LXL04_021840 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021840

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 138417486-138417971 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

486 bp · LXL04_021840|LXL04_021840|OH1004|cDNA

ATGAGAGGCCAAGAGCCACGTTCAAGTTCTTCTTGTGCGGCTTGTAAATTCATGAAAAGGAGGTGCACCCCTCAATGCCTCTTTGCACCTTATTTTCGAGCCGATGAGCCCAACAAGTTTGCCAAGGTTCACAAGGTCTTTGGTGCAAGCAATGTCACCAAGATCCTAAATGAGGTCCCTGAACCACAACGACATGACGCTGTCAATTCCCTAGTGTTTGAGGCAGAGGAGCGACTCAAAGACCCAGTATACGGATGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

486 bp · LXL04_021840|LXL04_021840|OH1004|CDS

ATGAGAGGCCAAGAGCCACGTTCAAGTTCTTCTTGTGCGGCTTGTAAATTCATGAAAAGGAGGTGCACCCCTCAATGCCTCTTTGCACCTTATTTTCGAGCCGATGAGCCCAACAAGTTTGCCAAGGTTCACAAGGTCTTTGGTGCAAGCAATGTCACCAAGATCCTAAATGAGGTCCCTGAACCACAACGACATGACGCTGTCAATTCCCTAGTGTTTGAGGCAGAGGAGCGACTCAAAGACCCAGTATACGGATGCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

161 aa · LXL04_021840|LXL04_021840|OH1004|PROTEIN

MRGQEPRSSSSCAACKFMKRRCTPQCLFAPYFRADEPNKFAKVHKVFGASNVTKILNEVPEPQRHDAVNSLVFEAEERLKDPVYGCIGAIASLQDKMFQLQHDLALAKARLARCSSRTSYASCSTTSPFLMLDGDFGMTSFDDFTVDQSGLASDFRQHPFP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021840`
TK1151 ID	TkA05G428780
OH-1004 ID	LXL04_021840
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	91.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 89.441 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021840

位置 Chr04:138417486-138417971 (+)

描述 Similar to LBD21: LOB domain-containing protein 21

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11090`	含LOB结构域蛋白 21。	暂无已核实直接文献
`At5g66870`	控制花瓣的近远端模式和叶片的背腹面决定。	Activation tagging, a novel tool to dissect the functions of a gene family.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01758.x ASYMMETRIC LEAVES2-LIKE1 gene, a member of the AS2/LOB family, controls proximal-distal patterning in Arabidopsis petals.2005 · DOI: 10.1007/s11103-005-0698-4
`At5g63090`	未知；LOB 的异位表达会导致叶片和花器官的大小和形状发生变化，并引起雄性和雌性不育。	暂无已核实直接文献
`At3g27650`	含LOB结构域蛋白 25。	暂无已核实直接文献
`At2g30130`	含 LOB 结构域的蛋白 12。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021840 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009954 proximal/distal pattern formation 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010016 shoot system morphogenesis 生物过程

GO:0010199 organ boundary specification between lateral organs and the meristem 生物过程

GO:0048441 petal development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0001216 DNA-binding transcription activator activity 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30130

ath:AT3G11090

ath:AT3G27650

ath:AT5G63090

ath:AT5G66870

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.967

排名 1 · LXL04_021840 · OH-1004

细胞质0.109

排名 2 · LXL04_021840 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 3 · LXL04_021840 · OH-1004

内质网0.015

排名 4 · LXL04_021840 · OH-1004

质体0.010

排名 5 · LXL04_021840 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03195.20LOB11-108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021840	`PF03195.20`	LOB	11	108	9.1e-39	132.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRL8`	拟南芥	LOB domain-containing protein 21	75.676%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKZ3`	拟南芥	LOB domain-containing protein 36	64.762%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FML4`	拟南芥	Protein LATERAL ORGAN BOUNDARIES	59.649%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L8Q3`	拟南芥	LOB domain-containing protein 25	56.800%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LBW3`	拟南芥	LOB domain-containing protein 12	55.118%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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