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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_021930
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 140586363-140595143 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3264 bp · LXL04_021930|LXL04_021930|OH1004|cDNA

ATGTCAACAGCCATTGATTCTAAAATGACTGAGGATTATATGGAGCAAAGTTCTggagaagacagtgattctgaaCAAGAGGAATATGAAAATAAAACTTATGAAGACCTCAAATCTGGAAAATATCACATCAAATTACCAAACGGAGCTTTCACTTGCCCATTCTGTCCCAACAAAAAAAAGCAAGAATACCAATACAAAGACTTGCTACAACATGCAACCATGGTTGGAAAAACCGATTCAAAAAAACGAACCAACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3264 bp · LXL04_021930|LXL04_021930|OH1004|CDS

ATGTCAACAGCCATTGATTCTAAAATGACTGAGGATTATATGGAGCAAAGTTCTGGAGAAGACAGTGATTCTGAACAAGAGGAATATGAAAATAAAACTTATGAAGACCTCAAATCTGGAAAATATCACATCAAATTACCAAACGGAGCTTTCACTTGCCCATTCTGTCCCAACAAAAAAAAGCAAGAATACCAATACAAAGACTTGCTACAACATGCAACCATGGTTGGAAAAACCGATTCAAAAAAACGAACCAACAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1087 aa · LXL04_021930|LXL04_021930|OH1004|PROTEIN

MSTAIDSKMTEDYMEQSSGEDSDSEQEEYENKTYEDLKSGKYHIKLPNGAFTCPFCPNKKKQEYQYKDLLQHATMVGKTDSKKRTNKDKANHKSLSKYLQESTSEPSGPSQTNHEVNHLTDNDGDELFAWPWKGIVTNLPVTFTDGRYVGKSGSSLRDDLTKRGFNPTRVIPLWNFHGHSGSAVVEFKTDMTGFYNAMSFEKAYEADHHGKNDWKPDNNHSGIFGWVARADDYMCKDIIGEHLRKTTDLKTFNDITEEEN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_021930
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_021930
位置Chr04:140586363-140595143 (-)
描述Similar to IDN2: Protein INVOLVED IN DE NOVO 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g48670 与 FDM1/IDNL1 和 FDM2/IDNL2 形成复合物，该复合物对 RNA 定向 DNA 甲基化（RdDM）是必需的，并在 RdDM 通路的下游步骤以及小干扰 RNA（siRNA）形成的下游发挥功能。
IDN1 and IDN2 are required for de novo DNA methylation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1038/nsmb.1690
An SGS3-like protein functions in RNA-directed DNA methylation and transcriptional gene silencing in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04130.x
IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693
INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109
IDN2 has a role downstream of siRNA formation in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.4161/epi.21237
A SWI/SNF chromatin-remodeling complex acts in noncoding RNA-mediated transcriptional silencing.2013 · DOI: 10.1016/j.molcel.2012.11.011
RNA-directed DNA methylation requires stepwise binding of silencing factors to long non-coding RNA.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12563
Two Components of the RNA-Directed DNA Methylation Pathway Associate with MORC6 and Silence Loci Targeted by MORC6 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006026
At3g12550 与 FDM4 和 FDM5 关联，参与 RNA 导向的 DNA 甲基化 (RdDM)。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
At1g15910 与 IDN2 和 FDM2/IDNL2 形成复合物，这是 RNA 指导的 DNA 甲基化 所需的，并且在 RdDM 途径的下游步骤发挥作用。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693
INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109
At4g00380 与 IDN2 和 FDM1/IDNL1 形成复合物，这是 RNA 指导的 DNA 甲基化 所需的，并且在 RdDM 途径的下游步骤发挥作用。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693
INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109
At1g80790 与 FDM3 和 FDM4 联合作用，实现 RNA 指导的 DNA 甲基化。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021930 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010569 regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003725 double-stranded RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G15910
ath:AT3G12550
ath:AT3G48670
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.584
排名 1 · LXL04_021930 · OH-1004
细胞核0.415
排名 2 · LXL04_021930 · OH-1004
细胞膜0.082
排名 3 · LXL04_021930 · OH-1004
内质网0.042
排名 4 · LXL04_021930 · OH-1004
线粒体0.022
排名 5 · LXL04_021930 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03470.20zf-XS53-95 aa
PF03468.21XS125-233 aa
PF03469.20XH511-641 aa
PF03469.20XH873-1001 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_021930PF03470.20zf-XS53952.7e-1660.3
LXL04_021930PF03468.21XS1252333.3e-35121.5
LXL04_021930PF03469.20XH5116411.1e-104346.4
LXL04_021930PF03469.20XH87310011.1e-104346.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VZ79拟南芥Protein INVOLVED IN DE NOVO 251.510%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LHB1拟南芥Factor of DNA methylation 344.849%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9S9P3拟南芥Factor of DNA methylation 137.785%Swiss-Prot中等数据库同源证据
F4JH53拟南芥Factor of DNA methylation 237.705%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SAI1拟南芥Factor of DNA methylation 538.523%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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