACAGCAAATTCGACTCTGAAAAATGCGAAGCTCTTAAACGATTGCTCGCTCTGATTGCCCAAGGCTTAGATGTATCCAATTATTTCCCTCAGGTCGTTAAGAATGTTGCATCTCAGTCATTGGAGGTTAAGAAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1178 aa · LXL04_021931|LXL04_021931|OH1004|PROTEIN

MFTQFGTTAENFSKASTMVFRIGTDAHLYDDPDDVSITPLLDSKFDSEKCEALKRLLALIAQGLDVSNYFPQVVKNVASQSLEVKKLVYLYLLHYAERQVDNILTLNQTLRPNEALLSINIFQRDLGDQNPLVRAWALRTMAGIRLHVISPLVLVAVRKCARDPSVYVRKCAANALPKLNDLRLEENEASIIEIIGILLNDNSPGVVGAAAAAFASICPNNLPLIGRNYTRLCEMLPDVEEWGQIILIGILLRYVISKRG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021931`
TK1151 ID	TkA05G432100
OH-1004 ID	LXL04_021931
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021931

位置 Chr04:140603588-140610102 (+)

描述 Similar to AP3BA: AP3-complex subunit beta-A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55480`	AP-3 复合体的一部分，是一种与接头相关的复合体，似乎与网格蛋白相关。	The AP-3 β adaptin mediates the biogenesis and function of lytic vacuoles in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075424 The AP-3 adaptor complex is required for vacuolar function in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1038/cr.2011.99

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021931 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006882 intracellular zinc ion homeostasis 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0035654 clathrin-coated vesicle cargo loading, AP-3-mediated 生物过程

GO:0048499 synaptic vesicle membrane organization 生物过程

GO:0051453 regulation of intracellular pH 生物过程

GO:0065003 protein-containing complex assembly 生物过程

GO:0080171 lytic vacuole organization 生物过程

GO:0099180 zinc ion import into synaptic vesicle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G55480

bta:767602

cfa:403459

hsa:8120

mmu:11775

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.515

排名 1 · LXL04_021931 · OH-1004

细胞核0.240

排名 2 · LXL04_021931 · OH-1004

高尔基体0.219

排名 3 · LXL04_021931 · OH-1004

溶酶体／液泡0.142

排名 4 · LXL04_021931 · OH-1004

细胞膜0.132

排名 5 · LXL04_021931 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01602.27Adaptin_N41-651 aa

PF13646.13HEAT_2127-213 aa

PF12717.14Cnd1132-275 aa

PF14796.12AP3B1_C811-921 aa

PF24080.2AP3B1_C_2949-1085 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021931	`PF01602.27`	Adaptin_N	41	651	1.7e-95	321.3
LXL04_021931	`PF13646.13`	HEAT_2	127	213	2.8e-06	28.2
LXL04_021931	`PF12717.14`	Cnd1	132	275	4.5e-18	66.5
LXL04_021931	`PF14796.12`	AP3B1_C	811	921	1.1e-08	35.9
LXL04_021931	`PF24080.2`	AP3B1_C_2	949	1085	3.1e-07	31.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2T1`	拟南芥	AP3-complex subunit beta-A	51.449%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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